Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2012
Autor(a) principal: Corrêa, Bruna Renata Silva
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Plasmodium vivax
Anotação Funcional
Bioinformática
Bioinformatics
Functional Annotation.
Transcriptome
Transcritoma
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14092013-132500/
Resumo: Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros.
id USP_486692aedf1b574edf809bb8a4cc19c6
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-14092013-132500
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da maláriaComputational analysis of the Plasmodium vivax transcriptome and genome: bioinformatics contributions for the malaria investigationPlasmodium vivaxPlasmodium vivaxAnotação FuncionalBioinformáticaBioinformaticsFunctional Annotation.TranscriptomeTranscritomaPlasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros.Plasmodium vivax is the parasite that causes the human malaria type with the largest global distribution and it is responsible for quality of life impairment of millions of people around the world. The general purpose of this study was contribute to understand the mechanism used by P. vivax to scape from the host spleen elimination, through statistical methodologies and bioinformatics. First of all, we carried out statistical analysis of a microarray experiment conducted earlier by the collaborators of this study, using Aotus lemurinus griseimembra as model organism, in order to identify genes of P. vivax expressed only in parasites extracted from monkeys with intact spleen. In the second step, we designed a tiling array containing 5\'UTR, 3\'UTR and all the exons of the P. vivax genome, which will be used to perform more experiments to investigate the role of the spleen on the parasite gene expression. In the last step, we add information to the functional annotation of P. vivax genome, through an automated methodology, to improve the biological interpretation of the results previously obtained and in future studies.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPVencio, Ricardo Zorzetto NicolielloCorrêa, Bruna Renata Silva2012-04-02info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14092013-132500/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:10:37Zoai:teses.usp.br:tde-14092013-132500Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:10:37Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
Computational analysis of the Plasmodium vivax transcriptome and genome: bioinformatics contributions for the malaria investigation
title Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
spellingShingle Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
Corrêa, Bruna Renata Silva
Plasmodium vivax
Plasmodium vivax
Anotação Funcional
Bioinformática
Bioinformatics
Functional Annotation.
Transcriptome
Transcritoma
title_short Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
title_full Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
title_fullStr Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
title_full_unstemmed Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
title_sort Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária
author Corrêa, Bruna Renata Silva
author_facet Corrêa, Bruna Renata Silva
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Vencio, Ricardo Zorzetto Nicoliello
dc.contributor.author.fl_str_mv Corrêa, Bruna Renata Silva
dc.subject.por.fl_str_mv Plasmodium vivax
Plasmodium vivax
Anotação Funcional
Bioinformática
Bioinformatics
Functional Annotation.
Transcriptome
Transcritoma
topic Plasmodium vivax
Plasmodium vivax
Anotação Funcional
Bioinformática
Bioinformatics
Functional Annotation.
Transcriptome
Transcritoma
description Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros.
publishDate 2012
dc.date.none.fl_str_mv 2012-04-02
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14092013-132500/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-14092013-132500/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815258128350969856

Registros relacionados