Acompanhando a evolução de clinas genômicas em Drosophila melanogaster por meio de amostragens históricas

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Miranda, Vitória Horvath
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: amostragem espaço-temporal; chromosomal inversions; diversidade genética; genetic diversity; genômica populacional; inversões cromossômicas; natural selection; population genomics; seleção natural; spatiotemporal sampling
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-13062025-173146/

Utilizar amostragens espaço-temporais para entender mudanças evolutivas ao longo do tempo pode ser altamente eficaz, especialmente se o objetivo for obter esclarecimentos sobre mudanças impulsionadas por transformações ambientais. Clinas latitudinais em Drosophila melanogaster na América do Norte são um excelente sistema para se estudar mudanças ao longo do tempo. Devido ao curto tempo de geração de D. melanogaster, é possível observar mudanças que abrangem até 100 gerações em apenas uma década. Apesar de clinas em D. melanogaster serem amplamente estudadas, seu histórico de colonização dupla dificulta a separação de forças demográficas e seletivas. Para explorar isso mais a fundo, utilizamos pool-seq para sequenciar 16 populações naturais de D. melanogaster coletadas ao longo da costa leste da América do Norte entre 1997 e 2023. Embora a diversidade genética tenha permanecido estável, nossos dados sugerem que houve uma homogeneização ao longo do tempo. Consistente com isso, observamos uma redução no número de polimorfismos de nucleotídeo único clinais. Os polimorfismos que permaneceram clinais eram quase sempre clinais na mesma direção, mas apresentaram inclinações menores. Além disso, esses polimorfismos clinais persistentes foram mais frequentemente encontrados em classes funcionais associadas à maior impacto fenotípico. Usando marcadores de inversão previamente identificados, também investigamos mudanças nas frequências de inversões. Mudanças de frequência das inversões In(3R)Payne e In(3R)Mo estão alinhadas com o padrão geral observado para a maioria dos polimorfismos, enquanto outras inversões exibem padrões distintos de mudança. Também investigamos sinais de varreduras seletivas compartilhados entre localidades usando uma abordagem de FST em janelas, o que corroborou sinais previamente encontrados em uma região ligada à resistência a inseticidas da família de genes P450. No geral, os resultados sugerem que o fluxo gênico reduz gradualmente a clinalidade ao longo do tempo, enquanto os loci clinais remanescentes provavelmente são moldados por seleção espacialmente variável.