Metabolômica baseada em RMN e RAMAN do plasma de pacientes infectados pelo vírus SARS-CoV-2: descobrindo novos biomarcadores da infecção e indicadores de infecção grave
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-17092025-154101/ |
Resumo: | As doenças infecciosas são motivo de preocupação para os órgãos de saúde uma vez que impactam a saúde global devido à sua capacidade contagiosa e surtos periódicos de novas doenças, como a pandemia global COVID-19 causada pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2). Sabe-se que os vírus estão entre os principais causadores deste tipo de doenças e por tratar-se de parasitas intracelulares obrigatórios competem por nutrientes e metabólitos na célula hospedeira levando à alteração do seu metaboloma. Nesse contexto, faz-se importante a busca por ferramentas analíticas com fácil preparo de amostra, não destrutivas e reprodutíveis capazes de identificar e/ou quantificar as principais biomoléculas afetadas durante a doença. Com isso, o presente estudo almejou, primeiramente, determinar metabólitos marcadores da infecção por COVID-19 em sangue humano, bem como dos níveis de severidade usando a espectroscopia de RMN. Para isso, foram analisadas por RMN 1H quantitativo, metabolomas plasmáticos de 110 amostras individuais, representando sintomas leves a graves, antes de qualquer intervenção clínica. Cinco metabólitos polares (glicerol, acetato, formato, glicuronato e lactato) foram revelados por PLS-DA como sendo um potencial painel de metabólitos prognósticos para COVID-19 e considerados clinicamente relevantes para prever a gravidade da infecção devido aos seus papéis diretos com os lipídios e metabolismo energético. Posteriormente, foram analisadas o plasma sanguíneo por espectroscopia Raman bem como os pellets por RMN de alto e baixo campo de 26 amostras com o intuito de saber a correlação entre esses diferentes tipos de dados e métodos analíticos. Desta forma, ao analisar as variáveis de maneira individual, por PLS-DA, foi possível observar que há alta correlação (>0,7) entre o referente a Nacetilglucosamina das gliproproteínas, bem como os sinais referentes a lipídeos com o segundo pico obtido por RMN de baixo campo sendo possível inferir que que a diferença observada no perfil de decaimento de T2 entre os grupos poder ser atribuída a variação de glicoproteínas no plasma sanguíneo. Assim também, foi observado, conforme esperado, alta correlação (>0,7) entre os sinais de Raman e RMN de baixo campo referentes a lipídeos. Desta forma, conclui-se a abordagem metabolômica por RMN de alto campo se mostrou a mais efetiva para criar modelos preditivos com base nas amostras de plasma sanguíneo analisadas corroborando para uma melhor compreensão do prognóstico do SARS-CoV-2 e das consequências metabólicas da infecção no corpo humano. Contudo, é importante citar que as análises de RMN de alto campo para amostras contendo glicoproteínas também revelou resultados promissores. |
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Metabolômica baseada em RMN e RAMAN do plasma de pacientes infectados pelo vírus SARS-CoV-2: descobrindo novos biomarcadores da infecção e indicadores de infecção graveNMR and RAMAN - based metabolomics of plasma from patients infected with the SARS-CoV-2 virus: uncovering novel infection biomarkers and indicators of severe infectionbloodCOVID-19COVID-19espectroscopia RamanmetabolitesmetabólitosNMRRaman spectroscopyRMNsangueAs doenças infecciosas são motivo de preocupação para os órgãos de saúde uma vez que impactam a saúde global devido à sua capacidade contagiosa e surtos periódicos de novas doenças, como a pandemia global COVID-19 causada pelo novo coronavírus (SARS-CoV-2). Sabe-se que os vírus estão entre os principais causadores deste tipo de doenças e por tratar-se de parasitas intracelulares obrigatórios competem por nutrientes e metabólitos na célula hospedeira levando à alteração do seu metaboloma. Nesse contexto, faz-se importante a busca por ferramentas analíticas com fácil preparo de amostra, não destrutivas e reprodutíveis capazes de identificar e/ou quantificar as principais biomoléculas afetadas durante a doença. Com isso, o presente estudo almejou, primeiramente, determinar metabólitos marcadores da infecção por COVID-19 em sangue humano, bem como dos níveis de severidade usando a espectroscopia de RMN. Para isso, foram analisadas por RMN 1H quantitativo, metabolomas plasmáticos de 110 amostras individuais, representando sintomas leves a graves, antes de qualquer intervenção clínica. Cinco metabólitos polares (glicerol, acetato, formato, glicuronato e lactato) foram revelados por PLS-DA como sendo um potencial painel de metabólitos prognósticos para COVID-19 e considerados clinicamente relevantes para prever a gravidade da infecção devido aos seus papéis diretos com os lipídios e metabolismo energético. Posteriormente, foram analisadas o plasma sanguíneo por espectroscopia Raman bem como os pellets por RMN de alto e baixo campo de 26 amostras com o intuito de saber a correlação entre esses diferentes tipos de dados e métodos analíticos. Desta forma, ao analisar as variáveis de maneira individual, por PLS-DA, foi possível observar que há alta correlação (>0,7) entre o referente a Nacetilglucosamina das gliproproteínas, bem como os sinais referentes a lipídeos com o segundo pico obtido por RMN de baixo campo sendo possível inferir que que a diferença observada no perfil de decaimento de T2 entre os grupos poder ser atribuída a variação de glicoproteínas no plasma sanguíneo. Assim também, foi observado, conforme esperado, alta correlação (>0,7) entre os sinais de Raman e RMN de baixo campo referentes a lipídeos. Desta forma, conclui-se a abordagem metabolômica por RMN de alto campo se mostrou a mais efetiva para criar modelos preditivos com base nas amostras de plasma sanguíneo analisadas corroborando para uma melhor compreensão do prognóstico do SARS-CoV-2 e das consequências metabólicas da infecção no corpo humano. Contudo, é importante citar que as análises de RMN de alto campo para amostras contendo glicoproteínas também revelou resultados promissores.Infectious diseases are a cause of concern for health authorities, as they impact global health due to their contagious nature and the periodic emergence of new diseases, such as the COVID-19 pandemic caused by the novel coronavirus (SARS-CoV-2). It is well known that viruses are among the primary causative agents of such diseases, and as obligate intracellular parasites, they compete for nutrients and metabolites within the host cell, leading to alterations in its metabolome. In this context, it is crucial to seek analytical tools that enable easy sample preparation, are non-destructive and reproducible, and can effectively identify and/or quantify the key biomolecules affected during disease progression. Accordingly, the present study first aimed to identify metabolite markers of COVID-19 infection in human blood, as well as its severity levels, using NMR spectroscopy. For this purpose, quantitative ¹H NMR analysis was conducted on the plasma metabolomes of 110 individual samples, representing mild to severe symptoms, prior to any clinical intervention. In this phase, plasma metabolomes from 110 samples were analyzed. Five polar metabolites (glycerol, acetate, formate, glucuronate, and lactate) were identified through PLS-DA as potential prognostic metabolic biomarkers for COVID-19, and they were considered clinically relevant for predicting infection severity due to their direct roles in lipid and energy metabolism. Subsequently, blood plasma was analyzed using Raman spectroscopy, and pellets were examined through high- and low-field NMR spectroscopy from 26 samples, aiming to investigate correlations between these different data types and analytical methods. Upon individually analyzing the variables using PLS-DA, a strong correlation (>0.7) was observed between the signals corresponding to Nacetylglucosamine in glycoproteins as well as lipid-related signals, with the second peak obtained via low-field NMR. This finding suggests that the differences observed in the T2 decay profile between groups may be attributed to variations in glycoproteins present in blood plasma. Additionally, as expected, a strong correlation (>0.7) was observed between the Raman and low-field NMR signals associated with lipids. Thus, the metabolomics approach using highfield NMR proved to be the most effective for developing predictive models based on the analyzed blood plasma samples, contributing to a better understanding of the prognosis of SARS-CoV-2 and the metabolic consequences of the infection in the human body. Nonetheless, it is worth noting that high-field NMR analyses of glycoprotein-containing samples also revealed promising results.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPCardoso, Daniel RodriguesColnago, Luiz AlbertoPiagge, Priscila Marques Firmiano Dalle2025-06-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75133/tde-17092025-154101/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-09-18T12:39:04Zoai:teses.usp.br:tde-17092025-154101Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-09-18T12:39:04Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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