Ferramenta para montagem de sequências genômicas em ambientes de memória compartilhada e distribuída com FPGAs.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Almeida, Felipe Valencia de
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioinformática
Bioinformatics
FPGA
Genome sequencing
Parallel programming
Programação paralela
Sequenciamento de genoma
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-08032021-082733/
Resumo: O estudo do genoma vem sendo cada vez mais explorado pela comunidade científica como forma de entender o funcionamento não apenas do ser humano, mas de todos os seres vivos. Para tal, é necessário que exista a montagem do genoma, que é fragmentado em um processo denominado sequenciamento. A montagem do genoma possui alto custo computacional, devido ao grande volume de dados utilizados e às operações de comparação e alinhamento que precisam ser realizadas múltiplas vezes, fazendo com que o tempo de execução varie de poucos minutos a até meses, a depender da infraestrutura computacional. Este trabalho propõe uma ferramenta híbrida, utilizando a implementação de algoritmos tanto em software quanto em hardware para melhorar o desempenho da montagem do genoma. Para tal, é apresentada uma comparação de desempenho de um algoritmo base desenvolvido em diversas versões distintas. Os resultados demonstram que a implementação do algoritmo híbrido em hardware e software resulta em ganhos significativos de desempenho, apontando para as possibilidades de um maior emprego na área.
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