Espalhamento de Raios-X a Baixos Ângulos no contexto da biologia estrutural: aplicação ao estudo de protenas chaperonas
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
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| País: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-25032025-174219/ |
Resumo: | Espalhamento de Raios-X a Baixos Ângulos (SAXS) é uma técnica experimental que permite extrair informações de tamanho, massa e forma de partículas de uma amostra, e nas últimas décadas se tornou uma técnica importante dentro da biologia estrutural, especialmente para estudos de proteínas em solução. Chaperonas são uma classe de proteínas essencial para o metabolismo celular, centrais no sistema de controle de qualidade proteico (CQP), prevenindo problemas de enovelamento incorreto e agregação proteica, que estão associados a doenças ligadas ao envelhecimento, como diferentes tipos de câncer e doenças neurodegenerativas. No presente trabalho foram estudados quatro elementos do CQP, com especial foco em análises de SAXS: a desagregase Hsp101 de cana-de-açúcar (SsHsp101), a Hsp70 constitutiva humana (HSPA8), a co-chaperona SGT de \\textit{Aedes aegypti} (AaSGT) e a interação da co-chaperona hHep1 com membranas biológicas. A SsHsp101 foi purificada e estudada em duas condições de força iônica. Em cada condição a SsHsp101 adotou estados oligoméricos distintos que, apesar de muito similares em conteúdo de estrutura secundária, mostraram diferenças sensíveis com relação a outros elementos estruturais e à atividade. Os hexâmeros se mostraram estruturalmente muito similares à Hsp104 de levedura, com conformação mais compacta, e apresentaram maior atividade ATPásica, enquanto dímeros apresentaram maior grau de mobilidade conformacional. A HSPA8 esteve presente como monômero e com conformação em linha com outras Hsp70 estudadas anteriormente. Nossas análises permitiram não apenas a obtenção do envelope da chaperona, mas também de indícios de que a HSPA8 foi encontrada com duas orientações principais entre os domínios NBD e SBD: uma aberta e outra fechada, sendo esta última mais frequente. A AaSGT foi encontrada como dímero de conformação geral notadamente aberta em que a região C-terminal de cada subunidade se orientando em sentidos opostos. Pôde ser verificada também a alta flexibilidade da região C-terminal, em linha com a predição de conteúdo de estrutura secundária. Por fim, a hHep1 esteve presente como oligômero em solução, interagindo superficialmente com lipossomos negativamente carregados, sem penetração na região hidrofóbica da membrana. Este trabalho ilustra a riqueza de informações que podem ser obtidas com SAXS para proteínas em solução. Em conjunto com outras técnicas biofísicas, SAXS permite não apenas a validação de resultados de outros experimentos, mas também avançar na elaboração de modelos mais complexos. |
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Espalhamento de Raios-X a Baixos Ângulos no contexto da biologia estrutural: aplicação ao estudo de protenas chaperonasSmall Angle X-Ray Scattering in the context of structural biology: application to the study of molecular chaperonesBiofísica MolecularChaperonas MolecularesEnovelamento de ProteínasMolecular BiophysicsMolecular ChaperonesProtein FoldingSAXSSAXSEspalhamento de Raios-X a Baixos Ângulos (SAXS) é uma técnica experimental que permite extrair informações de tamanho, massa e forma de partículas de uma amostra, e nas últimas décadas se tornou uma técnica importante dentro da biologia estrutural, especialmente para estudos de proteínas em solução. Chaperonas são uma classe de proteínas essencial para o metabolismo celular, centrais no sistema de controle de qualidade proteico (CQP), prevenindo problemas de enovelamento incorreto e agregação proteica, que estão associados a doenças ligadas ao envelhecimento, como diferentes tipos de câncer e doenças neurodegenerativas. No presente trabalho foram estudados quatro elementos do CQP, com especial foco em análises de SAXS: a desagregase Hsp101 de cana-de-açúcar (SsHsp101), a Hsp70 constitutiva humana (HSPA8), a co-chaperona SGT de \\textit{Aedes aegypti} (AaSGT) e a interação da co-chaperona hHep1 com membranas biológicas. A SsHsp101 foi purificada e estudada em duas condições de força iônica. Em cada condição a SsHsp101 adotou estados oligoméricos distintos que, apesar de muito similares em conteúdo de estrutura secundária, mostraram diferenças sensíveis com relação a outros elementos estruturais e à atividade. Os hexâmeros se mostraram estruturalmente muito similares à Hsp104 de levedura, com conformação mais compacta, e apresentaram maior atividade ATPásica, enquanto dímeros apresentaram maior grau de mobilidade conformacional. A HSPA8 esteve presente como monômero e com conformação em linha com outras Hsp70 estudadas anteriormente. Nossas análises permitiram não apenas a obtenção do envelope da chaperona, mas também de indícios de que a HSPA8 foi encontrada com duas orientações principais entre os domínios NBD e SBD: uma aberta e outra fechada, sendo esta última mais frequente. A AaSGT foi encontrada como dímero de conformação geral notadamente aberta em que a região C-terminal de cada subunidade se orientando em sentidos opostos. Pôde ser verificada também a alta flexibilidade da região C-terminal, em linha com a predição de conteúdo de estrutura secundária. Por fim, a hHep1 esteve presente como oligômero em solução, interagindo superficialmente com lipossomos negativamente carregados, sem penetração na região hidrofóbica da membrana. Este trabalho ilustra a riqueza de informações que podem ser obtidas com SAXS para proteínas em solução. Em conjunto com outras técnicas biofísicas, SAXS permite não apenas a validação de resultados de outros experimentos, mas também avançar na elaboração de modelos mais complexos.Small-Angle X-ray Scattering (SAXS) is an experimental technique that allows one to obtain information on size, mass and shape of particles, and in the last decades it has become a very important technique in structural biology, especially for studies on proteins in solution. Chaperones are a class of proteins essential for cellular metabolism, central to the protein quality control (PQC) system, preventing protein misfolding and aggregation, which are associated to diseases related to aging, such as different types of cancer and especially neurodegenerative diseases. In this study, four PQC elements were studied, with special focus on performing SAXS analysis: the sugarcane disaggregase Hsp101 (SsHsp101), the human constitutive Hsp70 (HSPA8), the co-chaperone SGT from \\textit{Aedes aegypti} (AaSGT) and the interaction of the co-chaperone hHep1 with biological membranes. SsHsp101 was purified and studied under two ionic strength conditions. In each condition SsHsp101 adopted distinct oligomeric states that, although very similar in secondary structure content, showed significant differences in other structural elements and activity. Hexamers were structurally very similar to yeast Hsp104, with a more compact conformation, and present higher ATPase activity, while dimers showed a slightly higher degree of conformational mobility. HSPA8 was obtained as a monomer and with a conformation in line with other Hsp70s previously studied. Our analyses allowed not only obtaining the protein envelope, but provided evidence that HSPA8 presented two main orientations between the NBD and SBD domains: one open and the other closed, the latter being more frequent. AaSGT was found as dimers with an overall conformation that is notably open, with the C-terminal region of each subunit oriented in opposite directions. The high flexibility of the C-terminal region was also observed, in line with the prediction of secondary structure content. Finally, hHep1 was present as oligomer in solution, and interacted superficially with negatively charged liposomes, not penetrating in the hydrophobic region of the membrane. This study illustrates the wealth of information that can be obtained with SAXS for proteins in solution. In conjunction with other biophysical techniques, SAXS allows not only the validation of results from other experiments, but also advances in the development of more complex models.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPBarbosa, Leandro Ramos SouzaRodrigues, Luiz Fernando de Camargo2025-02-07info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/43/43134/tde-25032025-174219/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-04-22T16:24:02Zoai:teses.usp.br:tde-25032025-174219Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-04-22T16:24:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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