Estudo da via de biossíntese da vitamina B1 (tiamina) em Enterococcus faecalis

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Gutierrez, Raissa Ferreira
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-26112024-114326/
Resumo: A resistência antimicrobiana representa uma grande ameaça à saúde pública e é uma preocupação mundial. Nesse contexto, a descoberta de novos alvos para antibióticos é urgente. A via biossintética da tiamina tem sido proposta como uma fonte potencial de alvos moleculares, uma vez que está presente em muitos patógenos bacterianos, mas ausente em humanos. Este estudo caracteriza as enzimas TenA e ThiE de Enterococcus faecalis, um patógeno humano associado a infecções hospitalares. A enzima TenA é bifuncional com atividade aminohidrolase e tiaminase II na via de recuperação da tiamina. Neste estudo, foi demonstrado que a EfTenA é capaz de hidrolisar tiamina e que tem uma atividade marginal sobre o monofosfato de tiamina (TMP). Além disso, EfTenA também pode se ligar ao difosfato de tiamina (TPP), com menor afinidade, mas é virtualmente inativa. Duas estruturas cristalográficas de EfTenA foram resolvidas, revelando seu arranjo como homodímero composto por alfa-hélices e sua interação com HMP (4- amino-5-hidroximetil-pirimidina) no sítio ativo. O HMP é o produto catalítico de uma molécula de TMP que foi adicionada a cristais de EfTenA. Simulações de docking sugerem que a tolerância decrescente do sítio ativo com a adição de grupos fosfato à molécula de tiamina está relacionada à proximidade dos grupos fosfato com o Glu175. A função biológica da EfTenA ainda não é totalmente compreendida, e a inibição pelo produto não é bem explorada. Este estudo demonstra que o principal contribuinte para as interações com EfTenA no sítio ativo é a molécula de HMP, com uma afinidade igual ao substrato tiamina, em torno de 40 nM. Não foi observada interação entre EfTenA e THZ (5-(2-hidroxietil) -4-metil tiazol). A enzima ThiE desempenha um papel central na biossíntese da tiamina, juntando precursores fosforilados (HMP-PP e THZ-P) em TMP, e é considerada um alvo molecular promissor para o desenvolvimento de antibióticos. A estrutura cristalográfica da EfThiE também foi determinada, revelando-se um homodímero com um enovelamento típico de barril TIM. O alinhamento entre os seis monômeros presentes na unidade assimétrica mostrou uma flexibilidade significativa no loop catalítico 6- 6 (V128S143). Uma densidade eletrônica não identificada foi observada no sítio catalítico de todos os monômeros. Portanto, este estudo fornece novas percepções sobre EfTenA, analisando sua interação com precursores e vitâmeros de tiamina. Além disso, três estruturas foram resolvidas, aumentando a diversidade estrutural das enzimas envolvidas no metabolismo da tiamina, particularmente de um patógeno de importância global.
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Neste estudo, foi demonstrado que a EfTenA é capaz de hidrolisar tiamina e que tem uma atividade marginal sobre o monofosfato de tiamina (TMP). Além disso, EfTenA também pode se ligar ao difosfato de tiamina (TPP), com menor afinidade, mas é virtualmente inativa. Duas estruturas cristalográficas de EfTenA foram resolvidas, revelando seu arranjo como homodímero composto por alfa-hélices e sua interação com HMP (4- amino-5-hidroximetil-pirimidina) no sítio ativo. O HMP é o produto catalítico de uma molécula de TMP que foi adicionada a cristais de EfTenA. Simulações de docking sugerem que a tolerância decrescente do sítio ativo com a adição de grupos fosfato à molécula de tiamina está relacionada à proximidade dos grupos fosfato com o Glu175. A função biológica da EfTenA ainda não é totalmente compreendida, e a inibição pelo produto não é bem explorada. Este estudo demonstra que o principal contribuinte para as interações com EfTenA no sítio ativo é a molécula de HMP, com uma afinidade igual ao substrato tiamina, em torno de 40 nM. Não foi observada interação entre EfTenA e THZ (5-(2-hidroxietil) -4-metil tiazol). A enzima ThiE desempenha um papel central na biossíntese da tiamina, juntando precursores fosforilados (HMP-PP e THZ-P) em TMP, e é considerada um alvo molecular promissor para o desenvolvimento de antibióticos. A estrutura cristalográfica da EfThiE também foi determinada, revelando-se um homodímero com um enovelamento típico de barril TIM. O alinhamento entre os seis monômeros presentes na unidade assimétrica mostrou uma flexibilidade significativa no loop catalítico 6- 6 (V128S143). Uma densidade eletrônica não identificada foi observada no sítio catalítico de todos os monômeros. Portanto, este estudo fornece novas percepções sobre EfTenA, analisando sua interação com precursores e vitâmeros de tiamina. Além disso, três estruturas foram resolvidas, aumentando a diversidade estrutural das enzimas envolvidas no metabolismo da tiamina, particularmente de um patógeno de importância global.Antimicrobial resistance resistance is a great threat to public health and a worldwide concern. In this context, discovering new targets for antibiotic discovery is urgent. The thiamine biosynthetic pathway has been proposed as a potential source of drug targets for human pathogens since it is found in many bacterial pathogens but is absent in humans. This study characterizes the TenA and ThiE enzymes from Enterococcus faecalis, a human pathogen associated with hospital infections. TenA is a bifunctional enzyme with aminohydrolase and thiaminase II activity in the thiamine salvage pathway. It was shown that EfTenA can hydrolyze thiamine with marginal activity over thiamine monophosphate (TMP). EfTenA can also bind thiamine diphosphate (TPP) with lower affinity but is virtually inactive. Two crystallographic structures of EfTenA were solved, revealing the overall arrangement as a homodimer and its interaction with HMP (4-amino-5- hydroxymethyl-pyrimidine), in the active site. The HMP is the catalytic product of a TMP molecule soaked in EfTenA crystals. Docking simulations suggest that the active site\'s decreasing tolerance with the addition of phosphate groups to the thiamine molecule is related to the proximity of the phosphate groups to Glu175 The biological function of EfTenA is not yet fully understood, and product inhibition is not well-explored. This study demonstrates that the primary contributor to interactions with EfTenA in the active site is the HMP moiety, with an apparent affinity comparable to the substrate thiamine. No interaction between EfTenA and THZ was observed. ThiE plays a central role in thiamine biosynthesis, joining phosphorylated precursors (HMP-PP and THZ-P) into TMP, and is considered a promising molecular target for drug development. The crystal structure of EfThiE was also determined, revealing it as a homodimer with a typical TIM barrel fold. Alignment between the monomers of the asymmetric unit showed significant flexibility in the 6- 6 (V128S143) catalytic loop. An unidentified electron density was observed in the catalytic site. Therefore, this study provides new insights into understanding EfTenA function by analyzing its interaction with thiamine precursors and vitamers. Additionally, three structures were resolved, increasing the structural diversity of enzymes involved in thiamine metabolism, particularly from a pathogen of global importance.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPNascimento, Alessandro SilvaGutierrez, Raissa Ferreira2024-10-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76133/tde-26112024-114326/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2024-11-26T14:33:02Zoai:teses.usp.br:tde-26112024-114326Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212024-11-26T14:33:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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