Síntese ótima de processos de purificação de proteínas.
| Ano de defesa: | 2000 |
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| Orientador(a): | |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-28012026-080047/ |
Resumo: | Há um crescente interesse no desenvolvimento de métodos sistemáticos para a síntese de etapas de purificação de produtos da fermentação, que são freqüentemente os estágios mais difíceis e os mais caros num processo bioquímico. Existem diversastécnicas de recuperação e purificação de misturas de proteínas, sendo as etapas cromatográficas as mais importantes e essenciais no caso de produtos terapêuticos, tais como as vacinas e os antibióticos, os quais requerem um nível de pureza muitoelevado (98 - 99,9%). A pureza desejada é alcançada depois de diversas etapas e em cada uma delas a mistura é separada em duas correntes, uma que contém a proteína alvo e a outra que é descartada. Um dos desafios principais na síntese deestágios de purificação é a seleção e arranjo da seqüência apropriada das etapas cromatográficas. A presente dissertação tem como objetivo desenvolver metodologias para a síntese dos processos de purificação de proteínas, mediante modelosmatemáticos de programação mista inteira. Primeiramente, um modelo de otimização é proposto, o qual usa dados físico - químicos numa mistura de proteínas, que contém o produto desejado, calculando o número mínimo das etapas de purificação portécnicas cromatográficas candidatas que devem atingir um nível especificado de pureza. Uma vez que diversas seqüências podem alcançar a especificação da proteína alvo, um segundo modelo é gerado o qual pode utilizar o número total das etapasencontradas no primeiro modelo para selecionar as operações e sua seqüência que maximize a pureza do produto. Além disso, modelos são gerados para o caso especial em que o processo de purificação é independente da seqüência, ou seja, somente aseleção das etapas deve ser determinada. Finalmente, modelos baseados na lógica disjuntiva são gerados na forma mista inteira e resolvidos para a minimização de passos e pureza máxima, para o caso especial em que a seqüência é irrelevante assim ) como para o caso da otimização da seqüência de técnicas cromatográficas. Em todos os casos os modelos resultantes possuem a estrutura mista - inteira linear e foram resolvidos pelo método Branch and Bound baseado em programaçãolinear. A metodologia é testada em diversos exemplos com dados experimentais, contendo até 13 contaminantes e um conjunto de 22 etapas cromatográficas candidatas. As soluções ótimas são verificadas experimentalmente e comparadas com as obtidaspor sistemas especialistas. Os modelos baseados em disjunções apresentaram reduções de até três ordens de grandeza nos tempos computacionais. |
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Um dos desafios principais na síntese deestágios de purificação é a seleção e arranjo da seqüência apropriada das etapas cromatográficas. A presente dissertação tem como objetivo desenvolver metodologias para a síntese dos processos de purificação de proteínas, mediante modelosmatemáticos de programação mista inteira. Primeiramente, um modelo de otimização é proposto, o qual usa dados físico - químicos numa mistura de proteínas, que contém o produto desejado, calculando o número mínimo das etapas de purificação portécnicas cromatográficas candidatas que devem atingir um nível especificado de pureza. Uma vez que diversas seqüências podem alcançar a especificação da proteína alvo, um segundo modelo é gerado o qual pode utilizar o número total das etapasencontradas no primeiro modelo para selecionar as operações e sua seqüência que maximize a pureza do produto. Além disso, modelos são gerados para o caso especial em que o processo de purificação é independente da seqüência, ou seja, somente aseleção das etapas deve ser determinada. Finalmente, modelos baseados na lógica disjuntiva são gerados na forma mista inteira e resolvidos para a minimização de passos e pureza máxima, para o caso especial em que a seqüência é irrelevante assim ) como para o caso da otimização da seqüência de técnicas cromatográficas. Em todos os casos os modelos resultantes possuem a estrutura mista - inteira linear e foram resolvidos pelo método Branch and Bound baseado em programaçãolinear. A metodologia é testada em diversos exemplos com dados experimentais, contendo até 13 contaminantes e um conjunto de 22 etapas cromatográficas candidatas. As soluções ótimas são verificadas experimentalmente e comparadas com as obtidaspor sistemas especialistas. Os modelos baseados em disjunções apresentaram reduções de até três ordens de grandeza nos tempos computacionais.There has been an increasing interest in the development of systematic methods for the synthesis of purification for fermentation products, which are often the most difficult and costly stages in a biochemical process. There are several techniques for recovery and purification of protein mixtures and the most important set includes chromatographic steps, which are especially critical for therapeutical products such as vaccines, antibiotics that require a very high purity level (98 99,9%). Purification is attained after several steps and in each of them the mixture is split into two streams, one that contains the target protein and the other that is discarded. One of the main challenges in the synthesis of downstream purification stages is the appropriate selection and sequencing of chromatographic steps. The objective of this work is to develop methodologies for the synthesis of protein purification processes, which rely on mathematical models, based on mixed integer programming. A two-step procedure is proposed. First, an optimization model is proposed that use physicochemical data on a protein mixture, which contains the desired product, to calculate the minimum number of steps from a set of candidate chromatographic steps that must achieve a specie several sequences may attain this target protein specification, a second model is generated that uses the total number of steps found in the first model to select the operations and their sequence that maximizes the purity of product. Also, models are generated for the special case in which the purification process is sequence independent: in other words, only the selection of steps must be performed. Finally, models based on disjunctive logic are generated in the MILP form and solved for minimization of the number steps and maximum purity, for the particular case in which sequence is irrelevant as well as for the optimization of the sequence of chromatographic techniques. The resulting models for all cases are Mixed Integer Linear Programming (MILP) problems which were solved with th LP = based Branch and Bound method. The methodology is tested in several examples with experimental data, containing up to 13 contaminants and a set of 22 chromatographic steps. The optimal solutions are verified experimentally and compared with the ones obtained by expert systems. The model based on disjunctions presented reductions of up to three oders of magnitude in computational time.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPinto, Jose MauricioVásquez Alvarez, Elsa 2000-03-21info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-28012026-080047/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-01-28T10:06:02Zoai:teses.usp.br:tde-28012026-080047Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-01-28T10:06:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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Há um crescente interesse no desenvolvimento de métodos sistemáticos para a síntese de etapas de purificação de produtos da fermentação, que são freqüentemente os estágios mais difíceis e os mais caros num processo bioquímico. Existem diversastécnicas de recuperação e purificação de misturas de proteínas, sendo as etapas cromatográficas as mais importantes e essenciais no caso de produtos terapêuticos, tais como as vacinas e os antibióticos, os quais requerem um nível de pureza muitoelevado (98 - 99,9%). A pureza desejada é alcançada depois de diversas etapas e em cada uma delas a mistura é separada em duas correntes, uma que contém a proteína alvo e a outra que é descartada. Um dos desafios principais na síntese deestágios de purificação é a seleção e arranjo da seqüência apropriada das etapas cromatográficas. A presente dissertação tem como objetivo desenvolver metodologias para a síntese dos processos de purificação de proteínas, mediante modelosmatemáticos de programação mista inteira. Primeiramente, um modelo de otimização é proposto, o qual usa dados físico - químicos numa mistura de proteínas, que contém o produto desejado, calculando o número mínimo das etapas de purificação portécnicas cromatográficas candidatas que devem atingir um nível especificado de pureza. Uma vez que diversas seqüências podem alcançar a especificação da proteína alvo, um segundo modelo é gerado o qual pode utilizar o número total das etapasencontradas no primeiro modelo para selecionar as operações e sua seqüência que maximize a pureza do produto. Além disso, modelos são gerados para o caso especial em que o processo de purificação é independente da seqüência, ou seja, somente aseleção das etapas deve ser determinada. Finalmente, modelos baseados na lógica disjuntiva são gerados na forma mista inteira e resolvidos para a minimização de passos e pureza máxima, para o caso especial em que a seqüência é irrelevante assim ) como para o caso da otimização da seqüência de técnicas cromatográficas. Em todos os casos os modelos resultantes possuem a estrutura mista - inteira linear e foram resolvidos pelo método Branch and Bound baseado em programaçãolinear. A metodologia é testada em diversos exemplos com dados experimentais, contendo até 13 contaminantes e um conjunto de 22 etapas cromatográficas candidatas. As soluções ótimas são verificadas experimentalmente e comparadas com as obtidaspor sistemas especialistas. Os modelos baseados em disjunções apresentaram reduções de até três ordens de grandeza nos tempos computacionais. |
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