Algoritmo de unificação de grafos e simulação para redes haplotípicas.
| Ano de defesa: | 2012 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Departamento: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-11062013-102421/ |
Resumo: | Esta pesquisa lidou com a unificação de grafos aplicada ao problema das redes haplotípicas. A partir da baixa confiabilidade encontrada nas redes geradas pelos algoritmos tradicionais, foi necessário introduzir uma nova proposição para melhorar o resultado obtido. Para esta avaliar o resultado obtido pelo novo algoritmo, desenvolveu-se um arcabouço teórico-formal possibilitando a generalização de soluções relativas a redes haplotípicas através de aplicação de funções parametrizáveis, facilmente representadas através de linguagens funcionais no estilo LISP. Para aplicação em problemas reais, desenvolveu-se estrutura de simulação e testes que constrói cadeias genéticas de maneira aleatória ou ainda parametrizável. Os testes gerados permitiram observar a melhoria esperada no algoritmo, especialmente para os casos de baixa mutação. O arcabouço de simulação e testes mostrou-se extremamente propício e de fácil utilização, o que o torna, em si mesmo, uma ferramenta a ser disponibilizada para a comunidade acadêmica da área de Biologia. |
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Algoritmo de unificação de grafos e simulação para redes haplotípicas.Algorithmic graph unification and simulations for haplotype networks.Adaptative computationBioinformáticaBioinformaticsComputação adaptativaFilogenéticaGenética de populaçõesGraph theoryPhylogeneticsPopulation geneticsSimulação de sistemasSystems simulationTeoria dos grafosEsta pesquisa lidou com a unificação de grafos aplicada ao problema das redes haplotípicas. A partir da baixa confiabilidade encontrada nas redes geradas pelos algoritmos tradicionais, foi necessário introduzir uma nova proposição para melhorar o resultado obtido. Para esta avaliar o resultado obtido pelo novo algoritmo, desenvolveu-se um arcabouço teórico-formal possibilitando a generalização de soluções relativas a redes haplotípicas através de aplicação de funções parametrizáveis, facilmente representadas através de linguagens funcionais no estilo LISP. Para aplicação em problemas reais, desenvolveu-se estrutura de simulação e testes que constrói cadeias genéticas de maneira aleatória ou ainda parametrizável. Os testes gerados permitiram observar a melhoria esperada no algoritmo, especialmente para os casos de baixa mutação. O arcabouço de simulação e testes mostrou-se extremamente propício e de fácil utilização, o que o torna, em si mesmo, uma ferramenta a ser disponibilizada para a comunidade acadêmica da área de Biologia.This research dealt with the unification of graphs applied to the problem of haplotype networks. From the low reliability found in networks generated by the traditional algorithms, it was necessary to introduce a new proposition to improve the outcome. For proper evaluation of the results obtained by the new algorithm, a formal-theoretical framework for generalization of haplotype networks related solutions, making use of parameterized functions easily represented through LISP-like functional languages. Seeking for real case application of the theory developed, a structure of simulation and testing were developed to build genetic code strings randomly or even parameterized. The generated tests have allowed to observe the expected improvement in the algorithm, especially for cases of low mutation. The framework for simulation and testing was extremely useful and easy to use, making itself a product to be distributed to the academic Biology community.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPRocha, Ricardo Luis de Azevedo daGuiraldelli, Ricardo Henrique Gracini2012-03-19info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3141/tde-11062013-102421/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:10:36Zoai:teses.usp.br:tde-11062013-102421Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:10:36Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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