Papel da variação do número de cópias genômicas na etiologia de pacientes sindrômicos com diferenças/distúrbios do desenvolvimento sexual

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Faria Junior, José Antônio Diniz
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: 46 XX disorders of sex development; Adrenogenital syndrome; Chromosomal duplication; Chromosome deletion; Deleção cromossômica; Disgenesia gonadal; Duplicação cromossômica; Ovotesticular disorders of sex development; Polimorfismo de nucleotídeo único; Polymorphism single nucleotide; Sex chromosome disorders of sex development; Síndrome adrenogenital; Transtornos 46 XX do desenvolvimento sexual; Transtornos do cromossomo sexual no desenvolvimento sexual; Transtornos ovotesticulares do desenvolvimento sexual
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5135/tde-11112021-094500/

As diferenças/distúrbios do desenvolvimento sexual (DDS) afetam 1:1000-4500 nascidos vivos, ocorrendo quando o desenvolvimento do sexo cromossômico, gonadal ou genital são atípicos. Didaticamente as DDS são classificadas em grupos de acordo com o cariótipo do paciente (DDS associada a anormalidades cromossômicas, DDS 46,XY, DDS 46,XX), com o tipo de defeito identificado (alterações do desenvolvimento gonadal, defeitos enzimáticos, defeitos no receptor hormonal) e alterações genéticas quando identificadas. O diagnóstico precoce de uma criança portadora de DDS é fundamental para a obtenção de um bom resultado terapêutico e uma boa qualidade de vida. A pesquisa de mutações em genes-alvo pelo tradicional método de Sanger esclarece apenas cerca de 50 % da etiologia das DDS. As novas estratégias de sequenciamento como as técnicas de array (SNP array e array CGH) possibilita a avaliação de todo o genoma em busca de variações do número de cópias gênicas, o que auxilia não só a identificação de variantes patogênicas em genes já conhecidos, como também a identificação de novos loci cromossômicos envolvidos na etiologia dos DDS, principalmente em pacientes com múltiplas anormalidades sindrômicas. O objetivo deste estudo foi estabelecer o diagnóstico molecular em pacientes com DDS sindrômicos acompanhados no ambulatório da Unidade de Endocrinologia do Desenvolvimento do HC/FMUSP utilizando as metodologias de análise de array genômico (SNP-array). Vinte e dois pacientes portadores de DDS associadas a alterações sindrômicas em diversos sistemas além do trato genital foram incluídos no estudo e foram submetidos à pesquisa de variações do número de cópias (CNVs) através da técnica de bead array utilizando o ensaio Infinium CytoSNP-850K BeadChip® da plataforma Illumina® e o CytoScan HD 750K da Affymetrics®. As CNVs identificadas foram comparadas com diferentes bancos de dados públicos como: UCSC Genome Browser, Database of Genomic Variants e DECIPHER Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensemble Resources. Um total de 229 CNVs foram identificadas: 126 deleções, 66 duplicações e 37 perdas do estado de heterozigose. O tamanho das CNVs encontradas variou de 2,8Kb a 12,7Mb. Nove CNVs em seis pacientes diferentes foram consideradas patogênicas ou provavelmente patogênicas após análise em ferramentas de predição in silico. Em dois pacientes foi estabelecido o diagnóstico de DDS 46,XX SRY + associado ao ganho de cópia genômica de fragmento de 7Mb de Yp. Além dos fragmentos de Y, duas deleções, uma de 1,7Mb na região 3q29 em um paciente e outra de 9Mb na região Xp22.33 em outro paciente, foram reveladas pela técnica de array, justificando o fenótipo sindrômico em ambos os pacientes. Duas CNVs patogênicas associadas à atipia genital e características sindrômicas foram identificadas em dois pacientes portadores de DDS 46,XY: uma deleção de 11,6Mb localizada na região cromossômica 10q25.3-26.2 e uma deleção de 10,9Mb na região 13q33.1. Os genes FGFR2 e EMX2 (10q) e EFNB2 (13q) previamente relacionados com o desenvolvimento gonadal em humanos e camundongos apresentavam uma redução no número de cópias nesses pacientes. Em um terceiro paciente DDS 46,XY identificou-se uma duplicação na região 14q11.2-q12 de 6,5 Mb associada a uma deleção na região 21p11.2-q21.3 de 12,7Mb. A síndrome de deleção de genes contíguos 21q é descrita em indivíduos com um espectro de fenotípico amplo, incluindo malformações genitourinárias, cardíacas e neurológicas, porém até o momento nenhum gene candidato nesta região cromossômica foi relacionado à condição de DDS. Em um paciente portador de DDS 46,XY, atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e catarata congênita, uma deleção de 12Kb no cromossomo 10 foi associada à condição de catarata congênita. Variantes no gene PITX3, contido na região deletada, foram previamente relacionadas a malformações oculares. Nessa região cromossômica, nenhum gene candidato foi associado à condição de DDS. A técnica de SNP-array permitiu estabelecer a etiologia molecular em 40% (2 de 5) dos pacientes com DSD 46,XX e em 17,6% (3 de 17) dos pacientes com DDS 46,XY. Em um dos pacientes DDS 46,XY os achados no array contribuiu para esclarecer parcialmente o fenótipo sindrômico do paciente, mas não condição de atipia genital associada. A técnica de array contribuiu para o diagnóstico em 27,3% dos pacientes DDS sindrômicos analisados neste estudo