Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2007
Autor(a) principal: Castilla, André Coutinho
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5131/tde-16022009-165641/
Resumo: O registro eletrônico do paciente (REP) está sendo gradativamente implantado no meio médico hospitalar. Grande parte das informações essenciais do REP está armazenada na forma de texto narrativo livre, dificultando operações de procura, análise e comparação de dados. O processamento de linguagem natural (PLN) refere-se a um conjunto de técnicas computacionais, cujo objetivo é a análise de texto através de conhecimentos léxicos, gramaticais e semânticos. O presente projeto propõe a criação de uma ferramenta computacional de investigação clínicoepidemiológica aplicada a textos narrativos médicos. Como metodologia propomos a utilização do processador de linguagem natural especializado em medicina MEDLEE desenvolvido para textos em Inglês. Para que seu uso seja possível textos médicos em Português são traduzidos ao Inglês automaticamente. A tradução automatizada (TA) é realizada utilizando o aplicativo baseado em regras SYSTRAN especialmente configurado para processar textos médicos através da incorporação de terminologias especializadas. O resultado desta seqüência de TA e PLN são informações conceituais que serão investigadas à procura de achados clínicos pré-definidos, atrvés de inferência lógica sobre uma ontologia. O objetivo experimental desta tese foi conduzir um estudo de recuperação de informações em um conjunto de 12.869 relatórios de radiografias torácicas à procura de vinte e dois achados clínicos e radiológicas. A sensibilidade e especificidade médias obtidas em comparação com referência formada pela opinião de três médicos radiologistas foram de 0,91 e 0,99 respectivamente. Os resultados obtidos indicam a viabilidade da procura de achados clínicos em relatórios de radiografias torácicas através desta metodologia de acoplamento da TA e PLN. Conseqüentemente em trabalhos futuros poderá ser ampliado o número de achados investigados, estendida a metodologia para textos de outras modalidades, bem como de outros idiomas
id USP_9727ff88929808b7e999a4f4f0937582
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-16022009-165641
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem naturalA tool for clinical and epidemiological investigation in cardiology based on natural language processingArmazenamento e recuperação da informaçãoAutomatic data processingInformation storage and retrievalInformation systemsMedical records systems computerizedNatural language processingProcessamento automatizado de dadosProcessamento de linguagem naturalRadiografia torácicaRadiography thoracicRadiologiaRadiologySistemas computadorizados de registros médicosSistemas de informaçãoO registro eletrônico do paciente (REP) está sendo gradativamente implantado no meio médico hospitalar. Grande parte das informações essenciais do REP está armazenada na forma de texto narrativo livre, dificultando operações de procura, análise e comparação de dados. O processamento de linguagem natural (PLN) refere-se a um conjunto de técnicas computacionais, cujo objetivo é a análise de texto através de conhecimentos léxicos, gramaticais e semânticos. O presente projeto propõe a criação de uma ferramenta computacional de investigação clínicoepidemiológica aplicada a textos narrativos médicos. Como metodologia propomos a utilização do processador de linguagem natural especializado em medicina MEDLEE desenvolvido para textos em Inglês. Para que seu uso seja possível textos médicos em Português são traduzidos ao Inglês automaticamente. A tradução automatizada (TA) é realizada utilizando o aplicativo baseado em regras SYSTRAN especialmente configurado para processar textos médicos através da incorporação de terminologias especializadas. O resultado desta seqüência de TA e PLN são informações conceituais que serão investigadas à procura de achados clínicos pré-definidos, atrvés de inferência lógica sobre uma ontologia. O objetivo experimental desta tese foi conduzir um estudo de recuperação de informações em um conjunto de 12.869 relatórios de radiografias torácicas à procura de vinte e dois achados clínicos e radiológicas. A sensibilidade e especificidade médias obtidas em comparação com referência formada pela opinião de três médicos radiologistas foram de 0,91 e 0,99 respectivamente. Os resultados obtidos indicam a viabilidade da procura de achados clínicos em relatórios de radiografias torácicas através desta metodologia de acoplamento da TA e PLN. Conseqüentemente em trabalhos futuros poderá ser ampliado o número de achados investigados, estendida a metodologia para textos de outras modalidades, bem como de outros idiomasThe Electronic Medical Record (EMR) is gradually replacing paper storage on clinical care settings. Most of essential information contained on EMR is stored as free narrative text, imposing several difficulties on automated data extraction and retrieval. Natural language processing (NLP) refers to computational linguistics tools, whose main objective is text analysis using lexical, grammatical and semantic knowledge. This project describes the creation of a computational tool for clinical and epidemiologic queries on narrative medical texts. The proposed methodology uses the specialized natural language processor MEDLEE developed for English language. To use this processor on Portuguese medical texts chest x-ray reports were Machine Translated into English. The machine translation (MT) was performed by SYSTRAN software, a rule based system customized with a specialized lexicon developed for this project. The result of serial coupling of MT an NLP is tagged text which needs further investigation for extracting clinical findings, whish was done by logical inference upon an ontolgy. The experimental objective of this thesis project was to investigate twenty-two clinical and radiological findings on 12.869 chest x-rays reports. Estimated sensitivity and specificity were 0.91 and 0.99 respectively. The gold standard reference was formed by the opinion of three radiologists. The obtained results indicate the viability of extracting clinical findings from chest x-ray reports using the proposed methodology through coupling MT and NLP. Consequently on future works the number of investigated conditions could be expanded. It is also possible to use this methodology on other medical texts, and on texts of other languagesBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPFuruie, Sergio ShiguemiCastilla, André Coutinho2007-09-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5131/tde-16022009-165641/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:09:57Zoai:teses.usp.br:tde-16022009-165641Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:57Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
A tool for clinical and epidemiological investigation in cardiology based on natural language processing
title Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
spellingShingle Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
Castilla, André Coutinho
Armazenamento e recuperação da informação
Automatic data processing
Information storage and retrieval
Information systems
Medical records systems computerized
Natural language processing
Processamento automatizado de dados
Processamento de linguagem natural
Radiografia torácica
Radiography thoracic
Radiologia
Radiology
Sistemas computadorizados de registros médicos
Sistemas de informação
title_short Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
title_full Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
title_fullStr Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
title_full_unstemmed Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
title_sort Instrumento de investigação clínico-epidemiológica em Cardiologia fundamentado no processamento de linguagem natural
author Castilla, André Coutinho
author_facet Castilla, André Coutinho
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Furuie, Sergio Shiguemi
dc.contributor.author.fl_str_mv Castilla, André Coutinho
dc.subject.por.fl_str_mv Armazenamento e recuperação da informação
Automatic data processing
Information storage and retrieval
Information systems
Medical records systems computerized
Natural language processing
Processamento automatizado de dados
Processamento de linguagem natural
Radiografia torácica
Radiography thoracic
Radiologia
Radiology
Sistemas computadorizados de registros médicos
Sistemas de informação
topic Armazenamento e recuperação da informação
Automatic data processing
Information storage and retrieval
Information systems
Medical records systems computerized
Natural language processing
Processamento automatizado de dados
Processamento de linguagem natural
Radiografia torácica
Radiography thoracic
Radiologia
Radiology
Sistemas computadorizados de registros médicos
Sistemas de informação
description O registro eletrônico do paciente (REP) está sendo gradativamente implantado no meio médico hospitalar. Grande parte das informações essenciais do REP está armazenada na forma de texto narrativo livre, dificultando operações de procura, análise e comparação de dados. O processamento de linguagem natural (PLN) refere-se a um conjunto de técnicas computacionais, cujo objetivo é a análise de texto através de conhecimentos léxicos, gramaticais e semânticos. O presente projeto propõe a criação de uma ferramenta computacional de investigação clínicoepidemiológica aplicada a textos narrativos médicos. Como metodologia propomos a utilização do processador de linguagem natural especializado em medicina MEDLEE desenvolvido para textos em Inglês. Para que seu uso seja possível textos médicos em Português são traduzidos ao Inglês automaticamente. A tradução automatizada (TA) é realizada utilizando o aplicativo baseado em regras SYSTRAN especialmente configurado para processar textos médicos através da incorporação de terminologias especializadas. O resultado desta seqüência de TA e PLN são informações conceituais que serão investigadas à procura de achados clínicos pré-definidos, atrvés de inferência lógica sobre uma ontologia. O objetivo experimental desta tese foi conduzir um estudo de recuperação de informações em um conjunto de 12.869 relatórios de radiografias torácicas à procura de vinte e dois achados clínicos e radiológicas. A sensibilidade e especificidade médias obtidas em comparação com referência formada pela opinião de três médicos radiologistas foram de 0,91 e 0,99 respectivamente. Os resultados obtidos indicam a viabilidade da procura de achados clínicos em relatórios de radiografias torácicas através desta metodologia de acoplamento da TA e PLN. Conseqüentemente em trabalhos futuros poderá ser ampliado o número de achados investigados, estendida a metodologia para textos de outras modalidades, bem como de outros idiomas
publishDate 2007
dc.date.none.fl_str_mv 2007-09-13
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5131/tde-16022009-165641/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5131/tde-16022009-165641/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815258163244433408