Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Azimbagirad, Mehran
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
MRI
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-27092019-102750/
Resumo: A quantificação das alterações do volume do tecido intracraniano na ressonância magnética (RM) auxilia os especialistas a analisar os efeitos das alterações naturais ou patológicas. Como essas alterações podem ser sutis, a precisão do método de compartimentação influencia os estudos para analisar e quantificar os tecidos cerebrais. Nesta tese, revisamos os métodos recentes de segmentação do cérebro usados em ferramentas de imagens médicas. Em seguida, investigando a origem dos erros que podem ocorrer nos algoritmos de segmentação revisados, um pipeline híbrido é proposto para mitigar a influência desses erros. No primeiro capítulo, alguns pré-requisitos sobre estatística e modelos estatísticos e, em seguida, dois estimadores mais utilizados para os parâmetros do modelo são ilustrados. O segundo capítulo explica o uso de um modelo estatístico para segmentar imagens cerebrais. Além disso, as desvantagens desses métodos são discutidas. No terceiro capítulo, propomos um método de segmentação baseado na q-entropia modificada através de um campo aleatório modificado de Markov (Mqe-MMRF) para melhorar a precisão da parcela dos tecidos cerebrais. No último capítulo, os métodos propostos foram submetidos a duas estratégias para avaliar Mqe-MMRF, ou seja, uma simulação de diferentes níveis de ruído em dados de ressonância magnética e um conjunto de vinte dados de ressonância magnética disponíveis a partir de MRBrainS13 como desafio de segmentação de tecido cerebral. Nós acessamos nove métricas de qualidade de segmentação em comparação com delineamentos de tecidos de referência para avaliar o Mqe-MMRF. As simulações de ruído de ressonância magnética mostraram apenas 4,8 \\% de decréscimo nas métricas de pontuação de segmentação após a adição de artefatos de ruído de 40 \\% e 9 \\% de não uniformidade e de ruído Gaussiano, respectivamente. Para cinco sujeitos de treinamento, encontramos melhoras significantes médias nas métricas de similaridade, para cérebro inteiro 0,78, Matéria Branca 2,91, Matéria Cinzenta 3,85 e Líquido Cefalorraquidiano 3,83 \\% (p-valores <0,02) nas métricas quando o Mqe-MMRF é comparado a métodos estado da arte. O Mqe-MMRF foi realizado em 15 outros sujeitos reais no desafio on-line MRBrainS13, e os resultados mantiveram uma classificação mais alta do que as ferramentas de referência, ou seja, FreeSurfer, SPM e FSL. Como o método proposto melhorou a precisão da segmentação do cérebro e classificou o melhor desempenho para GM, ele pode ser usado em estudos morfológicos quantitativos do cérebro
id USP_9bbb89ac4390597f7936ec69466e73f7
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-27092019-102750
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebralTsallis-entropy segmentation through MRF for brain magnetic resonance parcellationImage segmentationMRIMRIq-entropiaq-entropySegmentação de ImagemA quantificação das alterações do volume do tecido intracraniano na ressonância magnética (RM) auxilia os especialistas a analisar os efeitos das alterações naturais ou patológicas. Como essas alterações podem ser sutis, a precisão do método de compartimentação influencia os estudos para analisar e quantificar os tecidos cerebrais. Nesta tese, revisamos os métodos recentes de segmentação do cérebro usados em ferramentas de imagens médicas. Em seguida, investigando a origem dos erros que podem ocorrer nos algoritmos de segmentação revisados, um pipeline híbrido é proposto para mitigar a influência desses erros. No primeiro capítulo, alguns pré-requisitos sobre estatística e modelos estatísticos e, em seguida, dois estimadores mais utilizados para os parâmetros do modelo são ilustrados. O segundo capítulo explica o uso de um modelo estatístico para segmentar imagens cerebrais. Além disso, as desvantagens desses métodos são discutidas. No terceiro capítulo, propomos um método de segmentação baseado na q-entropia modificada através de um campo aleatório modificado de Markov (Mqe-MMRF) para melhorar a precisão da parcela dos tecidos cerebrais. No último capítulo, os métodos propostos foram submetidos a duas estratégias para avaliar Mqe-MMRF, ou seja, uma simulação de diferentes níveis de ruído em dados de ressonância magnética e um conjunto de vinte dados de ressonância magnética disponíveis a partir de MRBrainS13 como desafio de segmentação de tecido cerebral. Nós acessamos nove métricas de qualidade de segmentação em comparação com delineamentos de tecidos de referência para avaliar o Mqe-MMRF. As simulações de ruído de ressonância magnética mostraram apenas 4,8 \\% de decréscimo nas métricas de pontuação de segmentação após a adição de artefatos de ruído de 40 \\% e 9 \\% de não uniformidade e de ruído Gaussiano, respectivamente. Para cinco sujeitos de treinamento, encontramos melhoras significantes médias nas métricas de similaridade, para cérebro inteiro 0,78, Matéria Branca 2,91, Matéria Cinzenta 3,85 e Líquido Cefalorraquidiano 3,83 \\% (p-valores <0,02) nas métricas quando o Mqe-MMRF é comparado a métodos estado da arte. O Mqe-MMRF foi realizado em 15 outros sujeitos reais no desafio on-line MRBrainS13, e os resultados mantiveram uma classificação mais alta do que as ferramentas de referência, ou seja, FreeSurfer, SPM e FSL. Como o método proposto melhorou a precisão da segmentação do cérebro e classificou o melhor desempenho para GM, ele pode ser usado em estudos morfológicos quantitativos do cérebroQuantifying the intracranial tissue volume changes in magnetic resonance imaging (MRI) assists specialists to analyze the effects of natural or pathological changes. Since these changes can be subtle, the accuracy of the compartmentalization method influences studies to analyze and quantify brain tissues. In this thesis, we review the recent brain segmentation methods used in medical imaging tools. Then by investigating the source of mistakes which may happen in the reviewed segmentation algorithms, a hybrid pipeline is proposed in order to mitigate the influence of such mistakes. In the first chapter, some prerequisites about statistics and statistical models and then two most used estimators for the model parameters are illustrated. The second chapter explained using a statistical model to segment brain images. Also, the drawbacks of these methods are discussed. In the third chapter, we propose a segmentation method based on modified q-entropy through a modified Markov random field (Mqe-MMRF) to improve the accuracy of brain tissues parcellation. In the last chapter, we underwent two strategies to evaluate Mqe-MMRF, i.e., a simulation of different levels of noise on MRI data and a set of twenty MRI data available from MRBrainS13 as brain tissue segmentation challenge. We accessed nine segmentation quality metrics compared to reference tissues delineations to evaluate Mqe-MMRF. MRI noise simulations showed only 4.8 \\% decreasing for segmentation scores metrics after adding 40 \\% and 9 \\% non-uniformity and Gaussian noise artifacts, respectively. For five training subjects, we, found significant mean improvements in the similarity metrics, for whole brain 0.78, White Matter 2.91, Gray Matter 3.85 and Cerebrospinal Fluid 3.83 \\% (p-values < 0.02) in the metrics when Mqe-MMRF is compared to the other state of the art methods. The Mqe-MMRF was performed on 15 other real subjects in MRBrainS13 online challenge, and the results held a higher rank than the reference tools, i.e., FreeSurfer, SPM, and FSL. Since the proposed method improved the precision of brain segmentation and ranked the best performance for GM, it can be used in morphological brain quantitative studiesBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPMurta Junior, Luiz OtavioAzimbagirad, Mehran2019-08-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-27092019-102750/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2019-12-17T21:23:02Zoai:teses.usp.br:tde-27092019-102750Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212019-12-17T21:23:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
Tsallis-entropy segmentation through MRF for brain magnetic resonance parcellation
title Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
spellingShingle Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
Azimbagirad, Mehran
Image segmentation
MRI
MRI
q-entropia
q-entropy
Segmentação de Imagem
title_short Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
title_full Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
title_fullStr Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
title_full_unstemmed Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
title_sort Segmentação por entropia de Tsallis através de MRF para o parcelamento de ressonância magnética cerebral
author Azimbagirad, Mehran
author_facet Azimbagirad, Mehran
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Murta Junior, Luiz Otavio
dc.contributor.author.fl_str_mv Azimbagirad, Mehran
dc.subject.por.fl_str_mv Image segmentation
MRI
MRI
q-entropia
q-entropy
Segmentação de Imagem
topic Image segmentation
MRI
MRI
q-entropia
q-entropy
Segmentação de Imagem
description A quantificação das alterações do volume do tecido intracraniano na ressonância magnética (RM) auxilia os especialistas a analisar os efeitos das alterações naturais ou patológicas. Como essas alterações podem ser sutis, a precisão do método de compartimentação influencia os estudos para analisar e quantificar os tecidos cerebrais. Nesta tese, revisamos os métodos recentes de segmentação do cérebro usados em ferramentas de imagens médicas. Em seguida, investigando a origem dos erros que podem ocorrer nos algoritmos de segmentação revisados, um pipeline híbrido é proposto para mitigar a influência desses erros. No primeiro capítulo, alguns pré-requisitos sobre estatística e modelos estatísticos e, em seguida, dois estimadores mais utilizados para os parâmetros do modelo são ilustrados. O segundo capítulo explica o uso de um modelo estatístico para segmentar imagens cerebrais. Além disso, as desvantagens desses métodos são discutidas. No terceiro capítulo, propomos um método de segmentação baseado na q-entropia modificada através de um campo aleatório modificado de Markov (Mqe-MMRF) para melhorar a precisão da parcela dos tecidos cerebrais. No último capítulo, os métodos propostos foram submetidos a duas estratégias para avaliar Mqe-MMRF, ou seja, uma simulação de diferentes níveis de ruído em dados de ressonância magnética e um conjunto de vinte dados de ressonância magnética disponíveis a partir de MRBrainS13 como desafio de segmentação de tecido cerebral. Nós acessamos nove métricas de qualidade de segmentação em comparação com delineamentos de tecidos de referência para avaliar o Mqe-MMRF. As simulações de ruído de ressonância magnética mostraram apenas 4,8 \\% de decréscimo nas métricas de pontuação de segmentação após a adição de artefatos de ruído de 40 \\% e 9 \\% de não uniformidade e de ruído Gaussiano, respectivamente. Para cinco sujeitos de treinamento, encontramos melhoras significantes médias nas métricas de similaridade, para cérebro inteiro 0,78, Matéria Branca 2,91, Matéria Cinzenta 3,85 e Líquido Cefalorraquidiano 3,83 \\% (p-valores <0,02) nas métricas quando o Mqe-MMRF é comparado a métodos estado da arte. O Mqe-MMRF foi realizado em 15 outros sujeitos reais no desafio on-line MRBrainS13, e os resultados mantiveram uma classificação mais alta do que as ferramentas de referência, ou seja, FreeSurfer, SPM e FSL. Como o método proposto melhorou a precisão da segmentação do cérebro e classificou o melhor desempenho para GM, ele pode ser usado em estudos morfológicos quantitativos do cérebro
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-08-13
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-27092019-102750/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-27092019-102750/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815258556155297792