Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2007
Autor(a) principal: André Fujita
Orientador(a): Carlos Eduardo Ferreira
Banca de defesa: Cassio Polpo de Campos, André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho, Eloiza Helena Tajara da Silva, Mari Cleide Sogayar
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade de São Paulo
Programa de Pós-Graduação: Bioinformática
Departamento: Não Informado pela instituição
País: BR
Link de acesso: https://doi.org/10.11606/T.95.2007.tde-14092007-173758
Resumo: A análise da expressão gênica através de dados gerados em experimentos de microarrays de DNA vem possibilitando uma melhor compreensão da dinâmica e dos mecanismos envolvidos nos processos celulares ao nível molecular. O aprimoramento desta análise é crucial para o avanço do conhecimento sobre as bases moleculares das neoplasias e para a identificação de marcadores moleculares para uso em diagnóstico, desenho de novos medicamentos em terapias anti-tumorais. Este trabalho tem como objetivos o desenvolvimento de modelos de análise desses dados, propondo uma nova forma de normalização de dados provenientes de microarrays e dois modelos para a construção de redes regulatórias de expressão gênica, sendo uma baseada na conectividade dinâmica entre diversos genes ao longo do ciclo celular e a outra que resolve o problema da dimensionalidade, em que o número de experimentos de microarrays é menor que o número de genes. Apresenta-se, ainda, um pacote de ferramentas com uma interface gráfica de fácil uso contendo diversas técnicas de análise de dados já conhecidas como também as abordagens propostas neste trabalho.
id USP_9cf44c245bfb75729b7c9016bd47eacb
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-14092007-173758
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias Gene expression data analysis: microarrays and regulatory networks modelling 2007-08-10Carlos Eduardo FerreiraMari Cleide SogayarCassio Polpo de CamposAndré Carlos Ponce de Leon Ferreira de CarvalhoEloiza Helena Tajara da SilvaMari Cleide SogayarAndré FujitaUniversidade de São PauloBioinformáticaUSPBR DNA microarray data normalization DVAR DVAR GEDI microarray microarray normalização de microarrays de DNA redes regulatórias regulatory networks SVAR SVAR VAR VAR A análise da expressão gênica através de dados gerados em experimentos de microarrays de DNA vem possibilitando uma melhor compreensão da dinâmica e dos mecanismos envolvidos nos processos celulares ao nível molecular. O aprimoramento desta análise é crucial para o avanço do conhecimento sobre as bases moleculares das neoplasias e para a identificação de marcadores moleculares para uso em diagnóstico, desenho de novos medicamentos em terapias anti-tumorais. Este trabalho tem como objetivos o desenvolvimento de modelos de análise desses dados, propondo uma nova forma de normalização de dados provenientes de microarrays e dois modelos para a construção de redes regulatórias de expressão gênica, sendo uma baseada na conectividade dinâmica entre diversos genes ao longo do ciclo celular e a outra que resolve o problema da dimensionalidade, em que o número de experimentos de microarrays é menor que o número de genes. Apresenta-se, ainda, um pacote de ferramentas com uma interface gráfica de fácil uso contendo diversas técnicas de análise de dados já conhecidas como também as abordagens propostas neste trabalho. The analyses of DNA microarrays gene expression data are allowing a better comprehension of the dynamics and mechanisms involved in cellular processes at the molecular level. In the cancer field, the improvement of gene expression interpretation is crucial to better understand the molecular basis of the neoplasias and to identify molecular markers to be used in diagnosis and in the design of new anti-tumoral drugs. The main goals of this work were to develop a new method to normalize DNA microarray data and two models to construct gene expression regulatory networks. One method analyses the dynamic connectivity between genes through the cell cycle and the other solves the dimensionality problem in regulatory networks, meaning that the number of experiments is lower than the number of genes. We also developed a toolbox with a user-friendly interface, displaying several established statistical methods implemented to analyze gene expression data as well as the new approaches presented in this work. https://doi.org/10.11606/T.95.2007.tde-14092007-173758info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USP2023-12-21T18:57:44Zoai:teses.usp.br:tde-14092007-173758Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:54Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.pt.fl_str_mv Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
dc.title.alternative.en.fl_str_mv Gene expression data analysis: microarrays and regulatory networks modelling
title Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
spellingShingle Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
André Fujita
title_short Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
title_full Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
title_fullStr Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
title_full_unstemmed Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
title_sort Análise de dados de expressão gênica: normalização de microarrays e modelagem de redes regulatórias
author André Fujita
author_facet André Fujita
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Carlos Eduardo Ferreira
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Mari Cleide Sogayar
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Cassio Polpo de Campos
dc.contributor.referee2.fl_str_mv André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho
dc.contributor.referee3.fl_str_mv Eloiza Helena Tajara da Silva
dc.contributor.referee4.fl_str_mv Mari Cleide Sogayar
dc.contributor.author.fl_str_mv André Fujita
contributor_str_mv Carlos Eduardo Ferreira
Mari Cleide Sogayar
Cassio Polpo de Campos
André Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho
Eloiza Helena Tajara da Silva
Mari Cleide Sogayar
description A análise da expressão gênica através de dados gerados em experimentos de microarrays de DNA vem possibilitando uma melhor compreensão da dinâmica e dos mecanismos envolvidos nos processos celulares ao nível molecular. O aprimoramento desta análise é crucial para o avanço do conhecimento sobre as bases moleculares das neoplasias e para a identificação de marcadores moleculares para uso em diagnóstico, desenho de novos medicamentos em terapias anti-tumorais. Este trabalho tem como objetivos o desenvolvimento de modelos de análise desses dados, propondo uma nova forma de normalização de dados provenientes de microarrays e dois modelos para a construção de redes regulatórias de expressão gênica, sendo uma baseada na conectividade dinâmica entre diversos genes ao longo do ciclo celular e a outra que resolve o problema da dimensionalidade, em que o número de experimentos de microarrays é menor que o número de genes. Apresenta-se, ainda, um pacote de ferramentas com uma interface gráfica de fácil uso contendo diversas técnicas de análise de dados já conhecidas como também as abordagens propostas neste trabalho.
publishDate 2007
dc.date.issued.fl_str_mv 2007-08-10
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://doi.org/10.11606/T.95.2007.tde-14092007-173758
url https://doi.org/10.11606/T.95.2007.tde-14092007-173758
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade de São Paulo
dc.publisher.program.fl_str_mv Bioinformática
dc.publisher.initials.fl_str_mv USP
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
publisher.none.fl_str_mv Universidade de São Paulo
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1786376828487729152