Assinatura de lncRNAs definem alvos diagnósticos e terapêuticos nos subgrupos de meduloblastoma

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Nagano, Luís Fernando Peinado
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Alvo terapêutico; Diagnóstico molecular; LncRNAs; Marcador de prognóstico; Medulloblastoma; Meduloblastoma; Molecular diagnosis; Prognostic marker; Therapeutic target
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-04042025-170949/

Meduloblastoma (MB) é o tumor maligno cerebral mais comum em crianças, caracterizado por alta heterogeneidade molecular. Ele é classificado em quatro subgrupos moleculares principais: WNT, SHH, Grupo 3 e Grupo 4, cada um com características clínicas e prognósticas distintas. Recentemente, RNAs longos não codificantes (lncRNAs) têm emergido como importantes reguladores moleculares em diversos tipos de câncer, incluindo tumores cerebrais. Este estudo teve como objetivo identificar lncRNAs específicos de subgrupos moleculares de MB que possam servir como biomarcadores diagnósticos e terapêuticos potenciais, além de investigar seus papéis na tumorigênese do MB. Foram analisadas 17 amostras de MB pediátrico por RNA-seq, complementadas com dados de RNA-seq de 167 amostras de MB do projeto ICGC PedBrain Tumor. Realizamos análises de expressão diferencial, agrupamento consensual, correlações com genes driver dos subgrupos, análises de enriquecimento de vias, análises de sobrevivência global, deconvolução imune e análises de co-expressão gênica para identificar lncRNAs subgrupo-específicos e explorar seus potenciais mecanismos de ação. Identificamos 135 lncRNAs diferencialmente expressos de forma consistente entre nossas amostras e as do ICGC, específicos para cada subgrupo molecular de MB. As assinaturas desses lncRNAs foram capazes de classificar os pacientes em seus respectivos subgrupos com alta acurácia. Alguns lncRNAs mostraram correlação significativa com genes driver dos subgrupos e com vias oncogênicas críticas, como PI3K-Akt, Hedgehog e Notch. Além disso, lncRNAs como PRICKLE2-AS1, LPP-AS1, FOXD2-AS1 e LINC00271 apresentaram potencial prognóstico e correlacionaram-se com a infiltração de células imunes e com vias metabólicas desreguladas. Nossos achados sugerem que lncRNAs específicos dos subgrupos moleculares de MB podem atuar como biomarcadores diagnósticos e prognósticos, além de desempenharem papéis centrais na regulação de vias oncogênicas e no microambiente tumoral. Esses lncRNAs representam candidatos promissores para estudos futuros, visando a validação funcional e o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas direcionadas ao MB.