Desenvolvimento de um inibidor peptídico potente e específico para toxina MazF

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2023
Autor(a) principal: Cezar, Luís Ricardo Pizzolato
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-27052025-182442/
Resumo: Antibióticos são agentes antimicrobianos que agem através de processos metabólicos ativos como a transcrição, a tradução e a síntese de parede celular. Dessa forma, microrganismos que temporariamente assumem um estado dormente, se tornam menos suscetíveis aos seus efeitos. Células apresentando tal fenótipo são denominadas persistentes. Apesar de diferentes vias levarem a esse estado, sistemas de toxina antitoxina (TA) são postulados como importante na mediação de persistência. TAs são abundantes no cromossomo de procariotos e dão origem a uma toxina com atividade metabólica inibitória e uma antitoxina cognata que a neutraliza sob condições basais. Através da ação de toxinas, microrganismos entram em um estado de baixa atividade metabólica e de maior resiliência a diversos tipos de estresse. Apesar de serem abundantes, certos TAs possuem efeitos mais proeminentes na fisiologia bacteriana, tal como o módulo mazEF. MazF é uma toxina com atividade ribonucleolítica que inibe o crescimento celular através de clivagem de mRNA, enquanto MazE é a antitoxina cognata que mantém MazF inativo por bloqueio de seu sítio catalítico. MazEF tem função de destaque em diversas bactérias, estando envolvido na formação de biofilme e conferindo maior aptidão celular perante várias situações de estresse, tais como infecções por fagos, antibióticos, temperaturas extremas e substâncias oxidativas. Através da técnica de phage display, descobrimos um inibidor peptídico potente e específico para a toxina MazF de E. coli, chamado aqui de P1. O peptídeo foi obtido através de síntese química e sua interação com MazF foi caracterizada por ensaios de cinética enzimática e calorimetria de titulação isotérmica (ITC). A nível molecular, a interação proteína-peptídeo foi verificada por ressonância nuclear magnética (RMN). Demonstramos que P1 é um inibidor competitivo de MazF. Através de extensa varredura da estrutura primária de P1, desenvolvemos análogos com maior solubilidade em meio aquoso e especificidade para MazF. P1 se mostrou funcional in vivo. Observamos que uma ativação determinística de MazF causa forte inibição metabólica com consequente aquisição de tolerância à antibióticos. P1 foi eficientemente capaz de impedir esse processo. Tal conjunto de dados indica que P1 pode ser considerado como uma excelente ferramenta de estudo de MazF in vivo e um possível agente regulador de persistência bacteriana.
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Através da ação de toxinas, microrganismos entram em um estado de baixa atividade metabólica e de maior resiliência a diversos tipos de estresse. Apesar de serem abundantes, certos TAs possuem efeitos mais proeminentes na fisiologia bacteriana, tal como o módulo mazEF. MazF é uma toxina com atividade ribonucleolítica que inibe o crescimento celular através de clivagem de mRNA, enquanto MazE é a antitoxina cognata que mantém MazF inativo por bloqueio de seu sítio catalítico. MazEF tem função de destaque em diversas bactérias, estando envolvido na formação de biofilme e conferindo maior aptidão celular perante várias situações de estresse, tais como infecções por fagos, antibióticos, temperaturas extremas e substâncias oxidativas. Através da técnica de phage display, descobrimos um inibidor peptídico potente e específico para a toxina MazF de E. coli, chamado aqui de P1. O peptídeo foi obtido através de síntese química e sua interação com MazF foi caracterizada por ensaios de cinética enzimática e calorimetria de titulação isotérmica (ITC). A nível molecular, a interação proteína-peptídeo foi verificada por ressonância nuclear magnética (RMN). Demonstramos que P1 é um inibidor competitivo de MazF. Através de extensa varredura da estrutura primária de P1, desenvolvemos análogos com maior solubilidade em meio aquoso e especificidade para MazF. P1 se mostrou funcional in vivo. Observamos que uma ativação determinística de MazF causa forte inibição metabólica com consequente aquisição de tolerância à antibióticos. P1 foi eficientemente capaz de impedir esse processo. Tal conjunto de dados indica que P1 pode ser considerado como uma excelente ferramenta de estudo de MazF in vivo e um possível agente regulador de persistência bacteriana.Antibiotics are compounds that act through active metabolic processes, such as transcription, translation and cell wall synthesis. Therefore, microorganisms that temporarily assume a dormant state are less susceptible to antibiotics. Cells displaying such phenotype are called persistent. Although different pathways lead to this state, toxin-antitoxin (TA) systems are postulated to be play an important role in persistence. TAs are abundant in the chromosome of prokaryotes. They are composed of a toxin with growth inhibitory activity and a cognate antitoxin that keeps the toxin inactive under basal conditions. Through toxins, microorganisms enter a state of low metabolic activity and great resilience to different types of stress. Despite being abundant, certain TAs have more prominent effects on bacterial physiology, such as the mazEF module. MazF is a toxin with ribonucleolytic activity that inhibits cell growth through mRNA cleavage, while MazE is the cognate antitoxin that keeps MazF inactive by blocking its catalytic site. MazEF has a prominent role in several bacteria, being involved in the formation of biofilm and providing increasing fitness in face of various stress situations, such as phage infection, antibiotics, extreme temperatures and oxidative stress. In this thesis, a potent and specific peptide inhibitor for the E. coli MazF toxin, called P1, was discovered through the phage display technique. The peptide was produced by chemical synthesis and its interaction with MazF was characterized by enzymatic kinetics assays and isothermal titration calorimetry (ITC). At molecular level, the interaction protein-peptide was analyzed by nuclear magnetic resonance (NMR). We demonstrated that P1 is a competitive inhibitor. Through extensive scanning of the primary structure of P1, we developed analogues with increased solubility and specificity for MazF. P1 proved to be functional in vivo. It was observed that a deterministic activation of MazF causes a strong metabolic inhibition with consequent acquisition of tolerance to antibiotics. P1 was efficiently able to prevent this process, and thus, it can be considered as an excellent tool to study MazF in vivo and as a possible regulator of bacterial persistence.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPMachini, Maria TeresaSalinas, Roberto KopkeCezar, Luís Ricardo Pizzolato2023-05-26info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-27052025-182442/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-07-03T19:37:02Zoai:teses.usp.br:tde-27052025-182442Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-07-03T19:37:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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