Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Damron, Brittany Nicole
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: eng
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-08052020-104710/
Resumo: The family Cosmetidae (Arachnida: Opiliones) is the most diverse harvestmen family in Central America, second to the family Gonyleptidae in the Neotropics. They remain a poorly studied group, and benefit from any systematic work. This PhD research is an attempt at understanding the relationships within the family Cosmetidae. Multiple optimality criteria were used, total evidence using direct optimization in POY and Maximum Likelihood in RAxML, and molecular only using Bayesian in BEAST, divergence dating were also calculated in BEAST. Five molecular markers were used (28S rRNA, 12S rRNA, 16S rRNA, COI, and H3), and 95 morphological characters (i.e. genitalia characters, dorsal scutum outline, dorsal scutum armature) to determine clades. Analyses demonstrate that the current subfamilies of Cosmetidae (Discosomaticinae and Cosmetinae) are not valid, and the subfamily Cosmetinae is a paraphyletic group. While some monophyly of genera is implied in this analysis (see Taito, Metalibitia, and Ferkeria), other genera rediagnosed in recent literature are not (Cynorta, Paecileama, and Flirtea). It was demonstrated in these analyses that geographic range and therefore shared history is an important characteristic to consider when defining clades. A new subfamily is proposed here, supported by phylogenetic hypotheses and morphology. Preliminary divergence dating analyses shows that the family Cosmetidae is more than 10 million years older than originally estimated, with an age of approximately 47±5 myr. New diagnoses of species, genera, and subfamilies within the family Cosmetidae should focus on genitalia characters, and biogeographic region of species in the groups
id USP_9f4d0f0caec1c5e2c2136f681c68b6ad
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-08052020-104710
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of CosmetidaeFilogenética e a evolução da morfologia na família Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): o curioso caso de CosmetidaeCosmetidaeCosmetidaeFilogenéticaOpilionesOpilionesPhylogeneticsThe family Cosmetidae (Arachnida: Opiliones) is the most diverse harvestmen family in Central America, second to the family Gonyleptidae in the Neotropics. They remain a poorly studied group, and benefit from any systematic work. This PhD research is an attempt at understanding the relationships within the family Cosmetidae. Multiple optimality criteria were used, total evidence using direct optimization in POY and Maximum Likelihood in RAxML, and molecular only using Bayesian in BEAST, divergence dating were also calculated in BEAST. Five molecular markers were used (28S rRNA, 12S rRNA, 16S rRNA, COI, and H3), and 95 morphological characters (i.e. genitalia characters, dorsal scutum outline, dorsal scutum armature) to determine clades. Analyses demonstrate that the current subfamilies of Cosmetidae (Discosomaticinae and Cosmetinae) are not valid, and the subfamily Cosmetinae is a paraphyletic group. While some monophyly of genera is implied in this analysis (see Taito, Metalibitia, and Ferkeria), other genera rediagnosed in recent literature are not (Cynorta, Paecileama, and Flirtea). It was demonstrated in these analyses that geographic range and therefore shared history is an important characteristic to consider when defining clades. A new subfamily is proposed here, supported by phylogenetic hypotheses and morphology. Preliminary divergence dating analyses shows that the family Cosmetidae is more than 10 million years older than originally estimated, with an age of approximately 47±5 myr. New diagnoses of species, genera, and subfamilies within the family Cosmetidae should focus on genitalia characters, and biogeographic region of species in the groupsA família Cosmetidae (Arachnida: Opiliones) é a família de Opiliones mais diversificada da América Central, e depois da família Gonyleptidae nos Neotrópicos. Continuam sendo um grupo pouco estudado e se beneficiam de qualquer trabalho sistemático. Esta pesquisa de PhD é uma tentativa de entender as relações dentro da família. Foram utilizados múltiplos critérios de otimalidade, evidência total usando otimização direta em POY e máxima verossimilhança em RAxML, e molecular apenas usando Bayesiano em BEAST, datação por divergência foram calculadas em BEAST. Foram utilizados cinco marcadores (28S rRNA, 12S rRNA, 16S rRNA, COI e H3) e 95 caracteres morfológicos (i.e. caracteres genitais, contorno do escuto dorsal, armadura do escuto dorsal) para determinar os clados. As análises demonstram que as subfamílias atuais (Discosomaticinae e Cosmetinae) não são válidas e a subfamília Cosmetinae é um grupo parafilético. Enquanto parte da monofilia de gêneros está implícita (Taito, Metalibitia, Ferkeria), outros gêneros diagnosticados na literatura recente não são (Cynorta, Paecileama, Flirtea). Foi demonstrado aqui que o alcance geográfico e, portanto, o histórico compartilhado são uma característica importante a ser considerada na definição de clados. Uma nova subfamília é proposta aqui, apoiada por hipóteses filogenéticas e morfologia. Análises preliminares de datação por divergência mostram que a família tem mais de 10 my a mais do que o inicialmente estimado, com uma idade de 47±5 my. Novos diagnósticos de espécies, gêneros e subfamílias da família devem se concentrar nos caracteres da genitália e na região biogeográfica das espécies nos gruposBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPRocha, Ricardo Pinto daDamron, Brittany Nicole2020-02-20info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-08052020-104710/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesseng2022-05-08T12:59:42Zoai:teses.usp.br:tde-08052020-104710Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-05-08T12:59:42Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
Filogenética e a evolução da morfologia na família Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): o curioso caso de Cosmetidae
title Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
spellingShingle Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
Damron, Brittany Nicole
Cosmetidae
Cosmetidae
Filogenética
Opiliones
Opiliones
Phylogenetics
title_short Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
title_full Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
title_fullStr Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
title_full_unstemmed Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
title_sort Phylogenetics and morphology evolution of the family Cosmetidae Koch, 1839 (Arachnida: Opiliones): the curious case of Cosmetidae
author Damron, Brittany Nicole
author_facet Damron, Brittany Nicole
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Rocha, Ricardo Pinto da
dc.contributor.author.fl_str_mv Damron, Brittany Nicole
dc.subject.por.fl_str_mv Cosmetidae
Cosmetidae
Filogenética
Opiliones
Opiliones
Phylogenetics
topic Cosmetidae
Cosmetidae
Filogenética
Opiliones
Opiliones
Phylogenetics
description The family Cosmetidae (Arachnida: Opiliones) is the most diverse harvestmen family in Central America, second to the family Gonyleptidae in the Neotropics. They remain a poorly studied group, and benefit from any systematic work. This PhD research is an attempt at understanding the relationships within the family Cosmetidae. Multiple optimality criteria were used, total evidence using direct optimization in POY and Maximum Likelihood in RAxML, and molecular only using Bayesian in BEAST, divergence dating were also calculated in BEAST. Five molecular markers were used (28S rRNA, 12S rRNA, 16S rRNA, COI, and H3), and 95 morphological characters (i.e. genitalia characters, dorsal scutum outline, dorsal scutum armature) to determine clades. Analyses demonstrate that the current subfamilies of Cosmetidae (Discosomaticinae and Cosmetinae) are not valid, and the subfamily Cosmetinae is a paraphyletic group. While some monophyly of genera is implied in this analysis (see Taito, Metalibitia, and Ferkeria), other genera rediagnosed in recent literature are not (Cynorta, Paecileama, and Flirtea). It was demonstrated in these analyses that geographic range and therefore shared history is an important characteristic to consider when defining clades. A new subfamily is proposed here, supported by phylogenetic hypotheses and morphology. Preliminary divergence dating analyses shows that the family Cosmetidae is more than 10 million years older than originally estimated, with an age of approximately 47±5 myr. New diagnoses of species, genera, and subfamilies within the family Cosmetidae should focus on genitalia characters, and biogeographic region of species in the groups
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020-02-20
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-08052020-104710/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-08052020-104710/
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257974914940928