\"Frozen density embedding\" aplicado à dinâmica molecular ab initio e propriedades magnéticas de complexos de metais pesados
| Ano de defesa: | 2024 |
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| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15052025-124236/ |
Resumo: | A proposta deste trabalho é estabelecer um protocolo de análise dos resultados da dinâmica molecular ab initio que envolva a metodologia “frozen density embedding” (FDE). Para tanto tal protocolo será comparado com o protocolo já utilizado para cálculo de propriedades magnéticas de sistemas solvatados, de modo a vericar se a redução do custo computacional através das aproximações FDE é justicada por uma perda pouco considerável de precisão nos resultados das propriedades magnéticas. São estudados 3 sistemas contendo um complexo bimetálico (NC)5Pt-Tl, (NC)5Pt-Tl(en) e (NC)5Pt-Tl(en)2, com ligantes ciano (CN-) e etilenodiamina (H2NCH2CH2NH2, en) - solvatado por dimetilsulfóxido (DMSO). Os sistemas são submetidos ao cálculo de dinâmica molecular de Car-Parrinello, da qual são extraídas congurações para determinação das propriedades magnéticas. A utilização de 64 congurações e 10 moléculas explícitas de DMSO com o modelo dielétrico contínuo de solvatação implícita COSMO (“COnductor-like Screening MOdel”`) descreve adequadamente as constantes de acoplamento indireto spin-spin e os deslocamentos químicos avaliados. A busca por um protocolo de menor custo computacional é de alta importância para esse tipo de sistema: ao passo que os resultados obtidos são satisfatórios, os atuais recursos computacionais tornam impraticável considerar mais moléculas explícitas de DMSO ou a inclusão de um maior número de congurações para obter as propriedades médias. A implementação de um protocolo FDE considera inicialmente a partição do soluto como subsistema ativo e as 10 moléculas de solvente como vizinhança: a vizinhança é tratada como um único fragmento submetido a 5 ciclos de congelamento-e-descongelamento (“freeze-and-thaw”). Novas partições consideram a inclusão de até 5 moléculas de solvente no subsistema ativo, melhorando a precisão dos resultados das propriedades magnéticas. A aproximação FDE gera resultados muito precisos para (NC)5Pt-Tl(en)2, evidenciando que a descrição de suas propriedades magnéticas são pouco inuenciadas pelos efeitos do solvente. Entretanto, para o complexo (NC)5PtTl, que é mais sensível aos efeitos do solvente, ainda apresenta melhores resultados com o protocolo original. Apesar disso, a aproximação FDE reduz o tempo computacional de execução, permitindo expandir o tamanho dos sistemas analisados. O protocolo serve como ponto de partida para investigações futuras, de modo a ampliar os tipos de sistemas que podem ser estudados com a abordagem FDE. |
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\"Frozen density embedding\" aplicado à dinâmica molecular ab initio e propriedades magnéticas de complexos de metais pesados\"Frozen density embedding\" applied on ab initio molecular dynamics and magnetic properties of heavy metal complexesab initio molecular dynamicsAIMDAIMD, Density functional theoryChemical shiftConstantes de acoplamento Indireto spin-spinConstantes de blindagemDeslocamentos químicosDFTDFTDinâmica molecular ab initioFDEFDEFrozen density dmbeddingFrozen density embeddingHeavy metalsIndirect Spin-spin coupling constantMetais pesadosNMRNuclear magnetic resonancePlatinaPlatinumRessonância magnética nuclearRMNShielding constantTálioTeoria do funcional da densidadeThalliumA proposta deste trabalho é estabelecer um protocolo de análise dos resultados da dinâmica molecular ab initio que envolva a metodologia “frozen density embedding” (FDE). Para tanto tal protocolo será comparado com o protocolo já utilizado para cálculo de propriedades magnéticas de sistemas solvatados, de modo a vericar se a redução do custo computacional através das aproximações FDE é justicada por uma perda pouco considerável de precisão nos resultados das propriedades magnéticas. São estudados 3 sistemas contendo um complexo bimetálico (NC)5Pt-Tl, (NC)5Pt-Tl(en) e (NC)5Pt-Tl(en)2, com ligantes ciano (CN-) e etilenodiamina (H2NCH2CH2NH2, en) - solvatado por dimetilsulfóxido (DMSO). Os sistemas são submetidos ao cálculo de dinâmica molecular de Car-Parrinello, da qual são extraídas congurações para determinação das propriedades magnéticas. A utilização de 64 congurações e 10 moléculas explícitas de DMSO com o modelo dielétrico contínuo de solvatação implícita COSMO (“COnductor-like Screening MOdel”`) descreve adequadamente as constantes de acoplamento indireto spin-spin e os deslocamentos químicos avaliados. A busca por um protocolo de menor custo computacional é de alta importância para esse tipo de sistema: ao passo que os resultados obtidos são satisfatórios, os atuais recursos computacionais tornam impraticável considerar mais moléculas explícitas de DMSO ou a inclusão de um maior número de congurações para obter as propriedades médias. A implementação de um protocolo FDE considera inicialmente a partição do soluto como subsistema ativo e as 10 moléculas de solvente como vizinhança: a vizinhança é tratada como um único fragmento submetido a 5 ciclos de congelamento-e-descongelamento (“freeze-and-thaw”). Novas partições consideram a inclusão de até 5 moléculas de solvente no subsistema ativo, melhorando a precisão dos resultados das propriedades magnéticas. A aproximação FDE gera resultados muito precisos para (NC)5Pt-Tl(en)2, evidenciando que a descrição de suas propriedades magnéticas são pouco inuenciadas pelos efeitos do solvente. Entretanto, para o complexo (NC)5PtTl, que é mais sensível aos efeitos do solvente, ainda apresenta melhores resultados com o protocolo original. Apesar disso, a aproximação FDE reduz o tempo computacional de execução, permitindo expandir o tamanho dos sistemas analisados. O protocolo serve como ponto de partida para investigações futuras, de modo a ampliar os tipos de sistemas que podem ser estudados com a abordagem FDE.The object of this thesis is to establish an analysis protocol for results of ab initio molecular dynamics that involve frozen density embedding (FDE) theory. This protocol will be compared to other already established protocols used to calculate magnetic properties of solvated systems, verifying if the reduction of computational costs of FDE is justied in cost of for a minor loss of precision on the result of magnetic properties. 3 systems containing bimetallic complexes (NC)5Pt-Tl, (NC)5Pt-Tl(en) e (NC)5Pt-Tl(en)2, with cyano (CN-) and ethylenediamine (H2NCH2CH2NH2, en) ligands solvated by dimethylsulfoxide (DMSO) were studied. The systems underwent Car-Parrinello molecular dynamics, in which were extracted congurations for the determination of magnetic properties. The use of 64 congurations and 10 explicit molecules of DMSO with COSMO (COnductor-like Screening MOdel) dielectric continuum model of implicit solvation adequately describes the spin-spin indirect coupling constant and the chemical shifts evaluated. The search for a less computationally expensive protocol is highly important for this kind of system: while the obtained results are satisfactory, the current computational resources make it infeasible to consider mode explicit DMSO molecules or the inclusion of more congurations to obtain mean properties. The implementation of this FDE protocol considers initially the partition of a solute as an active subsystem and the 10 neighboring molecules of solvent as its neighborhood: the neighborhood is considered as a single fragment submitted to 5 cycles of freeze-and-thaw. New partitions consider the inclusion of up to 5 molecules of solvent in this active subsystem, improving the precision of results of magnetic properties. The FDE approximation yields very precise results for (NC)5Pt-Tl(en)2, evidencing that the description of its magnetic properties are little aected by solvent eects. However, for the (NC)5Pt-Tl complex, the most sensitive to solvent eects, still presents results better than the original protocol. Nevertheless, the FDE approximation reduces the execution computation time, allowing to expand the size of analysed systems. The protocol serves as a starting point for further investigations, broadening the types of systems that can be studied with the FDE approach.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPDucati, Lucas ColucciTeixeira, Luiz Felipe Guain2024-05-06info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46136/tde-15052025-124236/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-06-13T18:20:02Zoai:teses.usp.br:tde-15052025-124236Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-06-13T18:20:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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