Mapeamento de QTL para qualidade de frutos de citros utilizando marcadores DArT-seq

• Ano de defesa: 2016
• Autor(a) principal: Curtolo, Maiara
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Integrated map; Mapa integrado; Scion varieties; Sintenia; Sinteny; Variedades copa
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-13092016-151835/

A incorporação de novas ferramentas biotecnológicas aos programas de melhoramento de citros oferece inúmeras possibilidades. Os marcadores DArTTM (Diversity Arrays Technology), combinados à técnica de sequenciamento de última geração, apresentam boa aplicabilidade na construção de mapas genéticos de alta resolução e no mapeamento de QTL (Quantitative Trai Loci). Assim, este estudo teve como objetivo construir um mapa genético integrado de tangor \'Murcott\' e laranja \'Pera\' usando os marcadores moleculares do tipo DArT_seqTM e localizar QTLs para doze caracteres de qualidade de frutos. A partir de um cruzamento controlado entre tangor \'Murcott\' e laranja \'Pera\', realizado no banco de germoplasma de Citros do Centro de Citricultura \"Sylvio Moreira\", Instituto Agronômico de Campinas, localizado em Cordeirópolis-SP, em 1997. Foi obtida uma família de 350 indivíduos híbridos, dos quais 278 foram selecionados para avaliação das características de fruto em 2012. No presente trabalho, esses 278 indivíduos foram genotipados usando os marcadores DArTseqTM. Para construir o mapa integrado foi utilizado o programa OneMap e foram considerados apenas os marcadores que não apresentaram desvio de segregação mendeliana. A razão de verossimilhança foi utilizada para a formação de grupos de ligação, além da informação genômica obtida a partir do genoma sequenciado de Citrus sinensis L. Osbeck disponível em (http://citrus.hzau.edu.cn/orange/index.php). O mapa parcialmente integrado foi composto de 661 marcadores, ligados em 13 grupos, que correspondem ao número haplóide de cromossomos da espécie, com cobertura genômica de 2.774 cM. De acordo com as análises de mapeamento por intervalo composto e os resultados do teste de permutação, um total 19 QTLs foram identificados, tendo em conta as características de fruto analisadas: peso (g), diâmetro (cm), altura (cm), relação diâmetro / altura, espessura da casca (cm), número de gomos, teor de sólidos solúveis (°Brix), acidez titulável (%), rendimento de suco (%), número de sementes, valor do índice tecnológico (IT) e número estimado de frutos por caixa. O mapa genético integrado foi comparado com o genoma (pseudochromosomes) de Citrus sinensis e sintenias foram claramente identificadas. A análise mais aprofundada das regiões genômicas (QTLs) apresentando os maiores valores de LOD score permitiu identificar a presença de genes candidatos que podem estar associados com as características analisadas