Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite
| Ano de defesa: | 2021 |
|---|---|
| Autor(a) principal: | |
| Orientador(a): | |
| Banca de defesa: | |
| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
|
| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
|
| Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
| País: |
Não Informado pela instituição
|
| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/ |
Resumo: | O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho diagnóstico (especificidade, Sp; sensibilidade, Se; valor preditivo positivo, VPP; valor preditivo negativo, VPN; e acurácia, Ac) de dois meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram- positivas (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus e Staphylococcus epidermidis) causadoras de mastite subclínica (MSC) em vacas leiteiras. Para isso, foi avaliado o desempenho dos meios de cultura cromogênicos seletivos para bactérias Gram-positivas (GP) e Staphylococcus (S) (CHROMagar™, Paris França) em amostras de leite provenientes de: 1) vacas com MSC durante a lactação (n = 504), e 2) vacas no período pós-parto (PP) (7 ± 3 dias pós parto; n = 536). A identificação rápida das bactérias Gram-positivas nos meios de cultura foi realizada por leitura visual da coloração das colônias após 24 h de incubação a 37°C. A identificação bacteriana por espectrometria de massas por MALDI-TOF MS de isolados em ágar sangue foi considerada a metodologia de referência para cálculo de: Ac, Se, Sp, VPP, VPN e coeficiente de concordância Kappa de Cohen. O meio GP apresentou alta acurácia de identificação de Streptococcus agalactiae/dysgalactiae tanto em amostras de MSC (Se: 89,1%; Sp: 96,3% e Ac: 95,6%) quanto em amostras de vacas em PP (Se: 100%; Sp: 99,0% e Ac: 99,1%). Resultados semelhantes foram observados para identificação de Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90,5%; Sp: 92,5% e Ac: 92,3%) em amostras de MSC e Se: 100%; Sp: 99,6% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP com o uso do meio GP. No entanto, o meio GP apresentou baixa Se (25,0% em amostras de MSC e 50,0% em amostras de vacas em PP) na identificação de Staphylococcus aureus, apesar da alta Sp e Ac (Sp: 98,3% e Ac: 95,4% em amostras de MSC e Sp: 99,4% e Ac: 98,9% em amostras de vacas em PP). O meio de cultura S apresentou alta acurácia de identificação de Staphylococcus aureus (Se: 80,0%; Sp: 98,8% e Ac: 98,0% em amostras de MSC e Se: 66,7%; Sp: 100% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP), apesar de a baixa prevalência dos patógenos Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus saprophyticus limitar inferências sobre a acurácia da identificação destes patógenos no meio S. Apesar da limitação do meio GP na identificação de Staphylococcus aureus, os resultados de Se e Sp para Streptococcus uberis/Enterococcus spp. e Streptococcus agalactiae/dysgalactiae foram, de forma geral, elevados, e o desempenho diagnóstico do meio S na identificação de Staphylococcus aureus foi satisfatório tanto em amostras de MSC quanto de PP. Portanto, os meios GP e S podem ser alternativas viáveis para identificação rápida de agentes causadores de MSC e para monitoramento de vacas PP em sistema de cultura microbiológica na fazenda. |
| id |
USP_aaaed8f9c9f66059be479831b0b1842b |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-19042021-140949 |
| network_acronym_str |
USP |
| network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository_id_str |
|
| spelling |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastiteEvaluation of chromogenic culture media for rapid identification of Gram-positive bacteria causing mastitesChromogenic culture mediaCultura na fazendaIdentificação microbiológicaMastite subclínicaMeios de cultura cromogênicosMicrobiological identificationMilk qualityOn-farm cultureQualidade do leiteSubclinical mastitesO objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho diagnóstico (especificidade, Sp; sensibilidade, Se; valor preditivo positivo, VPP; valor preditivo negativo, VPN; e acurácia, Ac) de dois meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram- positivas (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus e Staphylococcus epidermidis) causadoras de mastite subclínica (MSC) em vacas leiteiras. Para isso, foi avaliado o desempenho dos meios de cultura cromogênicos seletivos para bactérias Gram-positivas (GP) e Staphylococcus (S) (CHROMagar™, Paris França) em amostras de leite provenientes de: 1) vacas com MSC durante a lactação (n = 504), e 2) vacas no período pós-parto (PP) (7 ± 3 dias pós parto; n = 536). A identificação rápida das bactérias Gram-positivas nos meios de cultura foi realizada por leitura visual da coloração das colônias após 24 h de incubação a 37°C. A identificação bacteriana por espectrometria de massas por MALDI-TOF MS de isolados em ágar sangue foi considerada a metodologia de referência para cálculo de: Ac, Se, Sp, VPP, VPN e coeficiente de concordância Kappa de Cohen. O meio GP apresentou alta acurácia de identificação de Streptococcus agalactiae/dysgalactiae tanto em amostras de MSC (Se: 89,1%; Sp: 96,3% e Ac: 95,6%) quanto em amostras de vacas em PP (Se: 100%; Sp: 99,0% e Ac: 99,1%). Resultados semelhantes foram observados para identificação de Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90,5%; Sp: 92,5% e Ac: 92,3%) em amostras de MSC e Se: 100%; Sp: 99,6% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP com o uso do meio GP. No entanto, o meio GP apresentou baixa Se (25,0% em amostras de MSC e 50,0% em amostras de vacas em PP) na identificação de Staphylococcus aureus, apesar da alta Sp e Ac (Sp: 98,3% e Ac: 95,4% em amostras de MSC e Sp: 99,4% e Ac: 98,9% em amostras de vacas em PP). O meio de cultura S apresentou alta acurácia de identificação de Staphylococcus aureus (Se: 80,0%; Sp: 98,8% e Ac: 98,0% em amostras de MSC e Se: 66,7%; Sp: 100% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP), apesar de a baixa prevalência dos patógenos Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus saprophyticus limitar inferências sobre a acurácia da identificação destes patógenos no meio S. Apesar da limitação do meio GP na identificação de Staphylococcus aureus, os resultados de Se e Sp para Streptococcus uberis/Enterococcus spp. e Streptococcus agalactiae/dysgalactiae foram, de forma geral, elevados, e o desempenho diagnóstico do meio S na identificação de Staphylococcus aureus foi satisfatório tanto em amostras de MSC quanto de PP. Portanto, os meios GP e S podem ser alternativas viáveis para identificação rápida de agentes causadores de MSC e para monitoramento de vacas PP em sistema de cultura microbiológica na fazenda.The aim of the present study was to evaluate the diagnostic performance (specificity, Sp; sensitivity, Se; positive predictive value, PPV; negative predictive value, NPV; and accuracy, Ac) of two chromogenic culture media for rapid identification of Gram-positive bacteria (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus and Staphylococcus epidermidis) that cause subclinical mastitis (SCM) in dairy cows. For this purpose, the performance of the selective chromogenic culture media for Gram-positive (GP) and Staphylococcus (S) (CHROMagar ™, Paris - France) in milk samples from: 1) cows with SCM during lactation ( n = 504), and 2) cows in the postpartum period (PP) (7 ± 3 days postpartum; n = 536). Rapid identification of Gram-positive bacteria in the culture media was performed by visual inspection of colony colors after 24 h of incubation at 37 ° C. The bacterial mass spectrometry identification by MALDI-TOF MS of isolates on blood agar was considered the reference methodology for calculating: Ac, Se, Sp, VPP, VPN and Cohen's Kappa coefficient of agreement. The GP media showed high accuracy in the identification of Streptococcus agalactiae/dysgalactiae both in samples of SCM (Se: 89.1%; Sp: 96.3% and Ac: 95.6%) and in samples of cows in PP (Se: 100%; Sp: 99.0% and Ac: 99.1%). Similar results were observed for the identification of Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90.5%; Sp: 92.5% and Ac: 92.3%) in samples of SCM and Se: 100%; Sp: 99.6% and Ac: 99.6% in PP cow samples using the GP medium. However, the GP media showed low Se (25.0% in samples of SCM and 50.0% in samples of cows in PP) in the identification of Staphylococcus aureus, despite the high Sp and Ac (Sp: 98.3% and Ac: 95.4% in samples of SCM and Sp: 99.4% and Ac: 98.9% in samples of cows in PP). Culture media S showed high accuracy in the identification of Staphylococcus aureus (Se: 80.0%; Sp: 98.8% and Ac: 98.0% in SCM samples and Se: 66.7%; Sp: 100% and Ac: 99.6% in samples of cows in PP), although the low prevalence of the pathogens Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus saprophyticus limit inferences about the accuracy of the identification of these pathogens in the S environment. Despite the limitation of the GP media in the identification of Staphylococcus aureus, the results of Se and Sp for Streptococcus uberis/Enterococcus spp. and Streptococcus agalactiae/dysgalactiae were, in general, elevated, and the diagnostic performance of S media in the identification of Staphylococcus aureus was satisfactory in both SCM and PP samples. Thereforet GP and S media may be viable alternatives for the rapid identification of SCM causing agents and for monitoring PP cows in on-farm microbiological culture systems.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSantos, Marcos Veiga dosGarcia, Breno Luis Nery2021-02-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-04-04T19:34:02Zoai:teses.usp.br:tde-19042021-140949Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-04-04T19:34:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
| dc.title.none.fl_str_mv |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite Evaluation of chromogenic culture media for rapid identification of Gram-positive bacteria causing mastites |
| title |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| spellingShingle |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite Garcia, Breno Luis Nery Chromogenic culture media Cultura na fazenda Identificação microbiológica Mastite subclínica Meios de cultura cromogênicos Microbiological identification Milk quality On-farm culture Qualidade do leite Subclinical mastites |
| title_short |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| title_full |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| title_fullStr |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| title_full_unstemmed |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| title_sort |
Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite |
| author |
Garcia, Breno Luis Nery |
| author_facet |
Garcia, Breno Luis Nery |
| author_role |
author |
| dc.contributor.none.fl_str_mv |
Santos, Marcos Veiga dos |
| dc.contributor.author.fl_str_mv |
Garcia, Breno Luis Nery |
| dc.subject.por.fl_str_mv |
Chromogenic culture media Cultura na fazenda Identificação microbiológica Mastite subclínica Meios de cultura cromogênicos Microbiological identification Milk quality On-farm culture Qualidade do leite Subclinical mastites |
| topic |
Chromogenic culture media Cultura na fazenda Identificação microbiológica Mastite subclínica Meios de cultura cromogênicos Microbiological identification Milk quality On-farm culture Qualidade do leite Subclinical mastites |
| description |
O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho diagnóstico (especificidade, Sp; sensibilidade, Se; valor preditivo positivo, VPP; valor preditivo negativo, VPN; e acurácia, Ac) de dois meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram- positivas (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus e Staphylococcus epidermidis) causadoras de mastite subclínica (MSC) em vacas leiteiras. Para isso, foi avaliado o desempenho dos meios de cultura cromogênicos seletivos para bactérias Gram-positivas (GP) e Staphylococcus (S) (CHROMagar™, Paris França) em amostras de leite provenientes de: 1) vacas com MSC durante a lactação (n = 504), e 2) vacas no período pós-parto (PP) (7 ± 3 dias pós parto; n = 536). A identificação rápida das bactérias Gram-positivas nos meios de cultura foi realizada por leitura visual da coloração das colônias após 24 h de incubação a 37°C. A identificação bacteriana por espectrometria de massas por MALDI-TOF MS de isolados em ágar sangue foi considerada a metodologia de referência para cálculo de: Ac, Se, Sp, VPP, VPN e coeficiente de concordância Kappa de Cohen. O meio GP apresentou alta acurácia de identificação de Streptococcus agalactiae/dysgalactiae tanto em amostras de MSC (Se: 89,1%; Sp: 96,3% e Ac: 95,6%) quanto em amostras de vacas em PP (Se: 100%; Sp: 99,0% e Ac: 99,1%). Resultados semelhantes foram observados para identificação de Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90,5%; Sp: 92,5% e Ac: 92,3%) em amostras de MSC e Se: 100%; Sp: 99,6% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP com o uso do meio GP. No entanto, o meio GP apresentou baixa Se (25,0% em amostras de MSC e 50,0% em amostras de vacas em PP) na identificação de Staphylococcus aureus, apesar da alta Sp e Ac (Sp: 98,3% e Ac: 95,4% em amostras de MSC e Sp: 99,4% e Ac: 98,9% em amostras de vacas em PP). O meio de cultura S apresentou alta acurácia de identificação de Staphylococcus aureus (Se: 80,0%; Sp: 98,8% e Ac: 98,0% em amostras de MSC e Se: 66,7%; Sp: 100% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP), apesar de a baixa prevalência dos patógenos Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus saprophyticus limitar inferências sobre a acurácia da identificação destes patógenos no meio S. Apesar da limitação do meio GP na identificação de Staphylococcus aureus, os resultados de Se e Sp para Streptococcus uberis/Enterococcus spp. e Streptococcus agalactiae/dysgalactiae foram, de forma geral, elevados, e o desempenho diagnóstico do meio S na identificação de Staphylococcus aureus foi satisfatório tanto em amostras de MSC quanto de PP. Portanto, os meios GP e S podem ser alternativas viáveis para identificação rápida de agentes causadores de MSC e para monitoramento de vacas PP em sistema de cultura microbiológica na fazenda. |
| publishDate |
2021 |
| dc.date.none.fl_str_mv |
2021-02-01 |
| dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
| format |
masterThesis |
| status_str |
publishedVersion |
| dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/ |
| url |
https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/ |
| dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
| language |
por |
| dc.relation.none.fl_str_mv |
|
| dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.coverage.none.fl_str_mv |
|
| dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
| instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
| instacron_str |
USP |
| institution |
USP |
| reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
| repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
| _version_ |
1815258296639029248 |