Avaliação de meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram-positivas causadoras de mastite

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2021
Autor(a) principal: Garcia, Breno Luis Nery
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/
Resumo: O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho diagnóstico (especificidade, Sp; sensibilidade, Se; valor preditivo positivo, VPP; valor preditivo negativo, VPN; e acurácia, Ac) de dois meios de cultura cromogênicos para identificação rápida de bactérias Gram- positivas (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus e Staphylococcus epidermidis) causadoras de mastite subclínica (MSC) em vacas leiteiras. Para isso, foi avaliado o desempenho dos meios de cultura cromogênicos seletivos para bactérias Gram-positivas (GP) e Staphylococcus (S) (CHROMagar™, Paris França) em amostras de leite provenientes de: 1) vacas com MSC durante a lactação (n = 504), e 2) vacas no período pós-parto (PP) (7 ± 3 dias pós parto; n = 536). A identificação rápida das bactérias Gram-positivas nos meios de cultura foi realizada por leitura visual da coloração das colônias após 24 h de incubação a 37°C. A identificação bacteriana por espectrometria de massas por MALDI-TOF MS de isolados em ágar sangue foi considerada a metodologia de referência para cálculo de: Ac, Se, Sp, VPP, VPN e coeficiente de concordância Kappa de Cohen. O meio GP apresentou alta acurácia de identificação de Streptococcus agalactiae/dysgalactiae tanto em amostras de MSC (Se: 89,1%; Sp: 96,3% e Ac: 95,6%) quanto em amostras de vacas em PP (Se: 100%; Sp: 99,0% e Ac: 99,1%). Resultados semelhantes foram observados para identificação de Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90,5%; Sp: 92,5% e Ac: 92,3%) em amostras de MSC e Se: 100%; Sp: 99,6% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP com o uso do meio GP. No entanto, o meio GP apresentou baixa Se (25,0% em amostras de MSC e 50,0% em amostras de vacas em PP) na identificação de Staphylococcus aureus, apesar da alta Sp e Ac (Sp: 98,3% e Ac: 95,4% em amostras de MSC e Sp: 99,4% e Ac: 98,9% em amostras de vacas em PP). O meio de cultura S apresentou alta acurácia de identificação de Staphylococcus aureus (Se: 80,0%; Sp: 98,8% e Ac: 98,0% em amostras de MSC e Se: 66,7%; Sp: 100% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP), apesar de a baixa prevalência dos patógenos Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus saprophyticus limitar inferências sobre a acurácia da identificação destes patógenos no meio S. Apesar da limitação do meio GP na identificação de Staphylococcus aureus, os resultados de Se e Sp para Streptococcus uberis/Enterococcus spp. e Streptococcus agalactiae/dysgalactiae foram, de forma geral, elevados, e o desempenho diagnóstico do meio S na identificação de Staphylococcus aureus foi satisfatório tanto em amostras de MSC quanto de PP. Portanto, os meios GP e S podem ser alternativas viáveis para identificação rápida de agentes causadores de MSC e para monitoramento de vacas PP em sistema de cultura microbiológica na fazenda.
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Para isso, foi avaliado o desempenho dos meios de cultura cromogênicos seletivos para bactérias Gram-positivas (GP) e Staphylococcus (S) (CHROMagar™, Paris França) em amostras de leite provenientes de: 1) vacas com MSC durante a lactação (n = 504), e 2) vacas no período pós-parto (PP) (7 ± 3 dias pós parto; n = 536). A identificação rápida das bactérias Gram-positivas nos meios de cultura foi realizada por leitura visual da coloração das colônias após 24 h de incubação a 37°C. A identificação bacteriana por espectrometria de massas por MALDI-TOF MS de isolados em ágar sangue foi considerada a metodologia de referência para cálculo de: Ac, Se, Sp, VPP, VPN e coeficiente de concordância Kappa de Cohen. O meio GP apresentou alta acurácia de identificação de Streptococcus agalactiae/dysgalactiae tanto em amostras de MSC (Se: 89,1%; Sp: 96,3% e Ac: 95,6%) quanto em amostras de vacas em PP (Se: 100%; Sp: 99,0% e Ac: 99,1%). Resultados semelhantes foram observados para identificação de Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90,5%; Sp: 92,5% e Ac: 92,3%) em amostras de MSC e Se: 100%; Sp: 99,6% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP com o uso do meio GP. No entanto, o meio GP apresentou baixa Se (25,0% em amostras de MSC e 50,0% em amostras de vacas em PP) na identificação de Staphylococcus aureus, apesar da alta Sp e Ac (Sp: 98,3% e Ac: 95,4% em amostras de MSC e Sp: 99,4% e Ac: 98,9% em amostras de vacas em PP). O meio de cultura S apresentou alta acurácia de identificação de Staphylococcus aureus (Se: 80,0%; Sp: 98,8% e Ac: 98,0% em amostras de MSC e Se: 66,7%; Sp: 100% e Ac: 99,6% em amostras de vacas em PP), apesar de a baixa prevalência dos patógenos Staphylococcus epidermidis e Staphylococcus saprophyticus limitar inferências sobre a acurácia da identificação destes patógenos no meio S. Apesar da limitação do meio GP na identificação de Staphylococcus aureus, os resultados de Se e Sp para Streptococcus uberis/Enterococcus spp. e Streptococcus agalactiae/dysgalactiae foram, de forma geral, elevados, e o desempenho diagnóstico do meio S na identificação de Staphylococcus aureus foi satisfatório tanto em amostras de MSC quanto de PP. Portanto, os meios GP e S podem ser alternativas viáveis para identificação rápida de agentes causadores de MSC e para monitoramento de vacas PP em sistema de cultura microbiológica na fazenda.The aim of the present study was to evaluate the diagnostic performance (specificity, Sp; sensitivity, Se; positive predictive value, PPV; negative predictive value, NPV; and accuracy, Ac) of two chromogenic culture media for rapid identification of Gram-positive bacteria (Streptococcus uberis/Enterococcus spp.; Streptococcus agalactiae/dysgalactiae; Staphylococcus aureus; Staphylococcus saprophyticus and Staphylococcus epidermidis) that cause subclinical mastitis (SCM) in dairy cows. For this purpose, the performance of the selective chromogenic culture media for Gram-positive (GP) and Staphylococcus (S) (CHROMagar ™, Paris - France) in milk samples from: 1) cows with SCM during lactation ( n = 504), and 2) cows in the postpartum period (PP) (7 ± 3 days postpartum; n = 536). Rapid identification of Gram-positive bacteria in the culture media was performed by visual inspection of colony colors after 24 h of incubation at 37 ° C. The bacterial mass spectrometry identification by MALDI-TOF MS of isolates on blood agar was considered the reference methodology for calculating: Ac, Se, Sp, VPP, VPN and Cohen's Kappa coefficient of agreement. The GP media showed high accuracy in the identification of Streptococcus agalactiae/dysgalactiae both in samples of SCM (Se: 89.1%; Sp: 96.3% and Ac: 95.6%) and in samples of cows in PP (Se: 100%; Sp: 99.0% and Ac: 99.1%). Similar results were observed for the identification of Streptococcus uberis/Enterococcus spp. (Se: 90.5%; Sp: 92.5% and Ac: 92.3%) in samples of SCM and Se: 100%; Sp: 99.6% and Ac: 99.6% in PP cow samples using the GP medium. However, the GP media showed low Se (25.0% in samples of SCM and 50.0% in samples of cows in PP) in the identification of Staphylococcus aureus, despite the high Sp and Ac (Sp: 98.3% and Ac: 95.4% in samples of SCM and Sp: 99.4% and Ac: 98.9% in samples of cows in PP). Culture media S showed high accuracy in the identification of Staphylococcus aureus (Se: 80.0%; Sp: 98.8% and Ac: 98.0% in SCM samples and Se: 66.7%; Sp: 100% and Ac: 99.6% in samples of cows in PP), although the low prevalence of the pathogens Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus saprophyticus limit inferences about the accuracy of the identification of these pathogens in the S environment. Despite the limitation of the GP media in the identification of Staphylococcus aureus, the results of Se and Sp for Streptococcus uberis/Enterococcus spp. and Streptococcus agalactiae/dysgalactiae were, in general, elevated, and the diagnostic performance of S media in the identification of Staphylococcus aureus was satisfactory in both SCM and PP samples. Thereforet GP and S media may be viable alternatives for the rapid identification of SCM causing agents and for monitoring PP cows in on-farm microbiological culture systems.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSantos, Marcos Veiga dosGarcia, Breno Luis Nery2021-02-01info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10135/tde-19042021-140949/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-04-04T19:34:02Zoai:teses.usp.br:tde-19042021-140949Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-04-04T19:34:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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Garcia, Breno Luis Nery
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