Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas
| Ano de defesa: | 2026 |
|---|---|
| Autor(a) principal: | |
| Orientador(a): | |
| Banca de defesa: | |
| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertacoes da USP
Universidade de São Paulo Instituto de Biociências |
| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
|
| Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
| País: |
Não Informado pela instituição
|
| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://teses.usp.br/teses/disponiveis/livredocencia/41/tde-13042026-112438/ |
Resumo: | Esta tese de livre-docência apresenta sintetiza mais de uma década de pesquisas voltadas à elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes ao metabolismo da lignina em plantas, com foco central em gramíneas C4. O conceito de "metabolismo de lignina" é aqui expandido para além da via biossintética, abrangendo a regulação multinível da deposição deste polímero fenólico (incluindo os níveis epigenético, transcricional, pós-traducional e a regulação mediada por metabólitos), o transporte de monômeros para o apoplasto e o processo de polimerização. O arcabouço metodológico sustenta-se na Biologia de Sistemas, aplicada sob duas perspectivas complementares: a integração holística de dados multi-ômicos (genômica, transcriptômica e metabolômica) para a construção de modelos de rede, e o estudo funcional de perturbações metabólicas seguido de modelagem computacional. A trajetória aqui descrita documenta a evolução do uso de culturas bioenergéticas complexas, como a cana-de-açúcar, até o pioneirismo no estabelecimento da gramínea Setaria viridis como o principal modelo biológico para os estudos da parede celular secundária em gramíneas C4. Além do desenvolvimento e caracterização de sistemas-modelo para o estudo da deposição de parede e lignificação em gramíneas, esta tese aborda a identificação do chamado "lignin toolbox" e a caracterização de famílias gênicas cruciais — como os fatores de transcrição WRKY e MYB, além de lacases e peroxidases — para o processo de lignificação em Setaria viridis. Em última análise, este trabalho consolida uma plataforma de descoberta de funções gênicas que não apenas preenche lacunas fundamentais nos estudos de lignificação, mas também oferece subsídios teóricos e práticos para a superação da recalcitrância da biomassa, posicionando o grupo de pesquisa como referência internacional na área de biologia de sistemas de plantas e bioeconomia de base tecnológica. |
| id |
USP_af2d26daf7f42cc192f9eb519fd408c4 |
|---|---|
| oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-13042026-112438 |
| network_acronym_str |
USP |
| network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository_id_str |
|
| spelling |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantasA systemic view of lignin metabolism in plantsMetabolismo de Lignina Biologia de Sistemas; Setaria viridis; Gramíneas C4; Parede Celular Secundária; Bioeconomia.Lignin Metabolism; Systems Biology; Setaria viridis; C4 Grasses; Secondary Cell Wall; BioeconomyEsta tese de livre-docência apresenta sintetiza mais de uma década de pesquisas voltadas à elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes ao metabolismo da lignina em plantas, com foco central em gramíneas C4. O conceito de "metabolismo de lignina" é aqui expandido para além da via biossintética, abrangendo a regulação multinível da deposição deste polímero fenólico (incluindo os níveis epigenético, transcricional, pós-traducional e a regulação mediada por metabólitos), o transporte de monômeros para o apoplasto e o processo de polimerização. O arcabouço metodológico sustenta-se na Biologia de Sistemas, aplicada sob duas perspectivas complementares: a integração holística de dados multi-ômicos (genômica, transcriptômica e metabolômica) para a construção de modelos de rede, e o estudo funcional de perturbações metabólicas seguido de modelagem computacional. A trajetória aqui descrita documenta a evolução do uso de culturas bioenergéticas complexas, como a cana-de-açúcar, até o pioneirismo no estabelecimento da gramínea Setaria viridis como o principal modelo biológico para os estudos da parede celular secundária em gramíneas C4. Além do desenvolvimento e caracterização de sistemas-modelo para o estudo da deposição de parede e lignificação em gramíneas, esta tese aborda a identificação do chamado "lignin toolbox" e a caracterização de famílias gênicas cruciais — como os fatores de transcrição WRKY e MYB, além de lacases e peroxidases — para o processo de lignificação em Setaria viridis. Em última análise, este trabalho consolida uma plataforma de descoberta de funções gênicas que não apenas preenche lacunas fundamentais nos estudos de lignificação, mas também oferece subsídios teóricos e práticos para a superação da recalcitrância da biomassa, posicionando o grupo de pesquisa como referência internacional na área de biologia de sistemas de plantas e bioeconomia de base tecnológica.This thesis synthesizes over a decade of research dedicated to elucidating the molecular mechanisms underlying lignin metabolism in plants, with a primary focus on C4 grasses. The concept of "lignin metabolism" is expanded herein beyond the biosynthetic pathway to encompass the multi-level regulation of this phenolic polymer’s deposition—including epigenetic, transcriptional, post-translational, and metabolite-mediated regulatory layers—as well as monomer transport to the apoplast and the polymerization process. The methodological framework is grounded in Systems Biology, applied through two complementary perspectives: the holistic integration of multi-omic data (genomics, transcriptomics, and metabolomics) for network modeling, and the functional study of metabolic pathway perturbations followed by computational modeling. The scientific trajectory documented in this work tracks the evolution from the study of complex bioenergy crops, such as sugarcane, to the pioneering establishment of the green foxtail (Setaria viridis) as a key biological model for secondary cell wall research in C4 grasses. In addition to the development and characterization of model systems for studying secondary wall deposition and lignification in grasses, this thesis addresses the identification of the so-called "lignin toolbox" and the characterization of essential gene families—such as WRKY and MYB transcription factors, as well as laccases and peroxidases—crucial to the lignification process in Setaria viridis. Ultimately, this work consolidates a gene discovery platform that not only fills fundamental gaps in lignification studies but also provides theoretical and practical insights for overcoming biomass recalcitrance, establishing the research group as an international reference in plant systems biology and technology-based bioeconomy.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertacoes da USPUniversidade de São PauloInstituto de Biociências2026-02-252026-04-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://teses.usp.br/teses/disponiveis/livredocencia/41/tde-13042026-112438/doi:10.11606/T.41.2026.tde-13042026-112438Liberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccessCesarino, Igorporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USP2026-04-15T18:19:02Zoai:teses.usp.br:tde-13042026-112438Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-04-15T18:19:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
| dc.title.none.fl_str_mv |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas A systemic view of lignin metabolism in plants |
| title |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| spellingShingle |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas Cesarino, Igor Metabolismo de Lignina Biologia de Sistemas; Setaria viridis; Gramíneas C4; Parede Celular Secundária; Bioeconomia. Lignin Metabolism; Systems Biology; Setaria viridis; C4 Grasses; Secondary Cell Wall; Bioeconomy |
| title_short |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| title_full |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| title_fullStr |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| title_full_unstemmed |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| title_sort |
Uma visão sistêmica do metabolismo de lignina em plantas |
| author |
Cesarino, Igor |
| author_facet |
Cesarino, Igor |
| author_role |
author |
| dc.contributor.author.fl_str_mv |
Cesarino, Igor |
| dc.subject.por.fl_str_mv |
Metabolismo de Lignina Biologia de Sistemas; Setaria viridis; Gramíneas C4; Parede Celular Secundária; Bioeconomia. Lignin Metabolism; Systems Biology; Setaria viridis; C4 Grasses; Secondary Cell Wall; Bioeconomy |
| topic |
Metabolismo de Lignina Biologia de Sistemas; Setaria viridis; Gramíneas C4; Parede Celular Secundária; Bioeconomia. Lignin Metabolism; Systems Biology; Setaria viridis; C4 Grasses; Secondary Cell Wall; Bioeconomy |
| description |
Esta tese de livre-docência apresenta sintetiza mais de uma década de pesquisas voltadas à elucidação dos mecanismos moleculares subjacentes ao metabolismo da lignina em plantas, com foco central em gramíneas C4. O conceito de "metabolismo de lignina" é aqui expandido para além da via biossintética, abrangendo a regulação multinível da deposição deste polímero fenólico (incluindo os níveis epigenético, transcricional, pós-traducional e a regulação mediada por metabólitos), o transporte de monômeros para o apoplasto e o processo de polimerização. O arcabouço metodológico sustenta-se na Biologia de Sistemas, aplicada sob duas perspectivas complementares: a integração holística de dados multi-ômicos (genômica, transcriptômica e metabolômica) para a construção de modelos de rede, e o estudo funcional de perturbações metabólicas seguido de modelagem computacional. A trajetória aqui descrita documenta a evolução do uso de culturas bioenergéticas complexas, como a cana-de-açúcar, até o pioneirismo no estabelecimento da gramínea Setaria viridis como o principal modelo biológico para os estudos da parede celular secundária em gramíneas C4. Além do desenvolvimento e caracterização de sistemas-modelo para o estudo da deposição de parede e lignificação em gramíneas, esta tese aborda a identificação do chamado "lignin toolbox" e a caracterização de famílias gênicas cruciais — como os fatores de transcrição WRKY e MYB, além de lacases e peroxidases — para o processo de lignificação em Setaria viridis. Em última análise, este trabalho consolida uma plataforma de descoberta de funções gênicas que não apenas preenche lacunas fundamentais nos estudos de lignificação, mas também oferece subsídios teóricos e práticos para a superação da recalcitrância da biomassa, posicionando o grupo de pesquisa como referência internacional na área de biologia de sistemas de plantas e bioeconomia de base tecnológica. |
| publishDate |
2026 |
| dc.date.none.fl_str_mv |
2026-02-25 2026-04-15 |
| dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
| dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
| format |
doctoralThesis |
| status_str |
publishedVersion |
| dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://teses.usp.br/teses/disponiveis/livredocencia/41/tde-13042026-112438/ doi:10.11606/T.41.2026.tde-13042026-112438 |
| url |
https://teses.usp.br/teses/disponiveis/livredocencia/41/tde-13042026-112438/ |
| identifier_str_mv |
doi:10.11606/T.41.2026.tde-13042026-112438 |
| dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
| language |
por |
| dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
| rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
| eu_rights_str_mv |
openAccess |
| dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
| dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertacoes da USP Universidade de São Paulo Instituto de Biociências |
| publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertacoes da USP Universidade de São Paulo Instituto de Biociências |
| dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
| instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
| instacron_str |
USP |
| institution |
USP |
| reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
| repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
| _version_ |
1865492704378486784 |