História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2013
Autor(a) principal: Gaiarsa, Jonas Weissmann
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioinformática
Bioinformatics
Cell wall
Evolução molecular
Molecular evolution
Parede celular
Polissacarídeos
Polysaccharides
Xanthomonas
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112013-084910/
Resumo: O presente trabalho visa compreender o processo de degradação da parede celular vegetal de hospedeiros de fitopatógenos da família Xanthomonadaceae. Criamos e aperfeiçoamos uma técnica de enumeração dos genes relacionados ao metabolismo de polissacarídeos, com enfoque na distinção entre aqueles que agem sobre os componentes da parede celular vegetal e sobre outros polissacarídeos. A história evolutiva desse conjunto de enzimas foi delineada através de inferências sobre as relações de homologia entre os genes enumerados, sua presença ou ausência nos diversos genomas abordados e comparação das taxas de mutação entre grupos de homólogos. Além disso, procuramos também, com essa etapa de bioinformática e a etapa seguinte, incrementar a anotação desses genes, muitos descritos como hipotéticos ou com vaga definição de sua função. Na segunda parte do desenvolvimento do projeto foram feitos experimentos de expressão heteróloga e verificação da atividade enzimática para validação da anotação de alguns dos genes identificados.
id USP_b0726b88f12eaa8dd389a4c78904909a
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-06112013-084910
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.Evolutionary history of lignocellulosic carbo-hydrolases of the Xanthomonadaceae family.BioinformáticaBioinformaticsCell wallEvolução molecularMolecular evolutionParede celularPolissacarídeosPolysaccharidesXanthomonasXanthomonasO presente trabalho visa compreender o processo de degradação da parede celular vegetal de hospedeiros de fitopatógenos da família Xanthomonadaceae. Criamos e aperfeiçoamos uma técnica de enumeração dos genes relacionados ao metabolismo de polissacarídeos, com enfoque na distinção entre aqueles que agem sobre os componentes da parede celular vegetal e sobre outros polissacarídeos. A história evolutiva desse conjunto de enzimas foi delineada através de inferências sobre as relações de homologia entre os genes enumerados, sua presença ou ausência nos diversos genomas abordados e comparação das taxas de mutação entre grupos de homólogos. Além disso, procuramos também, com essa etapa de bioinformática e a etapa seguinte, incrementar a anotação desses genes, muitos descritos como hipotéticos ou com vaga definição de sua função. Na segunda parte do desenvolvimento do projeto foram feitos experimentos de expressão heteróloga e verificação da atividade enzimática para validação da anotação de alguns dos genes identificados.This study aims to understand the process of degradation of host plant cell walls by plant pathogens of the Xanthomonadaceae family. We created and perfected a technique for enumeration of genes related to the metabolism of polysaccharides, focusing on the distinction between those who act on components of plant cell wall and on other polysaccharides. The evolutionary history of this group of enzymes has been outlined through inferences about the relations of homology between the genes listed, their presence or absence in different genomes and comparison of mutation rates between groups of homologues. Moreover, we also attempted with this bioinformatics step and the next step, to enhance the annotation of these genes, many described as hypothetical or vague in the determination of its function. In the second part of the project development heterologous expression and enzymatic activity assays were made to validate the annotation of some of the genes identified.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSluys, Marie Anne vanGaiarsa, Jonas Weissmann2013-07-30info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112013-084910/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2018-01-15T05:00:10Zoai:teses.usp.br:tde-06112013-084910Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212018-01-15T05:00:10Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
Evolutionary history of lignocellulosic carbo-hydrolases of the Xanthomonadaceae family.
title História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
spellingShingle História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
Gaiarsa, Jonas Weissmann
Bioinformática
Bioinformatics
Cell wall
Evolução molecular
Molecular evolution
Parede celular
Polissacarídeos
Polysaccharides
Xanthomonas
Xanthomonas
title_short História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
title_full História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
title_fullStr História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
title_full_unstemmed História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
title_sort História evolutiva de carbo-hidrolases ligno-celulósicas da família Xanthomonadaceae.
author Gaiarsa, Jonas Weissmann
author_facet Gaiarsa, Jonas Weissmann
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Sluys, Marie Anne van
dc.contributor.author.fl_str_mv Gaiarsa, Jonas Weissmann
dc.subject.por.fl_str_mv Bioinformática
Bioinformatics
Cell wall
Evolução molecular
Molecular evolution
Parede celular
Polissacarídeos
Polysaccharides
Xanthomonas
Xanthomonas
topic Bioinformática
Bioinformatics
Cell wall
Evolução molecular
Molecular evolution
Parede celular
Polissacarídeos
Polysaccharides
Xanthomonas
Xanthomonas
description O presente trabalho visa compreender o processo de degradação da parede celular vegetal de hospedeiros de fitopatógenos da família Xanthomonadaceae. Criamos e aperfeiçoamos uma técnica de enumeração dos genes relacionados ao metabolismo de polissacarídeos, com enfoque na distinção entre aqueles que agem sobre os componentes da parede celular vegetal e sobre outros polissacarídeos. A história evolutiva desse conjunto de enzimas foi delineada através de inferências sobre as relações de homologia entre os genes enumerados, sua presença ou ausência nos diversos genomas abordados e comparação das taxas de mutação entre grupos de homólogos. Além disso, procuramos também, com essa etapa de bioinformática e a etapa seguinte, incrementar a anotação desses genes, muitos descritos como hipotéticos ou com vaga definição de sua função. Na segunda parte do desenvolvimento do projeto foram feitos experimentos de expressão heteróloga e verificação da atividade enzimática para validação da anotação de alguns dos genes identificados.
publishDate 2013
dc.date.none.fl_str_mv 2013-07-30
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112013-084910/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-06112013-084910/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257911840997376

Registros relacionados