Composição proteômica do esmalte dentário decíduo humano: uma abordagem integrada com ferramentas de bioinformática para análise de interações e textmining

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Oliezer, Renê Seabra
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Amino acids; Aminoácidos; Bioinformática; Bioinformatics; Esmalte dentário; Espectrometria de massas; Mass spectrometry; Peptídeos e proteínas; Peptides and proteins; Proteômica; Proteomics; Tooth enamel
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/58/58138/tde-06112024-104505/

Apesar da quantidade de espécies com o genoma conhecido ser cada vez maior, diversas áreas têm como desafio compreender as funções, interações e estruturas das proteínas que são expressas. As proteínas podem estabelecer interações binárias ou mais extensas, o que as levam a participar de vias metabólicas cruciais. Com tantos desafios ainda a serem estudados, a Espectrometria de massas (MS), se tornou o método mais utilizado para estudos na área. Com o avanço da biotecnologia e de ferramentas e softwares na área das ciências ômicas, atualmente é possível analisar de forma mais fácil as interações e as funções das proteínas. Técnicas desenvolvidas por nosso grupo de pesquisa para a extração de peptídeos presentes no esmalte dentário se tornaram essenciais para estudos nas áreas, principalmente para a estimativa de sexo biológico de amostras arqueológicas e pré-históricas. Com o desenvolvimento dessas técnicas, o objetivo deste trabalho foi extrair peptídeos do esmalte dentário de dentes decíduos e, com o uso de softwares, identificar as proteínas conforme a sequência peptídica obtida por Cromatografia Líquida e Espectrometria de Massas (LC-MS/MS); e então analisar por meio do String e do Reactome, as principais interações e funções de cada uma delas. Como resultados, foram identificadas 686 diferentes sequências de peptídeos, porém as mais encontradas foram proteínas do esmalte dentário. Outras proteínas que foram encontradas, estão presentes no esmalte dentário devido ao tempo que o esmalte é exposto a fatores ambientais e metabólicos do corpo até o momento em que os dentes são esfoliados. As interações identificadas pelas plataformas String e Reactome neste estudo são coerentes com o papel das proteínas no desenvolvimento do esmalte e sua presença na boca durante os 6-7 anos antes da esfoliação dos dentes incisivos decíduos analisados.