Evolução de genes quimiossensoriais em moscas varejeiras (Diptera: Calliphoridae)
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Dissertação |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
| Idioma: | por |
| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| País: |
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-22012026-213432/ |
Resumo: | A quimiorrecepção, o processamento de sinais químicos ambientais que provocam respostas fisiológicas e comportamentais, está na base de atividades essenciais para a sobrevivência, incluindo a localização e seleção de alimentos, o reconhecimento de parceiros, a detecção de competidores e a seleção de sítios de oviposição. As mudanças evolutivas no sistema quimiossensorial são amplamente reconhecidas como fundamentais para os comportamentos adaptativos que permitem às espécies explorar diversos nichos ecológicos. Em insetos, a expansão e contração das famílias gênicas dos receptores olfativos (OR), receptores gustativos (GR) e proteínas de ligação a odorantes (OBP) estão ligadas a especializações tróficas e sociais. Neste estudo, investigamos a relação entre os hábitos alimentares das mosca-varejeiras (Diptera: Calliphoridae), isto é, necrosaprofagia, parasitismo obrigatório e facultativo e a dinâmica evolutiva de ORs, GRs e OBPs usando uma estrutura comparativa filogenética robusta. Primeiro, estabelecemos um fluxo de trabalho semiautomatizado e reproduzível para identificação e pré-curadoria de genes quimiossensoriais, combinando duas ferramentas complementares com critérios de filtragem transparentes. Em seguida, avaliamos a renovação gênica e a evolução molecular das sequências quimiossensoriais, explicitamente considerando os substratos alimentares das larvas. Por fim, exploramos a organização genômica de cada família de genes quimiosensoriais. Os conjuntos de genes selecionados por nosso pipeline foram consistentes com os números relatados anteriormente em dípteros e também revelaram novos genes putativos. Encontramos predominância de perda de genes sobre ganhos em linhagens que se alimentam estritamente de tecidos vivos do hospedeiro, com taxas de morte gênica particularmente altas para parasitas de minhocas. Parasitas facultativos exibiram taxas de nascimento e morte gênicas que refletiram as das espécies necrófagas e a de parasitas de vertebrados, respectivamente, sugerindo a composição de repertórios quimiosensoriais mistos que permitem a exploração de tecidos necróticos e vivos. A maioria dos genes quimiosensoriais foram encontrados evoluindo sob seleção purificadora, embora os dos parasitas obrigatórios apresentaram taxas aceleradas, provavelmente refletindo restrições relaxadas em vez de seleção positiva generalizada, com possíveis exceções entre os ORs de parasitas de aves. A organização dos ORs em numerosos clusters pequenos e de baixa diversidade, juntamente com suas baixas razões dN/dS, indicam uma dinâmica evolutiva mais rígida em comparação com OBPs e GRs, cujas funções fisiológicas mais amplas podem tolerar a coexpressão e a diversificação dentro de grandes clusters. |
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Evolução de genes quimiossensoriais em moscas varejeiras (Diptera: Calliphoridae)Evolution of chemosensory genes in blowflies (Diptera: Calliphoridae)Comparative genomicsEspecialização tróficaFamília gênicaGene familyGenômica comparativaMiíaseMyiasisParasitismoParasitismoTrophic specializationA quimiorrecepção, o processamento de sinais químicos ambientais que provocam respostas fisiológicas e comportamentais, está na base de atividades essenciais para a sobrevivência, incluindo a localização e seleção de alimentos, o reconhecimento de parceiros, a detecção de competidores e a seleção de sítios de oviposição. As mudanças evolutivas no sistema quimiossensorial são amplamente reconhecidas como fundamentais para os comportamentos adaptativos que permitem às espécies explorar diversos nichos ecológicos. Em insetos, a expansão e contração das famílias gênicas dos receptores olfativos (OR), receptores gustativos (GR) e proteínas de ligação a odorantes (OBP) estão ligadas a especializações tróficas e sociais. Neste estudo, investigamos a relação entre os hábitos alimentares das mosca-varejeiras (Diptera: Calliphoridae), isto é, necrosaprofagia, parasitismo obrigatório e facultativo e a dinâmica evolutiva de ORs, GRs e OBPs usando uma estrutura comparativa filogenética robusta. Primeiro, estabelecemos um fluxo de trabalho semiautomatizado e reproduzível para identificação e pré-curadoria de genes quimiossensoriais, combinando duas ferramentas complementares com critérios de filtragem transparentes. Em seguida, avaliamos a renovação gênica e a evolução molecular das sequências quimiossensoriais, explicitamente considerando os substratos alimentares das larvas. Por fim, exploramos a organização genômica de cada família de genes quimiosensoriais. Os conjuntos de genes selecionados por nosso pipeline foram consistentes com os números relatados anteriormente em dípteros e também revelaram novos genes putativos. Encontramos predominância de perda de genes sobre ganhos em linhagens que se alimentam estritamente de tecidos vivos do hospedeiro, com taxas de morte gênica particularmente altas para parasitas de minhocas. Parasitas facultativos exibiram taxas de nascimento e morte gênicas que refletiram as das espécies necrófagas e a de parasitas de vertebrados, respectivamente, sugerindo a composição de repertórios quimiosensoriais mistos que permitem a exploração de tecidos necróticos e vivos. A maioria dos genes quimiosensoriais foram encontrados evoluindo sob seleção purificadora, embora os dos parasitas obrigatórios apresentaram taxas aceleradas, provavelmente refletindo restrições relaxadas em vez de seleção positiva generalizada, com possíveis exceções entre os ORs de parasitas de aves. A organização dos ORs em numerosos clusters pequenos e de baixa diversidade, juntamente com suas baixas razões dN/dS, indicam uma dinâmica evolutiva mais rígida em comparação com OBPs e GRs, cujas funções fisiológicas mais amplas podem tolerar a coexpressão e a diversificação dentro de grandes clusters.Chemoreception, the processing of environmental chemical cues from that elicit physiological and behavioral responses, underlies key activities for survival, including food location and selection, mate recognition, detection of competitors, and oviposition site selection. Evolutionary changes in chemosensory systems are widely recognized as fundamental to adaptive behaviors that enable species to exploit diverse ecological niches. In insects, the expansion and contraction of olfactory receptor (OR), gustatory receptor (GR), and odorant-binding protein (OBP) gene families are linked to trophic and social specializations. In this study, we investigated the relationship between blowfly (Diptera: Calliphoridae) feeding habits, necrosaprophagy, obligate and facultative parasitism, and the evolutionary dynamics of ORs, GRs and OBPs using a robust phylogenetic comparative framework. We first established a semi-automated, reproducible workflow for chemosensory gene identification and pre-curation, combining two complementary tools with transparent filtering criteria. We then assessed gene turnover and molecular evolution of chemosensory sequences while explicitly accounting for larval feeding substrates. Finally, we explored the genomic organization of each chemosensory gene family. The gene sets curated by our pipeline were consistent with previously reported numbers in dipterans and also revealed putative novel genes. We found predominant gene losses over gene gains in lineages that feed strictly on host living tissues, with particularly high death rates for earthworm parasites. Facultative parasites exhibited birth and death rates that mirrored those of necrophagous and vertebrate parasites, respectively, suggesting the assembly of mixed chemosensory repertoires enabling exploitation of both necrotic and living tissues. Most chemosensory genes were evolving under purifying selection, though those of obligate parasites showed accelerated rates, likely reflecting relaxed constraints rather than pervasive positive selection, with possible exceptions among among the bird parasite ORs. The organization of ORs into numerous small, low-diversity clusters, together with their low dN/dS ratios, indicates stricter evolutionary dynamics compared to OBPs and GRs, whose broader physiological roles may tolerate co-expression and diversification within large clusters.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPTorres, Tatiana TeixeiraCanettieri, Carolina Kurotusch2025-11-18info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-22012026-213432/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-01-23T15:07:02Zoai:teses.usp.br:tde-22012026-213432Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-01-23T15:07:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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