Desenvolvimento racional e caracterização funcional de novos transportadores de açúcar de Trichoderma reesei com insensibilidade para glicose
| Ano de defesa: | 2025 |
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| Tipo de documento: | Tese |
| Tipo de acesso: | Acesso aberto |
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| Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
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| Palavras-chave em Português: | |
| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-14012026-173803/ |
Resumo: | A engenharia metabólica de Saccharomyces cerevisiae para utilização de pentoses (ex.: xilose e arabinose), tem sido explorada para melhorar o desempenho fermentativo na produção de etanol de segunda geração (2G). No entanto, devido à inespecificidade intrínseca dos transportadores de açúcar, ocorre uma competição entre os açúcares (por exemplo, xilose e glicose), levando à redução da eficiência do transporte de pentose e menor produtividade do etanol. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar transportadores de açúcar que tivessem menor afinidade por glicose e mantivessem a capacidade de transportar xilose por meio do melhoramento genético de transportadores de Trichoderma reesei para expressão heteróloga em S. cerevisiae. Para isso foram preditos motivos e sítios de fosforilação a fim de triar o fenótipo de interesse. Os transportadores selvagem e mutantes foram modelados usando o servidor online Robetta e foi feito docking molecular no Autodock Vina. Com base nesses resultados, os transportadores de interesse foram transformados numa cepa de S. cerevisiae para caracterização. Para confirmar o perfil predito, foi feito o drop assay e fermentação aeróbica. A análise in silico mostra que 2 mutações no Str3 (Tr62380) exibiram um fenótipo promissor. Para Tr82309, que ainda não está caracterizado, foi decidido seguir com a caracterização do transportador selvagem. As ORFS foram sequenciadas e confirmadas. O drop assay mostrou que houve reprodutibilidade entre as predições de docking e a análise in vivo. Os mutantes de Str3 (Tr62380) de fato perderam a afinidade por hexoses e mantiveram por xilose, como predito. Além disso, Tr82309 naturalmente tem alta seletividade por xilose. No ensaio de fermentação aeróbica, apenas Str3 (Tr62380)_WT teve alta eficiência em captar os açúcares do meio; as mutações inseridas em Str3 (Tr62380) reduziram a capacidade de transportar glicose, o que foi interessante para os objetivos do trabalho. Dentre as mutações interessantes, a mimética de fosforilação mostrou pela primeira vez in vivo que essa modificação pós traducional pode modular a afinidade de transportadores de açúcar por diferentes substratos. Dessa forma, sugerimos sítios de fosforilação como alvo de engenharia de transportadores de xilose. O docking foi uma ótima ferramenta para triagem de alvos de engenharia dos transportadores estudados, sendo a validação experimental indispensável para confirmar a viabilidade e eficiência fermentativa dos transportadores. |
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Desenvolvimento racional e caracterização funcional de novos transportadores de açúcar de Trichoderma reesei com insensibilidade para glicoseRational development and functional characterization of novel glucose-insensitive sugar transporters from Trichoderma reesei2G EthanolSaccharomyces cerevisiaeSaccharomyces cerevisiaeEngenharia de proteínasEtanol 2GMFSMFSProtein engineeringXiloseXyloseA engenharia metabólica de Saccharomyces cerevisiae para utilização de pentoses (ex.: xilose e arabinose), tem sido explorada para melhorar o desempenho fermentativo na produção de etanol de segunda geração (2G). No entanto, devido à inespecificidade intrínseca dos transportadores de açúcar, ocorre uma competição entre os açúcares (por exemplo, xilose e glicose), levando à redução da eficiência do transporte de pentose e menor produtividade do etanol. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar transportadores de açúcar que tivessem menor afinidade por glicose e mantivessem a capacidade de transportar xilose por meio do melhoramento genético de transportadores de Trichoderma reesei para expressão heteróloga em S. cerevisiae. Para isso foram preditos motivos e sítios de fosforilação a fim de triar o fenótipo de interesse. Os transportadores selvagem e mutantes foram modelados usando o servidor online Robetta e foi feito docking molecular no Autodock Vina. Com base nesses resultados, os transportadores de interesse foram transformados numa cepa de S. cerevisiae para caracterização. Para confirmar o perfil predito, foi feito o drop assay e fermentação aeróbica. A análise in silico mostra que 2 mutações no Str3 (Tr62380) exibiram um fenótipo promissor. Para Tr82309, que ainda não está caracterizado, foi decidido seguir com a caracterização do transportador selvagem. As ORFS foram sequenciadas e confirmadas. O drop assay mostrou que houve reprodutibilidade entre as predições de docking e a análise in vivo. Os mutantes de Str3 (Tr62380) de fato perderam a afinidade por hexoses e mantiveram por xilose, como predito. Além disso, Tr82309 naturalmente tem alta seletividade por xilose. No ensaio de fermentação aeróbica, apenas Str3 (Tr62380)_WT teve alta eficiência em captar os açúcares do meio; as mutações inseridas em Str3 (Tr62380) reduziram a capacidade de transportar glicose, o que foi interessante para os objetivos do trabalho. Dentre as mutações interessantes, a mimética de fosforilação mostrou pela primeira vez in vivo que essa modificação pós traducional pode modular a afinidade de transportadores de açúcar por diferentes substratos. Dessa forma, sugerimos sítios de fosforilação como alvo de engenharia de transportadores de xilose. O docking foi uma ótima ferramenta para triagem de alvos de engenharia dos transportadores estudados, sendo a validação experimental indispensável para confirmar a viabilidade e eficiência fermentativa dos transportadores.Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for the utilization of pentoses (e.g., xylose and arabinose) has been explored to enhance fermentation performance in second-generation (2G) ethanol production. However, due to the intrinsic nonspecificity of sugar transporters, competition between sugars (e.g., xylose and glucose) occurs, leading to reduced pentose transport efficiency and lower ethanol productivity. This study aimed to develop and characterize sugar transporters with a lower affinity for glucose, while maintaining the ability to transport xylose, through genetic improvement of Trichoderma reesei transporters for heterologous expression in Saccharomyces cerevisiae. Motifs and phosphorylation sites were predicted to screen for the phenotype of interest. Wild-type and mutant transporters were modeled using the Robetta online server, and molecular docking was performed using Autodock Vina. Based on these results, the transporters of interest were transformed into an S. cerevisiae strain for characterization. To confirm the predicted profile, a drop assay and aerobic fermentation were performed. In silico analysis showed that two mutations in Str3 (Tr62380) exhibited a promising phenotype. For Tr82309, which has not yet been characterized, it was decided to proceed with characterizing the wild-type transporter. The ORFS were sequenced and confirmed. The drop assay showed reproducibility between the docking predictions and the in vivo analysis. The Str3 (Tr62380) mutants indeed lost affinity for hexoses and maintained affinity for xylose, as predicted. Furthermore, Tr82309 naturally has high xylose selectivity. In the aerobic fermentation assay, only Str3(Tr62380)_WT showed high efficiency in capturing sugars from the medium. The mutations inserted into Str3 (Tr62380) reduced its glucose transport capacity, which was interesting in relation to the objectives of this study. Among the interesting mutations, phosphorylation mimetics demonstrated for the first time in vivo that this post-translational modification can modulate the affinity of sugar transporters for different substrates. Thus, we suggest phosphorylation sites as targets for engineering xylose transporters. Docking was an excellent tool for screening engineering targets for the transporters studied, and experimental validation is essential to confirm the viability and fermentation efficiency of the transporters.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSilva, Roberto do NascimentoTaveira, Iasmin Cartaxo2025-10-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17131/tde-14012026-173803/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2026-03-03T14:20:02Zoai:teses.usp.br:tde-14012026-173803Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212026-03-03T14:20:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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