Análise do perfil de expressão de genes diferencialmente expressos em portadores de linfoma folicular em estádios clínicos precoce e avançado por microarray: investigação exploratória de biomarcadores preditivos de prognóstico
| Ano de defesa: | 2024 |
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Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
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| Link de acesso: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5167/tde-19082025-125421/ |
Resumo: | O linfoma folicular (LF) é uma neoplasia maligna heterogênea, de evolução indolente e incurável, representando o segundo linfoma não-Hodgkin mais frequente. Sua ampla heterogeneidade biológica e clínica fundamenta-se em aspectos genéticos, epigenéticos e do microambiente tumoral. O papel desses fatores na história natural do LF é um desafio e sua compreensão contribuirá para melhorar a acurácia de sua estratificação terapêutica. Nesse estudo propôs-se avaliar o papel da expressão gênica na progressão de doença estádio precoce (EP) e avançado de baixo volume tumoral (DA-BVT) para doença avançada sintomática (DA-AVT) e risco de progressão em 24 meses após o primeiro tratamento (POD-24) em portadores de LF graus1-3A. Neste trabalho retrospectivo foi realizada uma análise do perfil de expressão gênica de amostras tumorais parafinadas obtidas ao diagnóstico pela metodologia de microarray, utilizando a plataforma Clariom-D Array Human em uma coorte de portadores de LF diagnosticados entre Janeiro de 2000 a Janeiro 2022 no complexo do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O estudo incluiu 214 pacientes com mediana de idade de 60 anos, 55,6% do sexo feminino, 74.7% DA-AVT, 13,5% DA-BVT e 11,68% EP. A resposta global em toda a coorte foi de 69,1%. Progressão de doença (PD) ocorreu em 41,5% dos pacientes, 32% no EP, 44,8% na DA-BVT e 42,5% na DA-AVT. POD-24 foi observada em 21,7% dos pacientes com DA-AVT. A mediana de seguimento foi de 97,8 meses e de sobrevida global (SG) de 176,2 meses em toda coorte, não atingida para pacientes EP e DA-BVT e de 11,4 anos para DA-AVT. A mediana de sobrevida livre de progressão (SLP) para toda a corte foi de 86,5 meses e de 9,37, 10,56 e 5,29 anos para EP, DA-BVT e DA-AVT, respectivamente. Ao final, 126 pacientes foram avaliáveis para expressão gênica. Após triagem, os genes diferencialmente expressos GNG7, PTGS2, AZIN1, IL7R, TIMD4 e MTTL10 foram testados na corte global. A expressão dos 7 genes não foi distinta entre os grupos. A expressão do IL7R foi inferior na DA-AVT em comparação aos grupos EP e DA-BVT. A hipoexpressão do GNG7 foi associada a maior taxa de PD e transformação histológica. A hiperexpressão do PTGS2 foi mais comum no sexo masculino e a hipoexpressão de AZIN1 em indivíduos com idade 65 anos. A hipoexpressão do ITGAM associou-se a sintomas B e a hipoexpressão dos genes ITGAM e IL7R a massa bulky. O gene IL7R foi associado a acometimento extralinfonodal e doença avançada sintomática. Em análise multivariada, transformação histológica e sintomas B foram associados a pior SLP; LF grau 3A, 3 áreas nodais > 3 cm e quimioterapia sem imunoterapia a maior risco de POD-24. Não foi identificado um perfil de expressão gênica associado ao risco de progressão para doença avançada sintomática nos pacientes com LF estádios precoce e avançado assintomático, porém nesses grupos houve SG superior ao estádio avançado sintomático. A hipoexpressão dos genes IL7R, AZIN1 e ITGAM foi associada a características clínicas de mau prognóstico e a hipoexpressão de GNG7 a pior SLP e maior risco de transformação histológica |
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Análise do perfil de expressão de genes diferencialmente expressos em portadores de linfoma folicular em estádios clínicos precoce e avançado por microarray: investigação exploratória de biomarcadores preditivos de prognósticoGene expression profile in early and advanced-stage follicular lymphoma by microarray analysis: exploratory investigation of biomarkers predictors of prognosisExpressão gênicaFollicular lymphomaGene expression profileLinfoma folicularLinfoma não-HodgkinMicroarrayMicroarrayNon-Hodgkin lymphomaPrognosisPrognósticoTumor burdenVolume tumoralO linfoma folicular (LF) é uma neoplasia maligna heterogênea, de evolução indolente e incurável, representando o segundo linfoma não-Hodgkin mais frequente. Sua ampla heterogeneidade biológica e clínica fundamenta-se em aspectos genéticos, epigenéticos e do microambiente tumoral. O papel desses fatores na história natural do LF é um desafio e sua compreensão contribuirá para melhorar a acurácia de sua estratificação terapêutica. Nesse estudo propôs-se avaliar o papel da expressão gênica na progressão de doença estádio precoce (EP) e avançado de baixo volume tumoral (DA-BVT) para doença avançada sintomática (DA-AVT) e risco de progressão em 24 meses após o primeiro tratamento (POD-24) em portadores de LF graus1-3A. Neste trabalho retrospectivo foi realizada uma análise do perfil de expressão gênica de amostras tumorais parafinadas obtidas ao diagnóstico pela metodologia de microarray, utilizando a plataforma Clariom-D Array Human em uma coorte de portadores de LF diagnosticados entre Janeiro de 2000 a Janeiro 2022 no complexo do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O estudo incluiu 214 pacientes com mediana de idade de 60 anos, 55,6% do sexo feminino, 74.7% DA-AVT, 13,5% DA-BVT e 11,68% EP. A resposta global em toda a coorte foi de 69,1%. Progressão de doença (PD) ocorreu em 41,5% dos pacientes, 32% no EP, 44,8% na DA-BVT e 42,5% na DA-AVT. POD-24 foi observada em 21,7% dos pacientes com DA-AVT. A mediana de seguimento foi de 97,8 meses e de sobrevida global (SG) de 176,2 meses em toda coorte, não atingida para pacientes EP e DA-BVT e de 11,4 anos para DA-AVT. A mediana de sobrevida livre de progressão (SLP) para toda a corte foi de 86,5 meses e de 9,37, 10,56 e 5,29 anos para EP, DA-BVT e DA-AVT, respectivamente. Ao final, 126 pacientes foram avaliáveis para expressão gênica. Após triagem, os genes diferencialmente expressos GNG7, PTGS2, AZIN1, IL7R, TIMD4 e MTTL10 foram testados na corte global. A expressão dos 7 genes não foi distinta entre os grupos. A expressão do IL7R foi inferior na DA-AVT em comparação aos grupos EP e DA-BVT. A hipoexpressão do GNG7 foi associada a maior taxa de PD e transformação histológica. A hiperexpressão do PTGS2 foi mais comum no sexo masculino e a hipoexpressão de AZIN1 em indivíduos com idade 65 anos. A hipoexpressão do ITGAM associou-se a sintomas B e a hipoexpressão dos genes ITGAM e IL7R a massa bulky. O gene IL7R foi associado a acometimento extralinfonodal e doença avançada sintomática. Em análise multivariada, transformação histológica e sintomas B foram associados a pior SLP; LF grau 3A, 3 áreas nodais > 3 cm e quimioterapia sem imunoterapia a maior risco de POD-24. Não foi identificado um perfil de expressão gênica associado ao risco de progressão para doença avançada sintomática nos pacientes com LF estádios precoce e avançado assintomático, porém nesses grupos houve SG superior ao estádio avançado sintomático. A hipoexpressão dos genes IL7R, AZIN1 e ITGAM foi associada a características clínicas de mau prognóstico e a hipoexpressão de GNG7 a pior SLP e maior risco de transformação histológicaFollicular lymphoma (FL) is a heterogeneous, indolent, and incurable malignant neoplasm, representing the second most frequent non-Hodgkin lymphoma. Its broad biological and clinical heterogeneity is based on genetic, epigenetic, and tumor microenvironmental aspects. Understanding the role of these factors in the natural history of FL remains a challenge and will help improve therapeutic stratification accuracy. In this study, we aimed to evaluate the role of gene expression in the progression from early-stage disease (ES) and advanced stage disease with low tumor volume (AS-LTB) to symptomatic advanced disease with high tumor burden (AS-HTB) and the risk of progression within 24 months after the first treatment (POD-24) in patients with FL grades 1-3A. This retrospective study analyzed the gene expression profile of paraffin-embedded tumor samples obtained at diagnosis using microarray methodology on the Clariom-D Array Human platform in a cohort of FL patients diagnosed between January 2000 and January 2022 at the Hospital das Clínicas, University of São Paulo School of Medicine. The study included 214 patients with a median age of 60 years, 55.6% female, AS-HTB in 74.7%, AS-LTB in 13.5%, and ES in 11.68% from the cohort. The overall response rate across the cohort was 69.1%, and 41.5% of patients experienced disease progression (PD), 32% in ES, 44.8% in AS-LTB, and 42.5% in AS-HTB. POD-24 was observed in 21.7% of patients with AS-HTB. The median follow-up was 97.8 months, and the median overall survival (OS) for the entire cohort was 176.2 months. OS was not reached in ES and AS-LTB, while it was 11.4 years in AS-HTB. The median progression-free survival (PFS) for the whole cohort was 86.5 months, and 9.37, 10.56, and 5.29 years for ES, AS-LTB, and AS-HTB, respectively. A total of 126 patients were evaluated for gene expression, and after screening, the differentially expressed genes GNG7, PTGS2, AZIN1, ITGAM, IL7R, TIMD4, and MTTL10 were tested in the global cohort. The expression of these seven genes did not differ between the groups. However, ILR7 expression was lower in AS-HTB compared to ES and AS-LTB. Underexpression of GNG7 was associated with higher rates of PD and histological transformation (HT). Overexpression of PTGS2 was more common in males, and underexpression of AZIN1 was seen in individuals aged 65 years. Underexpression of ITGAM was associated with B symptoms, and both ITGAM and IL7R underexpression were linked to bulky disease. IL7R was also associated with extranodal involvement and symptomatic advanced disease. In multivariate analysis, HT and B symptoms were associated with worse PFS, while grade 3A, 3 nodal areas > 3 cm, and chemotherapy without immunotherapy were linked to a higher risk of POD-24. No gene expression profile was found to predict progression to symptomatic advanced disease in early and asymptomatic advanced FL stages. However, these groups had superior OS compared to symptomatic advanced stage. Downregulation of ILR7, AZIN1, and ITGAM genes were associated with poor clinical prognosis, while underexpression of GNG7 was associated with worse PFS and higher risk of HTBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPereira, JulianaNogueira, Daniel Silva2024-12-16info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5167/tde-19082025-125421/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2025-08-19T19:17:02Zoai:teses.usp.br:tde-19082025-125421Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212025-08-19T19:17:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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O linfoma folicular (LF) é uma neoplasia maligna heterogênea, de evolução indolente e incurável, representando o segundo linfoma não-Hodgkin mais frequente. Sua ampla heterogeneidade biológica e clínica fundamenta-se em aspectos genéticos, epigenéticos e do microambiente tumoral. O papel desses fatores na história natural do LF é um desafio e sua compreensão contribuirá para melhorar a acurácia de sua estratificação terapêutica. Nesse estudo propôs-se avaliar o papel da expressão gênica na progressão de doença estádio precoce (EP) e avançado de baixo volume tumoral (DA-BVT) para doença avançada sintomática (DA-AVT) e risco de progressão em 24 meses após o primeiro tratamento (POD-24) em portadores de LF graus1-3A. Neste trabalho retrospectivo foi realizada uma análise do perfil de expressão gênica de amostras tumorais parafinadas obtidas ao diagnóstico pela metodologia de microarray, utilizando a plataforma Clariom-D Array Human em uma coorte de portadores de LF diagnosticados entre Janeiro de 2000 a Janeiro 2022 no complexo do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O estudo incluiu 214 pacientes com mediana de idade de 60 anos, 55,6% do sexo feminino, 74.7% DA-AVT, 13,5% DA-BVT e 11,68% EP. A resposta global em toda a coorte foi de 69,1%. Progressão de doença (PD) ocorreu em 41,5% dos pacientes, 32% no EP, 44,8% na DA-BVT e 42,5% na DA-AVT. POD-24 foi observada em 21,7% dos pacientes com DA-AVT. A mediana de seguimento foi de 97,8 meses e de sobrevida global (SG) de 176,2 meses em toda coorte, não atingida para pacientes EP e DA-BVT e de 11,4 anos para DA-AVT. A mediana de sobrevida livre de progressão (SLP) para toda a corte foi de 86,5 meses e de 9,37, 10,56 e 5,29 anos para EP, DA-BVT e DA-AVT, respectivamente. Ao final, 126 pacientes foram avaliáveis para expressão gênica. Após triagem, os genes diferencialmente expressos GNG7, PTGS2, AZIN1, IL7R, TIMD4 e MTTL10 foram testados na corte global. A expressão dos 7 genes não foi distinta entre os grupos. A expressão do IL7R foi inferior na DA-AVT em comparação aos grupos EP e DA-BVT. A hipoexpressão do GNG7 foi associada a maior taxa de PD e transformação histológica. A hiperexpressão do PTGS2 foi mais comum no sexo masculino e a hipoexpressão de AZIN1 em indivíduos com idade 65 anos. A hipoexpressão do ITGAM associou-se a sintomas B e a hipoexpressão dos genes ITGAM e IL7R a massa bulky. O gene IL7R foi associado a acometimento extralinfonodal e doença avançada sintomática. Em análise multivariada, transformação histológica e sintomas B foram associados a pior SLP; LF grau 3A, 3 áreas nodais > 3 cm e quimioterapia sem imunoterapia a maior risco de POD-24. Não foi identificado um perfil de expressão gênica associado ao risco de progressão para doença avançada sintomática nos pacientes com LF estádios precoce e avançado assintomático, porém nesses grupos houve SG superior ao estádio avançado sintomático. A hipoexpressão dos genes IL7R, AZIN1 e ITGAM foi associada a características clínicas de mau prognóstico e a hipoexpressão de GNG7 a pior SLP e maior risco de transformação histológica |
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