Análise filogenômica e comparativa de Endotrypanum schaudinni TCC224

• Ano de defesa: 2020
• Autor(a) principal: Vergara, Percy Omar Túllume
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: GP63; Endotrypanum; Leishmania; amastin; amastina; filogenômica; genômica; genomics; phylogenomics
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-06092024-150425/

Endotrypanum spp. é um protozoário parasita hemoflagelado (Ordem Kinetoplastida, Família Trypanosomatidae) com ciclo de vida digenético. Parasitas dessa família são transmitidos pelos insetos vetores, como os flebótomos, e infectam hospedeiros vertebrados, invertebrados e plantas. Tanto os parasitas Endotrypanum quanto Leishmania infectam as preguiças dos gêneros Choloepus e Bradypus. E. schaudinni apresenta um estágio promastigota flagelado móvel, associado ao trato alimentar do inseto vector, e um estágio tripomastigota, encontrado dentro da hemácia da preguiça. Estudos de filogenia molecular demonstram que o gênero Endotrypanum está relativamente próximo do grupo de Leishmania conhecidas como Paraleishmania e que contém as chamadas \"leishmânias enigmáticas\", que receberam esta designação por estarem mais relacionadas ao gênero Endotrypanum. O objetivo principal deste trabalho é caracterizar e comparar o novo genoma de E. schaudinni TCC224 com os de outros tripanossomatídeos através de técnicas de genômica comparativa e filogenômica. Nossos resultados indicam que a montagem está em 10.088 contigs, com N50 de 6kb, e foram preditos 9.711 genes codificadores de proteínas, 1.086 genes de RNAs não codificadores, 86 tRNAs, 6 rRNAs. A análise de microsintenia mostrou que Endotrypanum mantém relação de sintenia com Leishmania spp, com ordem de gene conservada. Identificamos 8,769 grupos ortólogos entre os 12 isolados usados neste estudo. O core genome com 6,763 genes ortólogos foram identificados, tanto como 5,594 genes únicos. A análise filogenômica usando o método de máxima verossimilhança mediante a concatenação de 5,594 genes de cópia única confirma a posição taxonômica de E. schaudinni dentro a seção Paraleishmania junto com E. monterogeii. As categorizações funcionais exibiram diferença na categoria M, envolvida na biogênese parede celular/membrana/envelope do gênero Endotrypanum em comparação com Leishmania. Além disso, a categorização de domínios da família de genes relacionados com a função da membrana celular mostrou expansão no número de cópias, especificamente de GP46 e GP63. Nós ademais achamos poucas cópias de amastina em comparação com Leishmania. Em conclusão, as expansões e contrações da família de genes no gênero Endotrypanum, especialmente aquelas famílias envolvidas em atividades de superfície de membrana, seriam sinal de importantes adaptações em interações parasita-hospedeiro que provavelmente estariam envolvidas na co-evolução da preguiça com os tripanossomatídeos.