Ferramenta computacional para análise integrada de dados clínicos e biomoleculares

• Ano de defesa: 2015
• Autor(a) principal: Ferretti, Yuri
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Bioinformática; Bioinformatics; Data mining; Medicina translacional; Mineração de dados; Translational medicine
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-05042016-093735/

A massificação dos estudos da medicina translacional permite aos pesquisadores que usufruam de fontes de dados das mais diversas áreas. Uma área de suma importância e a bioinformatica, que agrega o alta capacidade de processamento computacional disponível atualmente, com a infindável quantidade de dados gerada por métodos de sequenciamento de ultima geração, para entregar aos pesquisadores uma quantidade rica de dados para serem analisados. Apesar da disponibilidade desses dados, a expertise necessária para analisa-los dificulta que profissionais com pouco conhecimento em bioinformatica, estatística e ciência da computação possam realizar pesquisas e analises com estes dados. Dada esta situação, este trabalho consistiu em criar uma ferramenta que tira proveito da integração de múltiplas bases de dados proporcionada pelo framework IPTrans, permitindo que usuários da área biomédica realizem analises com os dados contidos nessas bases. Com base em outras ferramentas existentes e em um levantamento de requisitos junto a potenciais usuários, foram identificadas as funcionalidades mais importantes e assim foi projetada e implementada a IPTrans Advanced Analysis Tool (IPTrans A2Tool). Esta ferramenta permite que usuários façam analises de expressão diferencial mais comuns como heatmaps, volcano plots, consenso de agrupamentos e blox-plot. Além disso, a ferramenta proporciona um algoritmo de mineração de dados baseado na extração de regras de associação entre dados clínicos e biomoleculares, que permite ao usuário descobrir novas associações entre a expressão dos genes dados clínicos e fenotípicos. Adicionalmente a este trabalho, foi criado também o BioBank Warden, um sistema de controle de dados clínicos e amostras biomoleculares, que foi utilizado como uma das fontes de dados para o IPTrans A2Tool. Este sistema permite que usuários adicionem informações clinicas de pacientes e também das amostras extraídas para a realização de estudos. Uma avaliação preliminar de usabilidade, realizada junto a profissionais da área biomédica, mostrou que as ferramentas possuem potencial para serem utilizadas no contexto da medicina translacional.