Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci
Ano de defesa: | 2018 |
---|---|
Autor(a) principal: | |
Orientador(a): | |
Banca de defesa: | |
Tipo de documento: | Dissertação |
Tipo de acesso: | Acesso aberto |
Idioma: | eng |
Instituição de defesa: |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
|
Programa de Pós-Graduação: |
Não Informado pela instituição
|
Departamento: |
Não Informado pela instituição
|
País: |
Não Informado pela instituição
|
Palavras-chave em Português: | |
Link de acesso: | http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-25072018-181323/ |
Resumo: | Crops, such as sugarcane, potato, and several forages and berries, are autopolyploids. In plant breeding studies, a key subject is the pairwise relatedness between cultivars. This information can be incorporated in GWAS (genome-wide association) and GS (genomic selection) studies allowing powerful genetic analysis. Despite the autopolyploid importance in agriculture, they lack genetic studies considering ploidy level, and, therefore, polyssomic inheritance. Our objective in this work is: i) to investigate, through simulations, different molecular pairwise relatedness estimators; ii) to recommend which one is the best to be used in different scenarios regarding characteristic as number of loci, number of alleles, ploidy level, double-reduction, and inbreeding level. Our recommendations may guide autopolyploid breeding programs will be able to choose the best strategies and estimators based their reality. |
id |
USP_ea38d677d0f693dae3fdc25f76272ab4 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-25072018-181323 |
network_acronym_str |
USP |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository_id_str |
|
spelling |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many lociParentesco molecular em autopoliploides: um estudo de simulação considerando lingação e muitos lociAutotetraploidesAutotetraploidsMarcador molecularMolecular markerMolecular relationshipParentesco molecularPoliploidesPolyploidSNPSNPCrops, such as sugarcane, potato, and several forages and berries, are autopolyploids. In plant breeding studies, a key subject is the pairwise relatedness between cultivars. This information can be incorporated in GWAS (genome-wide association) and GS (genomic selection) studies allowing powerful genetic analysis. Despite the autopolyploid importance in agriculture, they lack genetic studies considering ploidy level, and, therefore, polyssomic inheritance. Our objective in this work is: i) to investigate, through simulations, different molecular pairwise relatedness estimators; ii) to recommend which one is the best to be used in different scenarios regarding characteristic as number of loci, number of alleles, ploidy level, double-reduction, and inbreeding level. Our recommendations may guide autopolyploid breeding programs will be able to choose the best strategies and estimators based their reality.Culturas agrícolas como cana-de-açúcar, batata, batata doce, diferentes forrageiras e frutas são autopoliploides. Em melhoramento de plantas, o conhecimento do parentesco entre cultivares é crítico. Essa informação pode ser incorporada em estudos de GWAS (genome-wide association studies) e GS (genomic selection) permitindo uma análise genética e predição de QTLs e valores genéticos de maior poder estatístico. No entanto, faltam estudos genéticos que considerem parentesco em um cenário autopoliploide. Nossos objetivos neste trabalho são: i) investigar, através de simulações, diferentes estimadores de parentesco entre indivíduos; ii) recomendar o melhor estimador basedo em cenários específicos considerando diferentes número de loci, número de alelos, ploidia, nível de dupla-redução e endogamia. Nossas recomendações poderão orientar estratégias de programas de melhoramento genético de espécies autopoliploides para escolha de estimadores baseados em seu cenário específico.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPGarcia, Antonio Augusto FrancoAmadeu, Rodrigo Rampazo2018-03-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-25072018-181323/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesseng2022-03-14T13:00:02Zoai:teses.usp.br:tde-25072018-181323Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-03-14T13:00:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci Parentesco molecular em autopoliploides: um estudo de simulação considerando lingação e muitos loci |
title |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
spellingShingle |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci Amadeu, Rodrigo Rampazo Autotetraploides Autotetraploids Marcador molecular Molecular marker Molecular relationship Parentesco molecular Poliploides Polyploid SNP SNP |
title_short |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
title_full |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
title_fullStr |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
title_full_unstemmed |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
title_sort |
Molecular pairwise relatedness in autopolyploids: a simulation study considering linkage and many loci |
author |
Amadeu, Rodrigo Rampazo |
author_facet |
Amadeu, Rodrigo Rampazo |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Garcia, Antonio Augusto Franco |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Amadeu, Rodrigo Rampazo |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Autotetraploides Autotetraploids Marcador molecular Molecular marker Molecular relationship Parentesco molecular Poliploides Polyploid SNP SNP |
topic |
Autotetraploides Autotetraploids Marcador molecular Molecular marker Molecular relationship Parentesco molecular Poliploides Polyploid SNP SNP |
description |
Crops, such as sugarcane, potato, and several forages and berries, are autopolyploids. In plant breeding studies, a key subject is the pairwise relatedness between cultivars. This information can be incorporated in GWAS (genome-wide association) and GS (genomic selection) studies allowing powerful genetic analysis. Despite the autopolyploid importance in agriculture, they lack genetic studies considering ploidy level, and, therefore, polyssomic inheritance. Our objective in this work is: i) to investigate, through simulations, different molecular pairwise relatedness estimators; ii) to recommend which one is the best to be used in different scenarios regarding characteristic as number of loci, number of alleles, ploidy level, double-reduction, and inbreeding level. Our recommendations may guide autopolyploid breeding programs will be able to choose the best strategies and estimators based their reality. |
publishDate |
2018 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2018-03-14 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-25072018-181323/ |
url |
http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-25072018-181323/ |
dc.language.iso.fl_str_mv |
eng |
language |
eng |
dc.relation.none.fl_str_mv |
|
dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.coverage.none.fl_str_mv |
|
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
instacron_str |
USP |
institution |
USP |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
_version_ |
1815258443999608832 |