Investigação e caracterização molecular do retrovírus da reticuloendoteliose aviária (REV) no Brasil

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Caleiro, Giovana Santos
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Aves; Birds; Brasil; Brazil; Filogenia; Gammaretrovirus; Gammaretrovírus; Phylogeny; Reticuloendotheliosis Viruses Avian; Sequenciamento Completo do Genoma; Vírus da Reticuloendoteliose Aviária; Whole Genome Sequencing
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5179/tde-16062023-130128/

A Reticuloendoteliose aviária (RE) é uma doença oncogênica e imunossupressora, amplamente distribuída, que acomete muitas espécies de aves. A RE é uma doença aviária que faz parte de um grupo de síndromes, cujos principais sintomas são imunossupressão, atrofia acentuada de tecidos linfoides e podendo evoluir para neoplasia em células do sistema reticuloendotelial e/ou linfoma de células B ou T. O vírus da reticuloendoteliose (REV) é um retrovírus tipo C da família Retroviridae, com genoma de 8300 nucleotídeos. A transmissão ocorre tanto de forma vertical como horizontal. A presença da Reticuloendoteliose em plantéis representa embargos econômicos para a exportação de carne e produtos de aves, representando, portanto, um importante problema econômico. Até o presente momento há apenas três relatos do vírus no Brasil, um feito pelo nosso grupo, mais especificamente no Norte do Estado do Pará em amostras de pato-selvagem, galinha e peru- selvagem, e os outros dois em amostras de galinha no estado de São Paulo e Paraná. Esses resultados evidenciam a necessidade de mais estudos abrangendo outras regiões e estados do Brasil, para que se tenha a real noção da circulação desse vírus no país. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi ampliar as investigações da presença do REV, cobrindo diferentes regiões do Brasil em amostras de aves selvagens e de sentinela e também na Argentina, onde o vírus já fora descrito anteriormente. Além disso, objetivou-se aqui sequenciar o genoma completo das amostras positivas do Brasil. Obtivemos amostras de coágulo, fezes, sangue total e swab de cloaca, advindas de diferentes estados do Brasil e dos seis biomas, totalizando 1517 amostras de aves. Além dessas, também utilizamos amostras do norte do estado do Pará, analisadas em projeto anterior, e sabidamente positivas para o REV. O RNA das amostras foi extraído e submetido a PCR em tempo real para a região do envelope do REV. Além disso, foram desenhados primers para o sequenciamento do genoma completo do vírus usando a ferramenta PrimalScheme. Todas as amostras coletadas para este estudo foram negativas na qPCR para detecção do RNA de REV. As amostras do norte do Pará foram sequenciadas e classificadas filogeneticamente dentro do subtipo III. A partir das análises bayesianas foi possível estimar a origem do REV em 104 anos (a partir do gene de envelope) e em 429 anos (se usado o gene da polimerase). Com base nos resultados obtidos levantamos hipóteses que ajudam a explicar as diferenças nas prevalências e dispersão do REV no Brasil em comparação com outros países, e as implicações disso. Por fim, matrizes de identidade genética e análises de recombinação foram feitas e os resultados contribuíram para uma melhor descrição e entendimento da controversa classificação dos genomas de REV, e também para uma descrição mais detalhada dos vírus amostrados no Brasil