O sequenciamento de nova geração no estudo de modelos de herança na perda auditiva não-sindrômica

• Ano de defesa: 2024
• Autor(a) principal: Schiavo, Beatriz Cetalle
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Análise de exomas; Análise de genomas; Exome analysis; Genome analysis; Hearing loss; Hereditary deafness; Next generation sequencing; Perda auditiva; Sequenciamento de nova geração; Surdez hereditária
• Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41136/tde-23012025-201047/

A perda auditiva é considerada um distúrbio comum na população mundial, sendo que cerca de 50% dos casos são causados por fatores genéticos e, em sua maioria, não são sindrômicos. Quando de causa genética, é uma característica extremamente heterogênea, pois apresenta diversos mecanismos de herança que envolvem lócus gênicos distribuídos por todo o genoma, com milhares de alelos já identificados que causam manifestações fenotípicas que variam no grau, evolução e na idade de manifestação. Com o avanço do sequenciamento de nova geração (NGS), novos genes têm sido descobertos como causativos da perda auditiva e a estratégia está se tornando a mais promissora para investigação de casos sem resolução após triagem das variantes patogênicas mais comuns com resultado negativo. O objetivo desse estudo foi encontrar as causas genéticas dos casos de perda auditiva sem diagnóstico molecular que já passaram por uma triagem inicial e por sequenciamento de exoma completo no Laboratório de Genética Humana do IB/USP. A primeira família estudada é composta por 27 indivíduos afetados por perda auditiva não-sindrômica autossômica dominante, sendo que, 9 dos 27 indivíduos tiveram seu material genético analisado por meio do sequenciamento completo do exoma ou genoma. Os resultados foram filtrados em conjunto a fim de identificar uma variante em comum que pudesse explicar o fenótipo da família. Foi encontrado um haplótipo com 12 variantes raras no cromossomo 6 presentes em heterozigose em 7 dos 9 indivíduos afetados testados por meio do NGS. Foram realizadas outras estratégias de filtragens de variantes presentes nos outros cromossomos, avaliando variantes raras em comum, variantes que teriam potencial para afetar o splicing e variantes em genes já conhecidos de surdez. Após essas análises não foi encontrada variante que estivesse presente em todos os indivíduos afetados, que pudesse explicar o quadro. Como segunda abordagem desse estudo, foram selecionados 42 casos sem diagnóstico molecular após sequenciamento de exoma. Para testar a hipótese de que herança oligogênica ou poligênica pudessem explicar os quadros, um método estatístico chamado de análise de Burden foi utilizado para avaliar se indivíduos afetados carregam mais variantes em genes relacionados à surdez quando comparados a um grupo controle. Foram realizados 16 tipos de análise, alternando a frequência populacional das variantes (1% e 5%), tipo de variantes incluídas e modelo de herança (dominante, aditivo, recessivo e heterozigoto). Foi observado que as análises prevendo efeito recessivo mostraram valores expressivos de odds ratio, sugerindo que o acúmulo de variantes em homozigose favorece a ocorrência do fenótipo nesses indivíduos. No entanto, os dados devem ser observados com cautela pois na casuística de afetados há indivíduos nascidos de casamentos consanguíneos. Nos demais modelos de análise, os valores de odds ratio eram próximos a 1. Portanto, não detectamos diferenças significativas do número de variantes ao comparar indivíduos afetados com os controles, sem evidência detectável do papel da herança oligogênica ou poligênica nesse conjunto de casos.