Avaliação da variação do número de cópias (CNVs) genômicas em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas por meio das técnicas de sequenciamento completo do exoma e bead array

• Ano de defesa: 2019
• Autor(a) principal: Zanardo, Evelin Aline
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
• Palavras-chave em Português: Análise de sequência com séries de oligonucleotídeos; DNA copy number variations; Genetic testing; Oligonucleotide array sequence analysis; Sequenciamento completo do exoma; Testes genéticos; Variações do número de cópias de DNA; Whole exome sequencing
• Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5144/tde-29102019-105920/

O papel das variações do número de cópias (CNVs), das variantes de nucleotídeo único (SNVs), das inserções e deleções de um ou alguns nucleotídeos (InDels), e das regiões de homozigosidade (ROHs) em pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou malformações congênitas está cada vez mais sólido na literatura. Em paralelo ocorre o contínuo aperfeiçoamento e desenvolvimento de métodos de análise de variantes clínicas relevantes. Entre as metodologias para a identificação e caracterização dessas variantes estão a técnica de array genômico, considerado padrão ouro para a identificação de CNVs e ROHs em regiões exônicas e intrônicas, e o sequenciamento completo do exoma, que detecta predominantemente SNVs e InDels nas regiões codificantes do genoma (éxons). Assim esse estudo teve como objetivo avaliar a capacidade de detecção de CNVs relevantes clinicamente nos resultados do sequenciamento do exoma com o kit Nextera Rapid Capture Exomes® (Illumina®) utilizando o software ExomeDepth®. Para esta pesquisa foram avaliadas 38 amostras de DNA de pacientes com atraso do desenvolvimento neuropsicomotor e/ou múltiplas malformações congênitas e sem SNVs ou InDels patogênicas detectadas previamente pelo sequenciamento do exoma. Concomitantemente as amostras foram avaliadas pela técnica de array com o Infinium CytoSNP-850K BeadChip® (Illumina®) utilizando o software BlueFuse® para a confirmação dos achados e/ou exclusão de outras deleções e duplicações. Dentre as 38 amostras avaliadas, um total de 745 CNVs (534 deleções e 211 duplicações) foram detectadas nos resultados do sequenciamento completo do exoma e 332 CNVs (224 deleções e 108 duplicações) e 37 ROHs foram identificadas por meio do array. Na análise final, o software ExomeDepth® detectou 18 CNVs patogênicas das 19 identificadas pelo array utilizando o software BlueFuse® e ao mesmo tempo revelou grande quantidade de CNVs, que não puderam ser confirmadas como verdadeiras por limitações técnicas (671 variantes falso-positivas e 313 variantes falso-negativas). O BlueFuse® também revelou três amostras com ROHs importantes por sugerir associação com dissomia uniparental, imprinting genômico, ou ocorrência de doenças recessivas relacionadas com uma variante de ponto, enquanto que o ExomeDepth® não detecta essas regiões. Vencer os desafios para a identificação inequívoca de CNVs é essencial para ampliar o entendimento do papel das variantes genômicas no fenótipo clínico. Nesse sentido, com o aprimoramento dos softwares e banco de dados, o sequenciamento completo do exoma pode se tornar uma excelente estratégia na rotina do diagnóstico clínico de pacientes