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Comparação de redes de microRNAs placentários de primigestas submetidas a intervenção psicossocial

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: Feitosa, Rayssa Maria de Melo Wanderley
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28062022-171806/
Resumo: A exposição a estressores psicológicos e sociais, durante as fases iniciais do desenvolvimento humano, principalmente na gestação, está associada a um aumento significativo do risco da prole desenvolver vários problemas, incluindo alterações da cognição, reatividade emocional, dificuldades em sociabilização e aumento do risco para transtornos mentais. Assim, intervenções psicossociais no período gestacional têm apresentando um impacto positivo em desfechos neonatais e que perduram na vida. Entretanto, pouco se conhece sobre os possíveis mediadores biológicos da intervenção. Consequentemente, há uma grande relevância e interesse científico de compreender os mecanismos moleculares e epigenéticos que mediam a relação entre exposições ambientais, desfechos de neurodesenvolvimento e intervenções terapêuticas. Entre estes, microRNAs (miRNAs) parecem ter um papel relevante. Existem ferramentas disponíveis para buscar diferenças de expressão gênica, criação e comparações de redes microRNA-alvo, no entanto, as mesmas não consideram evolução temporal e para diminuir o espaço de busca dos alvos precisam de dados de diferença de expressão de mRNA além dos de miRNA. O presente trabalho, é parte de estudo clínico duplo cego e randomizado de intervenção psicossocial para primigestas em situação de vulnerabilidade, que tem como objetivo investigar a diferença de expressão de miRNAs placentários e comparar redes biológicas de miRNA-mRNA, porém sem dados experimentais de expressão de mRNA. Considerando que existem evidências para ação de corregulação de miRNA em alvos formando módulos, e certa especificidade tecidual para ação destes módulos, criamos um novo método para a comparação de módulos de corregulação miRNAs-mRNA, criados a partir de dados experimentais de miRNAs diferencialmente expressos entre dois momentos durante a gestação (8-16 semanas e 30 semanas) para dois grupos (caso e controle) e genes placentários, utilizando programas escritos em C++ e Python. Diferentemente do que se encontra até o momento na literatura, o método criado consegue identificar módulos de corregulação tecido-específicos miRNA-mRNA presentes apenas em casos ou em controles mesmo com diferenças sutis na expressão de miRNAs para casos e controles, podendo ser usado para diversas situações.
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Consequentemente, há uma grande relevância e interesse científico de compreender os mecanismos moleculares e epigenéticos que mediam a relação entre exposições ambientais, desfechos de neurodesenvolvimento e intervenções terapêuticas. Entre estes, microRNAs (miRNAs) parecem ter um papel relevante. Existem ferramentas disponíveis para buscar diferenças de expressão gênica, criação e comparações de redes microRNA-alvo, no entanto, as mesmas não consideram evolução temporal e para diminuir o espaço de busca dos alvos precisam de dados de diferença de expressão de mRNA além dos de miRNA. O presente trabalho, é parte de estudo clínico duplo cego e randomizado de intervenção psicossocial para primigestas em situação de vulnerabilidade, que tem como objetivo investigar a diferença de expressão de miRNAs placentários e comparar redes biológicas de miRNA-mRNA, porém sem dados experimentais de expressão de mRNA. Considerando que existem evidências para ação de corregulação de miRNA em alvos formando módulos, e certa especificidade tecidual para ação destes módulos, criamos um novo método para a comparação de módulos de corregulação miRNAs-mRNA, criados a partir de dados experimentais de miRNAs diferencialmente expressos entre dois momentos durante a gestação (8-16 semanas e 30 semanas) para dois grupos (caso e controle) e genes placentários, utilizando programas escritos em C++ e Python. Diferentemente do que se encontra até o momento na literatura, o método criado consegue identificar módulos de corregulação tecido-específicos miRNA-mRNA presentes apenas em casos ou em controles mesmo com diferenças sutis na expressão de miRNAs para casos e controles, podendo ser usado para diversas situações.The exposure to environmental risk factors such as psychological and social stressors during the initial phases of human development, especially in the gestational period, is associated with a significant increase in the offsprings risk of developing various adversities, including cognition problems, emotional reactivity, impaired sociability and psychiatric disorders. Considering this, psychosocial interventions during gestation have shown a positive impact for neonatal outcomes which can last a lifetime. However, there is a lack of knowledge on possible biological markers of intervention. Consequently, there is great relevance and scientific interest in understanding the molecular and epigenetic mechanisms that mediate the relationship between environmental exposures, neurodevelopmental outcomes and therapeutic interventions. Among these mechanisms, miRNAs seem to have an important role. There are available tools to search for gene expression differences, creation and comparison of miRNA-target networks. Notwithstanding, these tools do not consider time evolution, and to reduce the target search space, they need expression data not only for miRNAs but also mRNA. This work is part of a randomized, double-blinded clinical trial on psychosocial intervention for primigravidae in socio-economic vulnerability that has the goal to investigate placental miRNA differential expression and compare biological networks miRNA-mRNA without mRNA experimental expression data. Considering that there is evidence for miRNA forming corregulation modules with targets, and a certain tissue specificity for the action of these modules, we created a new method for the comparison of miRNA-mRNA corregulation modules. The modules were created from differentially expressed miRNA data between two gestational periods (8-16 weeks and 30 weeks) for two groups (cases and controls), and placental genes, using two computer programs written in Python and C++. Differently from what we have seen so far in the literature, the method created is able to identify tissue-specific corregulation miRNA-mRNA modules present only in case or only in controls, even though there was subtle miRNA expression difference for the groups.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPBrentani, Helena PaulaLima, Ariane MachadoFeitosa, Rayssa Maria de Melo Wanderley2022-02-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28062022-171806/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-07-19T15:59:46Zoai:teses.usp.br:tde-28062022-171806Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-07-19T15:59:46Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
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