Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Nuss, Andressa
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
NGS
Link de acesso: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-05032020-092345/
Resumo: A Floresta Atlântica possui grande heterogeneidade de ambientes e estima-se que hoje está reduzida a 11% a 16 % de sua área original. Além disso, abriga alto grau de endemismo, sendo considerada como um dos 5 hotspots mundiais de biodiversidade. Para investigar os processos históricos que podem ter sido responsáveis pela distribuição geográfica da diversidade de linhagens genéticas de espécies desse domínio realisamos na presente Tese um estudo filogeográfico de três espécies de passeriformes endêmicos da Floresta Atlântica, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e squamosus. Para acessar a estrutura genética e realizar análises demográficas das espécies foram produzidos dados de milhares de locos, por meio da técnica de Genotyping by Sequencing, de um total de 151 indivíduos de 83 localidades no Brasil, Uruguai e Argentina. A presente Tese inclui dois capítulos. No capítulo 1 a análise de ~8.700 SNPs de 86 indivíduos de Myiothlypis leucoblephara indicou a presença de dois grupos genéticos distribuidos em gradientes norte/sul e leste/oeste com claro padrão de isolamento por distância. Ainda, também detectamos expansão populacional no último máximo glacial (~20 mil anos atrás). No capítulo 2 realizamos um estudo filogeográfico das espécies irmãs Myrmoderus loricatus (35 indivíduos) e M. squamosus (30 indivíduos) utilizando em torno de ~15.500 SNPs. Diversas análises indicaram padrão de isolamento por distância para ambas espécies e a estimativa de data de separação dessas espécies poderia estar associada à alta atividade tectônica do Vale do Paraíba do Sul. Os dados apresentados na presente Tese permitiram testar algumas hipóteses de diversificação para a Floresta Atlântica e inferir como os processos demográficos atuam moldando a distribuição das linhagens. Além disso, nossos resultados reforçam a importância do uso de grandes quantidades de marcadores para caracterizar populações e inferir como os eventos demográficos aconteceram ao longo da evolução das espécies
id USP_fd8f576c12981dfc6a699995d53ac5e9
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-05032020-092345
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str
spelling Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)Phylogeography and patterns of diversification of three Atlantic Forest birds (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus and Myrmoderus squamosus)Demografia históricaHistorical demographyNeotropical RegionNGSNGSPasseriformesPasseriformesRegião NeotropicalA Floresta Atlântica possui grande heterogeneidade de ambientes e estima-se que hoje está reduzida a 11% a 16 % de sua área original. Além disso, abriga alto grau de endemismo, sendo considerada como um dos 5 hotspots mundiais de biodiversidade. Para investigar os processos históricos que podem ter sido responsáveis pela distribuição geográfica da diversidade de linhagens genéticas de espécies desse domínio realisamos na presente Tese um estudo filogeográfico de três espécies de passeriformes endêmicos da Floresta Atlântica, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e squamosus. Para acessar a estrutura genética e realizar análises demográficas das espécies foram produzidos dados de milhares de locos, por meio da técnica de Genotyping by Sequencing, de um total de 151 indivíduos de 83 localidades no Brasil, Uruguai e Argentina. A presente Tese inclui dois capítulos. No capítulo 1 a análise de ~8.700 SNPs de 86 indivíduos de Myiothlypis leucoblephara indicou a presença de dois grupos genéticos distribuidos em gradientes norte/sul e leste/oeste com claro padrão de isolamento por distância. Ainda, também detectamos expansão populacional no último máximo glacial (~20 mil anos atrás). No capítulo 2 realizamos um estudo filogeográfico das espécies irmãs Myrmoderus loricatus (35 indivíduos) e M. squamosus (30 indivíduos) utilizando em torno de ~15.500 SNPs. Diversas análises indicaram padrão de isolamento por distância para ambas espécies e a estimativa de data de separação dessas espécies poderia estar associada à alta atividade tectônica do Vale do Paraíba do Sul. Os dados apresentados na presente Tese permitiram testar algumas hipóteses de diversificação para a Floresta Atlântica e inferir como os processos demográficos atuam moldando a distribuição das linhagens. Além disso, nossos resultados reforçam a importância do uso de grandes quantidades de marcadores para caracterizar populações e inferir como os eventos demográficos aconteceram ao longo da evolução das espéciesThe Atlantic Forest has a high heterogeneity of types of habitats and today it is reduced to 11% to 16% of its original area. In addition, it harbors an elevated degree of endemism and is considered as one of the top five global biodiversity hotspots. In order to investigate the historical processes that may be responsible for the geographic distribution of genetic lineages, we performed a phylogeographic study of three Atlantic Forest endemic passerine species, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus and M. squamosus. Data from thousands of loci were produced using Genotyping by Sequencing to access the genetic structure and perform demographic analyzes of a total of 151 individuals from 83 locations in Brazil, Uruguay and Argentina. This Ph.D. Dissertation includes two chapters. In chapter 1 we analyzed ~8,700 SNPs from 86 individuals of Myiothlypis leucoblephara. The results indicated the presence of two genetic clusters distributed in north/south and east/west gradients with clear isolation by distance pattern. In addition, we also detected population expansion in Last Glacial Maximum (~20 thousand years ago). In chapter 2 we performed a phylogeographic study of the sister species Myrmoderus loricatus (35 individuals) and M. squamosus (30 individuals) based on ~15,500 SNPs. Different analyses indicated the presence of isolation by distance for both species and the estimated date of split of these species could be associated with high tectonic activity of Paraíba do Sul Valley. The data presented in this Ph.D. Dissertation allowed us to test some hypotheses of diversification for the Atlantic Forest and to infer how demographic processes act in shaping the distribution of lineages. Moreover, our results reinforce the importance of using large amounts of markers to characterize populations and infer how demographic events happened along the evolution of speciesBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPMiyaki, Cristina YumiNuss, Andressa2019-12-16info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-05032020-092345/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2022-03-05T13:00:04Zoai:teses.usp.br:tde-05032020-092345Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212022-03-05T13:00:04Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
Phylogeography and patterns of diversification of three Atlantic Forest birds (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus and Myrmoderus squamosus)
title Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
spellingShingle Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
Nuss, Andressa
Demografia histórica
Historical demography
Neotropical Region
NGS
NGS
Passeriformes
Passeriformes
Região Neotropical
title_short Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
title_full Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
title_fullStr Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
title_full_unstemmed Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
title_sort Filogeografia e padrões de diversificação de três espécies de aves da Mata Atlântica (Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e Myrmoderus squamosus)
author Nuss, Andressa
author_facet Nuss, Andressa
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Miyaki, Cristina Yumi
dc.contributor.author.fl_str_mv Nuss, Andressa
dc.subject.por.fl_str_mv Demografia histórica
Historical demography
Neotropical Region
NGS
NGS
Passeriformes
Passeriformes
Região Neotropical
topic Demografia histórica
Historical demography
Neotropical Region
NGS
NGS
Passeriformes
Passeriformes
Região Neotropical
description A Floresta Atlântica possui grande heterogeneidade de ambientes e estima-se que hoje está reduzida a 11% a 16 % de sua área original. Além disso, abriga alto grau de endemismo, sendo considerada como um dos 5 hotspots mundiais de biodiversidade. Para investigar os processos históricos que podem ter sido responsáveis pela distribuição geográfica da diversidade de linhagens genéticas de espécies desse domínio realisamos na presente Tese um estudo filogeográfico de três espécies de passeriformes endêmicos da Floresta Atlântica, Myiothlypis leucoblephara, Myrmoderus loricatus e squamosus. Para acessar a estrutura genética e realizar análises demográficas das espécies foram produzidos dados de milhares de locos, por meio da técnica de Genotyping by Sequencing, de um total de 151 indivíduos de 83 localidades no Brasil, Uruguai e Argentina. A presente Tese inclui dois capítulos. No capítulo 1 a análise de ~8.700 SNPs de 86 indivíduos de Myiothlypis leucoblephara indicou a presença de dois grupos genéticos distribuidos em gradientes norte/sul e leste/oeste com claro padrão de isolamento por distância. Ainda, também detectamos expansão populacional no último máximo glacial (~20 mil anos atrás). No capítulo 2 realizamos um estudo filogeográfico das espécies irmãs Myrmoderus loricatus (35 indivíduos) e M. squamosus (30 indivíduos) utilizando em torno de ~15.500 SNPs. Diversas análises indicaram padrão de isolamento por distância para ambas espécies e a estimativa de data de separação dessas espécies poderia estar associada à alta atividade tectônica do Vale do Paraíba do Sul. Os dados apresentados na presente Tese permitiram testar algumas hipóteses de diversificação para a Floresta Atlântica e inferir como os processos demográficos atuam moldando a distribuição das linhagens. Além disso, nossos resultados reforçam a importância do uso de grandes quantidades de marcadores para caracterizar populações e inferir como os eventos demográficos aconteceram ao longo da evolução das espécies
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-12-16
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-05032020-092345/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-05032020-092345/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1865490907902509056