Detecção rápida da tuberculose multirresistente por método molecular
| Ano de defesa: | 2020 |
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Resumo: | De acordo com a Organização Mundial de Saúde (OMS), a tuberculose é classificada como tuberculose droga resistente (TB-DR) quando o isolado de Mycobacterium tuberculosis (MTB) apresenta resistência a qualquer um dos fármacos testados e tuberculose multirresistente (TB-MDR) quando o isolado do MTB apresenta resistência à, pelo menos, isoniazida (INH) e rifampicina (RIF) simultaneamente. A resistência à RIF tem sido associada a mutações no gene rpoB (códons 531, 526 e 516) e a resistência a INH têm sido relacionadas aos genes katG, inhA, ahpCe kasA, sendo a mutação no códon 315 do gene katG, a mais citada para resistência a este fármaco. Neste contexto, métodos moleculares têm sido propostos para a detecção de mutações gênicas em isolados de MTB que possam estar associadas à resistência aos fármacos RIF e INH a fim de agilizar o diagnóstico da TB-DR e intervir na cadeia de transmissão da doença. O presente estudo avaliou o desempenho da PCR multiplex alelo específico (MAS-PCR) na detecção de TB-DR e TB-MDR. A metodologia, MAS-PCR teve como alvos os genes rpoB, katG e inhA-15. Os resultados foram comparados com o método fenotípico e genotípico "padrão ouro" TSA-MGIT960 e Sequenciamento de DNA respectivamente. A MAS-PCR foi capaz de detectar a resistência gênica em 95,4% dos casos investigados. A concordância entre os métodos molecular foram avaliadas utilizando o software. "R" versão 3.6. Nossos resultados demonstram que a técnica, MAS-PCR pode ser uma boa ferramenta de triagem para a detecção da TB-DR e TB-MDR |
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Pereira, Márcia Aparecida da SilvaFandinho, Fátima Cristina O.Cardoso, Sandra Wagner2024-03-15T15:05:42Z2024-03-15T15:05:42Z2020PEREIRA, Márcia Aparecida da Silva. Detecção rápida da tuberculose multirresistente por método molecular. 2020. 127 f. Dissertação (Mestrado Profissional em Pesquisa Clínica) - Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 2020.https://arca.fiocruz.br/handle/icict/63084De acordo com a Organização Mundial de Saúde (OMS), a tuberculose é classificada como tuberculose droga resistente (TB-DR) quando o isolado de Mycobacterium tuberculosis (MTB) apresenta resistência a qualquer um dos fármacos testados e tuberculose multirresistente (TB-MDR) quando o isolado do MTB apresenta resistência à, pelo menos, isoniazida (INH) e rifampicina (RIF) simultaneamente. A resistência à RIF tem sido associada a mutações no gene rpoB (códons 531, 526 e 516) e a resistência a INH têm sido relacionadas aos genes katG, inhA, ahpCe kasA, sendo a mutação no códon 315 do gene katG, a mais citada para resistência a este fármaco. Neste contexto, métodos moleculares têm sido propostos para a detecção de mutações gênicas em isolados de MTB que possam estar associadas à resistência aos fármacos RIF e INH a fim de agilizar o diagnóstico da TB-DR e intervir na cadeia de transmissão da doença. O presente estudo avaliou o desempenho da PCR multiplex alelo específico (MAS-PCR) na detecção de TB-DR e TB-MDR. A metodologia, MAS-PCR teve como alvos os genes rpoB, katG e inhA-15. Os resultados foram comparados com o método fenotípico e genotípico "padrão ouro" TSA-MGIT960 e Sequenciamento de DNA respectivamente. A MAS-PCR foi capaz de detectar a resistência gênica em 95,4% dos casos investigados. A concordância entre os métodos molecular foram avaliadas utilizando o software. "R" versão 3.6. Nossos resultados demonstram que a técnica, MAS-PCR pode ser uma boa ferramenta de triagem para a detecção da TB-DR e TB-MDRAccording to the World Health Organization (WHO) tuberculosis (TB) is classified as drug resistant tuberculosis (TB-DR) when Mycobacterium tuberculosis (MTB) isolate is resistant to any of the multidrug-resistant TB drugs. (MDR-TB) when the MTB isolate is resistant to, at least, isoniazid (INH) and rifampicin (RIF) simultaneously. Resistance to RIF has been linked to mutations in rpoBgene (codons 531, 526 and 516). For INH, resistance-associated mutations have been reported in the katG, inhA, ahpC, and kasA genes, with the mutation at codon 315 of the katG gene being the most frequent. In this context, molecular methods have been proposed for the detection of gene mutations in MTB isolates that may be associated with drug resistance in order to expedite the diagnosis of TB-DR and to intervene in the MDR-TB transmission chain. The present study evaluated the performance of allele-specific multiplex PCR (MAS-PCR) in detecting TB-DR and TB-MDR. The MAS-PCR methodology applied in this study targeted rpoB, katG and inhA-15 genes. Results were compared with the phenotypic and genotypic "gold standard" method TSA-MGIT960 and DNA sequencing respectively. MAS-PCR was able to detect gene resistance in 95.4% of the investigated cases. Agreement between the methods was evaluated using software "R" Our results demonstrate that the MAS-PCR technique can be a good screening tool for TB-DR and MDR-TB detectionFundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porMycobacterium Tuberculosis MultirresistenteTuberculose ResistenteMAS-PCRMycobacterium Tuberculosis ResistantResistant TuberculosisMAS-PCRMycobacterium tuberculosisTuberculose Resistente a Múltiplos MedicamentosReação em Cadeia da PolimeraseDetecção rápida da tuberculose multirresistente por método molecularinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2020Instituto Nacional de Infectologia Evandro ChagasFundação Oswaldo CruzMestrado ProfissionalRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Pesquisa Clínicainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://arca.fiocruz.br/bitstreams/ab2a272e-e466-49e6-977c-2ec98c7e822f/download8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51falseAnonymousREADORIGINALmarcia_pereira_ini_mest_2020.pdfapplication/pdf2947807https://arca.fiocruz.br/bitstreams/fa8b4c50-f6fa-4db1-adf1-7fc5fc67747f/download477aa2509b33adabad7af9c6adc01116MD52trueAnonymousREADTEXTmarcia_pereira_ini_mest_2020.pdf.txtmarcia_pereira_ini_mest_2020.pdf.txtExtracted texttext/plain104818https://arca.fiocruz.br/bitstreams/a1f43303-16ed-4272-9617-4a3ac4274068/download2a825ad52a507c78a6eee27b494d81d9MD511falseAnonymousREADTHUMBNAILmarcia_pereira_ini_mest_2020.pdf.jpgmarcia_pereira_ini_mest_2020.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg15196https://arca.fiocruz.br/bitstreams/09716f5f-3d7b-431d-9647-209c48375541/download69e92bbf7a25c718d556857db7a19fd5MD512falseAnonymousREADicict/630842025-12-11 08:25:22.549open.accessoai:arca.fiocruz.br:icict/63084https://arca.fiocruz.brRepositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352025-12-11T11:25:22Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)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 |
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