Desenvolvimento de um banco de dados (HTLV-1 molecular epidemiology databases) para dataming e data management de sequências do HTLV-1

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2012
Autor(a) principal: Araújo, Thessika Hialla Almeida
Orientador(a): Alcantara, Luiz Carlos Júnior
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Link de acesso: https://arca.fiocruz.br/handle/icict/4315
Resumo: As pesquisas biológicas geram uma grande quantidade de informações que devem ser armazenadas e gerenciadas, permitindo que os usuários tenham acesso a dados completos sobre o tema de interesse. O volume de dados não relacionados gerados nas pesquisas com HTLV-1 justifica a criação de um Banco de dados que contenha o maior número de informações sobre o vírus, seus aspectos epidemiológicos, para que possam estabelecer melhores relações sobre infecção, patogênese, origem e principalmente, evolução. Os dados foram obtidos a partir de pesquisa no GENBANK, em artigos relacionados e diretamente com os autores dos dados. O banco de dados foi desenvolvido utilizando o Apache Webserver 2.1.6 e o SGBD – MySQL. A webpage foi desenvolvida em HTML a escrita em PHP. Atualmente temos cadastradas 2435 sequências, sendo que 1968 (80,8%) representam diferentes isolados. Em relação ao status clínico, o banco de dados tem informação de 40,49% das sequências, no qual 43%, 18,69%, 32,7%, 5,61% são TSP/HAM, ATL, assintomático e outras doenças, respectivamente. Quanto ao gênero e idade tem-se informação de 15,4% e 10,56% respectivamente. O HTLV-1 Molecular Epidemiology Database está hospedado no servidor do Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz/FIOCRUZ-BA com acesso em http://htlv1db.bahia.fiocruz.br/, sendo um repositório de sequências do HTLV-1 com informações clínicas, epidemiológicas e geográficas. Esta base de dados dará apoio às investigações clínicas e pesquisas para desenvolvimento de vacinas.
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Os dados foram obtidos a partir de pesquisa no GENBANK, em artigos relacionados e diretamente com os autores dos dados. O banco de dados foi desenvolvido utilizando o Apache Webserver 2.1.6 e o SGBD – MySQL. A webpage foi desenvolvida em HTML a escrita em PHP. Atualmente temos cadastradas 2435 sequências, sendo que 1968 (80,8%) representam diferentes isolados. Em relação ao status clínico, o banco de dados tem informação de 40,49% das sequências, no qual 43%, 18,69%, 32,7%, 5,61% são TSP/HAM, ATL, assintomático e outras doenças, respectivamente. Quanto ao gênero e idade tem-se informação de 15,4% e 10,56% respectivamente. O HTLV-1 Molecular Epidemiology Database está hospedado no servidor do Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz/FIOCRUZ-BA com acesso em http://htlv1db.bahia.fiocruz.br/, sendo um repositório de sequências do HTLV-1 com informações clínicas, epidemiológicas e geográficas. Esta base de dados dará apoio às investigações clínicas e pesquisas para desenvolvimento de vacinas.Scientific development has generated a large amount of data that should be stored and managed in order for researchers to have access to complete data sets. Information generated from research on HTLV-1 warrants the design of databases to aggregate data from a range of epidemiological aspects. This database would support further research on HTLV-1 viral infections, pathogenesis, origins, and evolutionary dynamics. All data was obtained from publications available at GenBank or through contact with the authors. The database was developed using the Apache Webserver 2.1.6 and SGBD MySQL. The webpage interfaces were developed in HTML and sever-side scripting written in PHP. There are currently 2,435 registered sequences with 1,968 (80.8%) of those sequences representing different isolates. Of these sequences, 40.49% are related to clinical status (TSP/HAM, 43%, ATLL, 18.69%, asymptomatic, 32.7%, and other diseases, 5.61%). Further, 15.4% of sequences contain information on patient gender while 10.56% of sequences provide the age of the patient. The HTLV-1 Molecular Epidemiology Database is hosted on the Gonçalo Moniz/FIOCRUZ-BA research center server with access at http://htlv1db.bahia.fiocruz.br/. Here, we have developed a repository of HTLV-1 genetic sequences from clinical, epidemiological, and geographical studies. This database will support clinical research and vaccine development related to viral genotype.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.porHTLV-1Banco de dadosHTLV-1DatabaseDesenvolvimento de um banco de dados (HTLV-1 molecular epidemiology databases) para dataming e data management de sequências do HTLV-1info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2012Centro de Pesquisas Gonçalo MonizFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo MonizSalvador/BAPós-Graduação em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZORIGINALThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdfThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdfapplication/pdf1454472https://arca.fiocruz.br/bitstreams/f9bb8b38-dc0a-455c-bf00-afeb55954a2b/download665a7044bdf71c54637b51f71b0d6527MD51trueAnonymousREADLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82008https://arca.fiocruz.br/bitstreams/2b9081f7-1582-4119-b1d9-969a951dad6f/download06db3f0df647fd9ddff657403bbe0ee2MD52falseAnonymousREADTEXTThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdf.txtThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdf.txtExtracted texttext/plain87600https://arca.fiocruz.br/bitstreams/f18f2c53-7182-49eb-95bd-08bb7ab0255b/downloadf37c277c1ac751635d0904e291cf33ccMD510falseAnonymousREADTHUMBNAILThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdf.jpgThessika Hialla Almeida Araujo Desenvolvimento de um banco de dados HTLV-1....pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg17101https://arca.fiocruz.br/bitstreams/f74a4a4b-f68f-4060-999c-4a3adb5d66cb/downloadfc5a1dad113b40488a3f24581a183bf1MD511falseAnonymousREADicict/43152025-12-11 08:33:02.02open.accessoai:arca.fiocruz.br:icict/4315https://arca.fiocruz.brRepositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352025-12-11T11:33:02Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)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