[en] AN APPROACH TO MODEL, STORE AND ACCESS BIOLOGICAL SEQUENCES

• Ano de defesa: 2013
• Autor(a) principal: CRISTIAN TRISTAO
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: MAXWELL
• Palavras-chave em Português: [pt] ESTRUTURA; [pt] BASE DE DADOS; [pt] MODELAGEM CONCEITUAL; [en] STRUCTURE; [en] BIG DATA; [en] CONCEPTUAL MODELING
• Link de acesso: https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=21436&idi=1; https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=21436&idi=2; http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.21436

[pt] As pesquisas na área da biologia molecular vêm produzindo um grande volume de dados e estes precisam ser bem organizados, estruturados e persistidos. Na sua grande maioria os dados biológicos são armazenados em arquivos no formato texto. Para grandes volumes de dados, o caminho natural seria utilizar SGBDs para gerenciá-los. Contudo, estes sistemas não possuem estruturas adequadas para representar e manipular dados específicos ao domínio. Por exemplo, sequências biológicas normalmente são tratadas como simples cadeias de caracteres (tipo texto/varchar) ou BLOB, e desta forma perde-se todo um conjunto de informações composicionais, posicionais e de conteúdo. Esta tese argumenta que a gerência de dados (estrutura, armazenamento e acesso de dados) se transformou em um dos principais problemas para o domínio de pesquisas da bioinformática. Desta maneira propõe-se um modelo conceitual biológico para representar informações do dogma central da biologia molecular, bem como um tipo abstrato de dado (ADT – do inglês Abstract Data Types) específico para a manipulação de sequências biológicas e seus derivados.