Validação e otimização da técnica de loop-mediated isothermal amplification (lamp) para rápida detecção do vírus que infecta o trigo, o wheat stripe mosaic virus.

• Ano de defesa: 2023
• Autor(a) principal: Andrade, Anderson Varela de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• dARK ID: ark:/33523/001300000q1w8
• Idioma: por
• Palavras-chave em Português: LAMP; RT-LAMP; WhSMV; Trigo
• Link de acesso: https://repositorio.udesc.br/handle/UDESC/22671

O trigo (Triticum aestivum) é um dos cereais mais cultivados no mundo. O Brasil produziu cerca de 9.500,9 toneladas de trigo na safra 2022 sendo a região Sul responsável pelo cultivo de 91,67%. Portanto, o trigo é um dos principais contribuintes para a economia da região. Recentemente, um novo vírus associado aomosaico do trigo foi identificado, para o qual o nome wheat stripe mosaic virus (WhSMV) é proposto. Este vírus é transmitido pelo plasmodioforomiceto Polymyxa graminis (parasita não patogênico das raízes) cuja infecção pode levar a um dano de 50% na produção. Técnicas moleculares para detecção de vírus já são utilizadas em nível laboratorial, mas é necessário buscar alternativas para detecção viral a campo. A técnica RT-LAMP (reverse transcription seguida de loop-mediated isothermal amplification) pode ser utilizada para detecção de patógenos através de material genético, e apresenta alta velocidade, especificidade e eficiência em condições isotérmicas. O processo é simples, de baixo custo e mais resistente à interferência de possíveis inibidores. O objetivo do projeto é desenvolver um teste de diagnóstico baseado em RT-LAMP para o vírus WhSMV. Após a definição da área conservada do gene WhSMV, os primers foram desenhados usando o software específico (Primer Explorer V5) para o método utilizado. Por se tratar de um vírus com genoma de fita simples foi realizado ensaios da RT-LAMP com as enzimas Bst polimerase junto a enzima de reverse transcription. Como controle para especificidade dos primers foi utilizado o RNA do vírus do rice stripe necrosis virus (RSNV) pertencente a mesma familia (Benyviridae) do vírus WhSMV. O processo foi realizado tanto em termociclador quanto banho-seco, mostrando resultado em apenas 30 min. Os resultados foram avaliados a olho nu e comprovados usando eletroforese em gel de agarose (1,5%). WhSMV foi detectado pelo método RT-LAMP usando o conjunto de primers desenhados. O teste de sensibilidade identificou apenas WhSMV. A identificação rápida e precisa de tal patógeno auxilia o produtor a estabelecer medidas preventiva de manejo, que contribue para a produção de grãos, tornando o trigo e seus derivados mais rentáveis economicamente para produtores e milhões de consumidores em todo o mundo.