Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Marin, Silvana Regina Rockenbach
Orientador(a): Nepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Soja
Genética molecular
Condições hídricas
Regiões promotoras (Genética)
Soybean
Promoters (Genetics)
Plant genetic engineering
Water requirements
Molecular genetics
Link de acesso: https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223
Resumo: Resumo: A regulação da transcrição gênica é complexa, envolvendo vários mecanismos, desde os elementos presentes no core promoter, elementos proximais e distais até as marcas epigenéticas e a regulação baseada em arranjos da cromatina Os avanços nas tecnologias de transcriptomas têm permitido a análise em larga escala de transcritos e o estudo de suas regiões promotoras, e seus componentes de regulação para confirmação de sua funcionalidade como sequências reguladoras Estudos de promotores responsáveis pela regulação gênica em condições específicas fornecem informações importantes sobre a regulação de genes e podem aumentar as opções de promotores para uso em engenharia genética vegetal Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar as regiões promotoras de genes diferencialmente expressos em plantas de soja sob condições de déficit hídrico A cultivar brasileira de soja BR 16 foi avaliada em duas condições de déficit hídrico: progressivo (oito dias) e de curto período (25 a 15 min) Os transcritos diferencialmente expressos identificados nos tratamentos de déficit hídrico foram comparados e 134 transcritos com mesma regulação foram encontrados em comum A análise de 1kb a jusante da região promotora desses transcritos revelou a presença de 85 cis elementos comumente encontrados em regiões promotoras de plantas, sendo que 35 estavam presentes em 5% dos TDEs (Transcritos Diferencialmente Expressos) Entre esses cis elementos encontram-se TATA Box, CCAAT Box e GC Box e INR necessários para o acoplamento da maquinaria de transcrição e cis elementos especificamente induzidos por fatores abióticos tais como ABRE, DREB, HEAT e SALT Todos os modelos de promotores apresentaram combinações binárias dos cis elementos GTBX e AHBP podendo haver uma relação entre esse modelo e a regulação transcricional em condição de déficit hídrico
id UEL_8da3d74ceb4863fac34e38ebc3f44b46
oai_identifier_str oai:repositorio.uel.br:123456789/15223
network_acronym_str UEL
network_name_str Repositório Institucional da UEL
repository_id_str
spelling Marin, Silvana Regina RockenbachMolinari, Hugo Bruno Correa4935d8eb-e460-43d4-b5de-9321fc14b6ea-1Domingues, Douglas Silva1cf592c0-d0db-4ec9-b37d-4214ed8469e8-1Fuganti-Pagliarini, Renata [Coorientadora]38a37a30-8cd7-49c2-bf0a-45768bd1e228-1c703b96d-2a1e-4ea8-b802-5a000a705bf39857a268-7f52-4b8e-bb0d-72447029de8aNepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]Londrina2024-05-01T14:46:11Z2024-05-01T14:46:11Z2014.0026.02.2014https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223Resumo: A regulação da transcrição gênica é complexa, envolvendo vários mecanismos, desde os elementos presentes no core promoter, elementos proximais e distais até as marcas epigenéticas e a regulação baseada em arranjos da cromatina Os avanços nas tecnologias de transcriptomas têm permitido a análise em larga escala de transcritos e o estudo de suas regiões promotoras, e seus componentes de regulação para confirmação de sua funcionalidade como sequências reguladoras Estudos de promotores responsáveis pela regulação gênica em condições específicas fornecem informações importantes sobre a regulação de genes e podem aumentar as opções de promotores para uso em engenharia genética vegetal Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar as regiões promotoras de genes diferencialmente expressos em plantas de soja sob condições de déficit hídrico A cultivar brasileira de soja BR 16 foi avaliada em duas condições de déficit hídrico: progressivo (oito dias) e de curto período (25 a 15 min) Os transcritos diferencialmente expressos identificados nos tratamentos de déficit hídrico foram comparados e 134 transcritos com mesma regulação foram encontrados em comum A análise de 1kb a jusante da região promotora desses transcritos revelou a presença de 85 cis elementos comumente encontrados em regiões promotoras de plantas, sendo que 35 estavam presentes em 5% dos TDEs (Transcritos Diferencialmente Expressos) Entre esses cis elementos encontram-se TATA Box, CCAAT Box e GC Box e INR necessários para o acoplamento da maquinaria de transcrição e cis elementos especificamente induzidos por fatores abióticos tais como ABRE, DREB, HEAT e SALT Todos os modelos de promotores apresentaram combinações binárias dos cis elementos GTBX e AHBP podendo haver uma relação entre esse modelo e a regulação transcricional em condição de déficit hídricoDissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Londrina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia MolecularAbstract: Transcription regulation is complex, envolving several mechanisms, like elements in the core promoter, distal and proximal elements, to epigenetic traits and also the regulation based on chromatin rearrangements Advances in transcriptome technology have allowed the analysis in large-scale of transcripts, the study of their promoter regions and their regulation components to confirm its functionality as regulatory sequences Studies of promoters responsible for gene regulation under specific conditions provide important information on the regulation of genes and may increase the options of promoters to be used in plant genetic engineering In this context, the objective of the present study was to characterize the promoter region of transcripts differentially expressed (TDEs) in soybean plants under water deficit conditions Brazilian soybean cultivar BR 16 was evaluated under two water deficits: progressive (8 days) and short period (25 to 15 min) The transcripts differentially expressed identified in the treatments were compared and 134 transcripts with the same regulation were identified in common The analysis of 1kb upstream of the promoter region in these transcripts revealed the presence of 85 cis elements generally found in the promoter region of plants, 35 were present in at least 5% of TDEs Among these cis elements were TATA Box, CCAAT Box, GC Box and INR required for transcription machinery coupling, and cis elements specific induced by abiotic factors such as ABRE, DREB, HEAT and SALT All promoter models presented binary combinations with GTBX and AHBP cis elements, which may have a relationship with the transcriptional regulation in water stress conditionsporSojaGenética molecularSojaCondições hídricasRegiões promotoras (Genética)SoybeanSoybeanPromoters (Genetics)Plant genetic engineeringWater requirementsMolecular geneticsIdentificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídricoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisMestradoGenética e Biologia MolecularCentro de Ciências BiológicasPrograma de Pós-graduação em Genética e Biologia MolecularEMBRAPA-1-1reponame:Repositório Institucional da UELinstname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)instacron:UELinfo:eu-repo/semantics/openAccess174215vtls000197685SIMvtls000197685http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls00019768564.00SIMhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls0001976853703.pdf123456789/2402 - Mestrado - Genética e Biologia MolecularORIGINAL3703.pdfapplication/pdf2742903https://repositorio.uel.br/bitstreams/ad654f16-e9e8-4692-8093-d9ae3c4eed24/download08b53c90a4daa9085774ff21bb851fa9MD51CB_GEN_Me_2014_Marin_Silvana_RR_TERMO.pdfTermo de autorização.application/pdf188061https://repositorio.uel.br/bitstreams/fccd8a0e-88c0-4602-96c8-3212f553bbf4/downloadba9fb073d2e2883e20aa3a19e2ced438MD55LICENCElicence.txttext/plain263https://repositorio.uel.br/bitstreams/0724ad91-7efc-4a24-8482-595552ed3d76/download753f376dfdbc064b559839be95ac5523MD52TEXT3703.pdf.txt3703.pdf.txtExtracted texttext/plain264226https://repositorio.uel.br/bitstreams/ac2d29a8-53d1-4269-bd69-4f795cb40489/download005784a875c52427623d556c5362cc16MD53CB_GEN_Me_2014_Marin_Silvana_RR_TERMO.pdf.txtCB_GEN_Me_2014_Marin_Silvana_RR_TERMO.pdf.txtExtracted texttext/plain4https://repositorio.uel.br/bitstreams/6d3a9a65-c4f2-43f1-873a-d17eb2554fbb/downloadff4c8ff01d544500ea4bfea43e6108c1MD56THUMBNAIL3703.pdf.jpg3703.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg3835https://repositorio.uel.br/bitstreams/8c49ae91-1f22-464b-ae04-1f894b6bbffc/downloadd550732550290cdd2a787347763e05aaMD54CB_GEN_Me_2014_Marin_Silvana_RR_TERMO.pdf.jpgCB_GEN_Me_2014_Marin_Silvana_RR_TERMO.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4377https://repositorio.uel.br/bitstreams/f3aa246c-9e86-4332-b0ee-00aa3a06d028/download6acac25ddbcee7c31bbd4903c8379c35MD57123456789/152232025-09-13 03:06:34.329open.accessoai:repositorio.uel.br:123456789/15223https://repositorio.uel.brBiblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.bibliotecadigital.uel.br/PUBhttp://www.bibliotecadigital.uel.br/OAI/oai2.phpbcuel@uel.br||opendoar:2025-09-13T06:06:34Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
title Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
spellingShingle Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
Marin, Silvana Regina Rockenbach
Soja
Genética molecular
Soja
Condições hídricas
Regiões promotoras (Genética)
Soybean
Soybean
Promoters (Genetics)
Plant genetic engineering
Water requirements
Molecular genetics
title_short Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
title_full Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
title_fullStr Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
title_full_unstemmed Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
title_sort Identificação de regiões promotoras de genes expressos em soja sob déficit hídrico
author Marin, Silvana Regina Rockenbach
author_facet Marin, Silvana Regina Rockenbach
author_role author
dc.contributor.banca.pt_BR.fl_str_mv Molinari, Hugo Bruno Correa
Domingues, Douglas Silva
dc.contributor.coadvisor.pt_BR.fl_str_mv Fuganti-Pagliarini, Renata [Coorientadora]
dc.contributor.author.fl_str_mv Marin, Silvana Regina Rockenbach
dc.contributor.authorID.fl_str_mv c703b96d-2a1e-4ea8-b802-5a000a705bf3
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv 9857a268-7f52-4b8e-bb0d-72447029de8a
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Nepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]
contributor_str_mv Nepomuceno, Alexandre Lima [Orientador]
dc.subject.por.fl_str_mv Soja
Genética molecular
Soja
Condições hídricas
Regiões promotoras (Genética)
Soybean
Soybean
Promoters (Genetics)
Plant genetic engineering
Water requirements
Molecular genetics
topic Soja
Genética molecular
Soja
Condições hídricas
Regiões promotoras (Genética)
Soybean
Soybean
Promoters (Genetics)
Plant genetic engineering
Water requirements
Molecular genetics
description Resumo: A regulação da transcrição gênica é complexa, envolvendo vários mecanismos, desde os elementos presentes no core promoter, elementos proximais e distais até as marcas epigenéticas e a regulação baseada em arranjos da cromatina Os avanços nas tecnologias de transcriptomas têm permitido a análise em larga escala de transcritos e o estudo de suas regiões promotoras, e seus componentes de regulação para confirmação de sua funcionalidade como sequências reguladoras Estudos de promotores responsáveis pela regulação gênica em condições específicas fornecem informações importantes sobre a regulação de genes e podem aumentar as opções de promotores para uso em engenharia genética vegetal Neste contexto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar as regiões promotoras de genes diferencialmente expressos em plantas de soja sob condições de déficit hídrico A cultivar brasileira de soja BR 16 foi avaliada em duas condições de déficit hídrico: progressivo (oito dias) e de curto período (25 a 15 min) Os transcritos diferencialmente expressos identificados nos tratamentos de déficit hídrico foram comparados e 134 transcritos com mesma regulação foram encontrados em comum A análise de 1kb a jusante da região promotora desses transcritos revelou a presença de 85 cis elementos comumente encontrados em regiões promotoras de plantas, sendo que 35 estavam presentes em 5% dos TDEs (Transcritos Diferencialmente Expressos) Entre esses cis elementos encontram-se TATA Box, CCAAT Box e GC Box e INR necessários para o acoplamento da maquinaria de transcrição e cis elementos especificamente induzidos por fatores abióticos tais como ABRE, DREB, HEAT e SALT Todos os modelos de promotores apresentaram combinações binárias dos cis elementos GTBX e AHBP podendo haver uma relação entre esse modelo e a regulação transcricional em condição de déficit hídrico
publishDate 2024
dc.date.defesa.pt_BR.fl_str_mv 26.02.2014
dc.date.created.fl_str_mv 2014.00
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2024-05-01T14:46:11Z
dc.date.available.fl_str_mv 2024-05-01T14:46:11Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223
url https://repositorio.uel.br/handle/123456789/15223
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.confidence.fl_str_mv -1
-1
dc.relation.coursedegree.pt_BR.fl_str_mv Mestrado
dc.relation.coursename.pt_BR.fl_str_mv Genética e Biologia Molecular
dc.relation.departament.pt_BR.fl_str_mv Centro de Ciências Biológicas
dc.relation.ppgname.pt_BR.fl_str_mv Programa de Pós-graduação em Genética e Biologia Molecular
dc.relation.institutionname.pt_BR.fl_str_mv EMBRAPA
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.coverage.spatial.pt_BR.fl_str_mv Londrina
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da UEL
instname:Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron:UEL
instname_str Universidade Estadual de Londrina (UEL)
instacron_str UEL
institution UEL
reponame_str Repositório Institucional da UEL
collection Repositório Institucional da UEL
bitstream.url.fl_str_mv https://repositorio.uel.br/bitstreams/ad654f16-e9e8-4692-8093-d9ae3c4eed24/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/fccd8a0e-88c0-4602-96c8-3212f553bbf4/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/0724ad91-7efc-4a24-8482-595552ed3d76/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/ac2d29a8-53d1-4269-bd69-4f795cb40489/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/6d3a9a65-c4f2-43f1-873a-d17eb2554fbb/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/8c49ae91-1f22-464b-ae04-1f894b6bbffc/download
https://repositorio.uel.br/bitstreams/f3aa246c-9e86-4332-b0ee-00aa3a06d028/download
bitstream.checksum.fl_str_mv 08b53c90a4daa9085774ff21bb851fa9
ba9fb073d2e2883e20aa3a19e2ced438
753f376dfdbc064b559839be95ac5523
005784a875c52427623d556c5362cc16
ff4c8ff01d544500ea4bfea43e6108c1
d550732550290cdd2a787347763e05aa
6acac25ddbcee7c31bbd4903c8379c35
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da UEL - Universidade Estadual de Londrina (UEL)
repository.mail.fl_str_mv bcuel@uel.br||
_version_ 1862739680337854464

Registros relacionados