Análise do perfil epidemiológico e molecular do SARS-CoV-2 em dois municípios do estado da Bahia entre 2020 e 2022.

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Dantas, Anna Carolina Saúde
• Orientador(a): Marques, Lucas Miranda
• Banca de defesa: Marques, Lucas Miranda , Campos, Guilherme Barreto , Freitas, Leandro Martins de , Yatsuda, Regiane , Barreto, Fernanda Khouri
• Tipo de documento: Tese
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal da Bahia
• Programa de Pós-Graduação: Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas (PMPGCF)
• Departamento: Instituto Multidisciplinar em Saúde (IMS)
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: COVID-19; SARS-CoV-2; Expressão gênica; Sequenciamento; Vigilância genômica; Vigilância epidemiológica
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::FISIOLOGIA::FISIOLOGIA GERAL
• Link de acesso: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/43141

Introdução: A Doença Causada pelo Novo Coronavírus (COVID-19) é uma doença de apresentação clínica diversa causada pelo Coronavírus 2 da Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS-CoV-2), cuja disseminação no Brasil foi heterogênea e refletiu desigualdades sociais e regionais. A emergência de variantes virais com mutações no genoma, especialmente na proteína Spike, influenciou a transmissibilidade, a gravidade clínica e o impacto na saúde pública. A análise da dispersão espacial do vírus requer a consideração de fatores biológicos e sociais, como densidade populacional e desigualdades estruturais, sendo essencial para o monitoramento genômico. Nesse contexto, o estudo das linhagens circulantes e das respostas individuais à infecção pode contribuir para estratégias de controle e para auxiliar o entendimento da gravidade e resposta dos indivíduos confirmados para o SARS-CoV-2. Objetivo: Realizar análise epidemiológica e molecular do SARS-CoV-2 e sua associação com o perfil clínico de pacientes nos municípios de Vitória da Conquista e Salvador. Metodologia: Foram analisados dados clínico-epidemiológicos de pacientes de Vitória da Conquista (2020–2021), obtidos do sistema SoulMV, e de Salvador (2022), coletados por questionário sócio-comportamental. As análises estatísticas descritivas foram conduzidas no software Stata 15.1. O sequenciamento genômico das amostras de ambas as cidades foi realizado com a plataforma Oxford Nanopore MinION, analisados por bioinformática para tipagem de variantes. Em Vitória da Conquista, avaliou-se a expressão de marcadores inflamatórios da imunidade inata por qPCR array. Em Salvador, foram conduzidas análises de dispersão genômica e mapeamento 3D de mutações na proteína Spike, comparando indivíduos vacinados e não vacinados quanto à distribuição e possíveis impactos estruturais. Resultados: Em Vitória da Conquista (n=783), os fatores de risco associados à mortalidade por COVID-19 incluíram ser do sexo masculino (p = 0,037), presença de doença cardiovascular (p < 0,001), diabetes (p = 0,002), doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC) (p = 0,001) e valores do Cycle threshold (Ct) abaixo de 22 (p < 0,001). A estratificação dos pacientes por gravidade (assintomáticos, leves e moderados/graves) indicou maior ativação de vias inflamatórias nos casos graves, com indução de tempestade de citocinas e regulação negativa de vias anti-inflamatórias. A análise genômica detectou a circulação de múltiplas linhagens, incluindo Alpha e Gama, sugerindo introduções virais sucessivas. Em Salvador (n=174), a maioria dos participantes era do sexo feminino (68,9%), com até 39 anos de idade (50,6%), sem comorbidades (66,5%) e usuários de transporte coletivo (66,5%). A maioria apresentou sintomas leves (41,5%) e havia recebido a segunda dose de reforço vacinal (40,6%). As subvariantes Ômicron BA.5 (32,57%), BA.4 (21,71%), B (18,86%) e BQ.1 (26,2%) foram as mais prevalentes, e a dispersão viral ocorreu de forma localizada, com poucos eventos de propagação rápida. A análise de mutações revelou perfis distintos entre vacinados e não vacinados, especialmente na proteína Spike, sugerindo pressões seletivas diferenciadas. Conclusão: A variação no perfil clínico dos pacientes acometidos pela COVID-19, influenciada por fatores individuais e contextuais ao longo da pandemia, reforça a importância da identificação e compreensão de eventos de introdução de novas linhagens virais. As descobertas deste estudo, ao revelar a presença de cepas circulantes e o real cenário epidemiológico local, demonstram que a integração entre vigilância epidemiológica e genômica é essencial para subsidiar estratégias de saúde pública mais eficazes e orientar ações governamentais direcionadas ao controle da transmissão.