Avaliação in silico do potencial inibitório de terpenos de Ricinus communis L. sobre a MPro de SARS-CoV-2

• Ano de defesa: 2025
• Autor(a) principal: Rocha, Thereza Christina Teixeira
• Orientador(a): Fernandez, Luzimar Gonzaga
• Banca de defesa: Fernandez, Luzimar Gonzaga, Zottis, Aderson, Freitas, Humberto Fonseca de
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal da Bahia
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Bioquímica e Biologia Molecular (PMBqBM)
• Departamento: Instituto de Ciências da Saúde - ICS
• País: Brasil
• Palavras-chave em Português: COVID-19; Docking; Dinâmica molecular; Ricinus communis; Terpenos
• Área do conhecimento CNPq: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR
• Link de acesso: https://repositorio.ufba.br/handle/ri/42341

O vírus SARS-CoV-2 é o responsável pela COVID-19, uma doença contagiosa com sintomas severos em humanos. Diversas estratégias têm sido propostas para combater a COVID-19. Uma alternativa promissora é a inibição da protease MPro (3CLpro), enzima essencial para a replicação viral, altamente conservada e específica nos coronavírus e por isso, se tornou bastante explorada na busca por inibidores. A Ricinus communis L. (mamona) é uma oleaginosa da família Euphorbiacea com diversas aplicações nas áreas médica e industrial, sendo de alto interesse socioeconômico no Brasil. Visando empregar compostos ativos da biodiversidade nacional para o tratamento em potencial da COVID-19, este trabalho estudou as interações dos terpenos de Ricinus communis (n = 34) sobre a MPro mediante uma abordagem in silico integrando o Docking e a Dinâmica Molecular (DM). O Docking no sítio ativo da MPro foi validado (redocking, crossdocking, correlação com os dados de atividade biológica e decoys) utilizando os seguintes programas: AutoDock4.2, Autodock Vina, DockThor e GOLD (funções escore: PLP, Goldscore, Chemscore e ASP), tendo fornecido as principais interações com os terpenos de R. communis. Considerando os filtros moleculares para biodisponibilidade oral (regra de Lipinski) e a eficiência do ligante (LE, LLE e FQ) foram selecionados os cinco terpenos melhores classificados no Docking para os estudos de DM: cânfora, 1,8-cineol, α-tujona, ácido ficúsico e 6-hidroxi-10-metoxi-7,8-epoxi-5-oxocasbano-20-10-olídeo. Após as análises de DM, concluímos que os terpenos selecionados, em especial o ácido ficúsico (LLE = 3,54, massa molecular = 196 g/mol, RMSD = 3,50 Å) e o 6-hidroxi-10-metoxi-7,8-epoxi-5-oxocasbano-20-10-olídeo (LLE = 3,50, massa molecular = 376 g/mol, RMSD = 9,94 Å), para os quais não foram encontrados nenhum estudo reportado na literatura com MPro de SARS-CoV-2, interagem favoravelmente com a MPro de SARS-CoV-2 e poderão ser empregados em futuros ensaios in vitro e in vivo visando o tratamento da COVID-19.