Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2014
Autor(a) principal: Oliveira, Francisco Mário Sidney
Orientador(a): Moura, Fernanda Edna Araújo
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/15383
Resumo: Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza - Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique. Negative samples by IFA were subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Of the 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%).HKU1 genotype identified in a child with one month old who died, where the only risk factor was age observed.Our results show the circulation four types of CoVh in our city,being detected in pediatric patients with pneumonia, demonstrating the potential importance of these viruses in severe respiratory syndromes.
id UFC-7_c20f1f564cc9a908fa3d281af2c8331c
oai_identifier_str oai:repositorio.ufc.br:riufc/15383
network_acronym_str UFC-7
network_name_str Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
repository_id_str
spelling Oliveira, Francisco Mário SidneyMoura, Fernanda Edna Araújo2016-03-09T12:06:31Z2016-03-09T12:06:31Z2014OLIVEIRA, Francisco Mário Sidney. Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012. 2014. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014.http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/15383Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza - Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique. Negative samples by IFA were subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Of the 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%).HKU1 genotype identified in a child with one month old who died, where the only risk factor was age observed.Our results show the circulation four types of CoVh in our city,being detected in pediatric patients with pneumonia, demonstrating the potential importance of these viruses in severe respiratory syndromes.Quatro genótipos de coronavírus humanos (CoVh-229E, OC43, NL63 e HKU1) são frequentemente associados a doenças no trato respiratório superior como também no inferior. Apesar da diversidade de coronavírus associados a infecções respiratórias agudas humanas pouco se conhece sobre o impacto das infecções a eles associadas em populações infantis que vivem em regiões tropicais. O presente estudo teve como objetivo detectar os CoVh em amostras de nasofaringe provenientes de pacientes pediátricos com pneumonia atendidos na emergência e nas enfermarias de um hospital de referênciana cidade de Fortaleza – Ceará, durante os anos de 2011 e 2012. Para tanto, foram coletadas 522 aspirados de nasofaringe, onde a princípio foi utilizada a técnica de imunofluorescência indireta (IFI) para detecção dos vírus influenza A e B, sincicial respiratório (VSRh), adenovírus (ADVh), e parainfluenza 1, 2 e 3 (VPIh 1, 2 e 3), sendo 99 (19%) amostras positivas por esta técnica. As amostras negativas por IFI foram submetidas à reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-qPCR) para detecção dos CoVh. Das 423 amostras negativas por IFI, 71 (16,80%) tiveram o resultado positivo para os CoVh, onde o tipo 229E foi o mais frequente (34,11%), seguidos pelos tipos OC43 e NL63 com 28,23% cada e como menor detecção o HKU1 (9,4%). Todos os tipos de CoVh puderam ser observados durante o período de estudo. Uma taxa de 67,60% das crianças infectadas pelos CoVh foram atendidas na emergência, mas vale ressaltar a alta taxa de detecção em pacientes hospitalizados (32,40%). Quanto aos sinais e sintomas clínicos, observamos uma maior frequência de coriza, tosse, febre e dispnéia nos pacientes positivos para os CoVh. Identificamos o tipo HKU1 em uma criança com um mês de idade que foi a óbito, onde o único fator de risco observado foi a idade. Nossos resultados demonstram a circulação de quatro tipos de CoVh no Nordeste do Brasil, sendo detectados em pacientes pediátricos com pneumonia, mostrando a possível importância desses vírus em síndromes respiratórias mais graves. Este estudo representa a primeira análise sobre a epidemiologia dos CoVh em nosso estado.Pneumonia ViralCoronavírusReação em Cadeia da Polimerase em Tempo RealDetecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012Human coronavirus detection in pediatric patients with pneumonia treated at a reference hospital in Fortaleza-CE in the years 2011 and 2012info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)instname:Universidade Federal do Ceará (UFC)instacron:UFCinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINAL2014_dis_fmsoliveira.pdf2014_dis_fmsoliveira.pdfapplication/pdf1279732http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/15383/1/2014_dis_fmsoliveira.pdfb238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcdMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81786http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/15383/2/license.txt8c4401d3d14722a7ca2d07c782a1aab3MD52riufc/153832021-12-17 10:35:02.677oai:repositorio.ufc.br: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Repositório InstitucionalPUBhttp://www.repositorio.ufc.br/ri-oai/requestbu@ufc.br || repositorio@ufc.bropendoar:2021-12-17T13:35:02Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) - Universidade Federal do Ceará (UFC)false
dc.title.pt_BR.fl_str_mv Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
dc.title.en.pt_BR.fl_str_mv Human coronavirus detection in pediatric patients with pneumonia treated at a reference hospital in Fortaleza-CE in the years 2011 and 2012
title Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
spellingShingle Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
Oliveira, Francisco Mário Sidney
Pneumonia Viral
Coronavírus
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
title_short Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
title_full Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
title_fullStr Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
title_full_unstemmed Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
title_sort Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012
author Oliveira, Francisco Mário Sidney
author_facet Oliveira, Francisco Mário Sidney
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Oliveira, Francisco Mário Sidney
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Moura, Fernanda Edna Araújo
contributor_str_mv Moura, Fernanda Edna Araújo
dc.subject.por.fl_str_mv Pneumonia Viral
Coronavírus
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
topic Pneumonia Viral
Coronavírus
Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real
description Four genotypes of human coronavirus (CoVh-229E, OC43, NL63 and HKU1) are often associated with diseases of the upper respiratory tract as well as in the lower.Despite the diversity of human coronavirus associated with acute respiratory infections, little is known about the impact of infections associated with them in child populations living in tropical regions.The present study had as objective detect CoVh in nasopharyngeal samples from pediatric patients with pneumonia treated at emergency rooms and wards of a referral hospital in the city of Fortaleza - Ceará, during the years 2011 and 2012.To that end, we collected 522 nasopharyngeal aspirates, where the principle indirect immunofluorescence (IIF) was used for detection of influenza A and B viruses, respiratory syncytial virus, adenovirus and parainfluenza 1, 2 and 3, and 99 (19%) samples positive by this technique. Negative samples by IFA were subjected to polymerase chain reaction in real-time (RT-qPCR) for detection of CoVh. Of the 423 negative samples by IFA, 71 (16.80%) had a positive result for CoVh, where the type 229E was the most frequent (34.11%), followed by genotypes OC43 and NL63 with 28.23% each and with lower detection HKU1 genotype (9.4%).We observed 14 (19.71%) co-detections with at most two genotypes among CoVh.All types of CoVh were observed during the study period.A rate of 67.60% of the infected children was treated by CoVh in emergency, but it is worth mentioning the high detection rate in hospitalized patients (32.40%).HKU1 genotype identified in a child with one month old who died, where the only risk factor was age observed.Our results show the circulation four types of CoVh in our city,being detected in pediatric patients with pneumonia, demonstrating the potential importance of these viruses in severe respiratory syndromes.
publishDate 2014
dc.date.issued.fl_str_mv 2014
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-03-09T12:06:31Z
dc.date.available.fl_str_mv 2016-03-09T12:06:31Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.citation.fl_str_mv OLIVEIRA, Francisco Mário Sidney. Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012. 2014. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014.
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/15383
identifier_str_mv OLIVEIRA, Francisco Mário Sidney. Detecção de coronavírus humanos em pacientes pediátricos com pneumonia atendidos em um hospital de referência em Fortaleza-Ce nos anos de 2011 e 2012. 2014. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2014.
url http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/15383
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
instname:Universidade Federal do Ceará (UFC)
instacron:UFC
instname_str Universidade Federal do Ceará (UFC)
instacron_str UFC
institution UFC
reponame_str Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
collection Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
bitstream.url.fl_str_mv http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/15383/1/2014_dis_fmsoliveira.pdf
http://repositorio.ufc.br/bitstream/riufc/15383/2/license.txt
bitstream.checksum.fl_str_mv b238cb41e87ecdf824ea7f52b0e35bcd
8c4401d3d14722a7ca2d07c782a1aab3
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC) - Universidade Federal do Ceará (UFC)
repository.mail.fl_str_mv bu@ufc.br || repositorio@ufc.br
_version_ 1847793325093945344