Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV)

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2014
Autor(a) principal: Lucas, Maurício Antônio
Orientador(a): Figueira, Antonia dos Reis
Banca de defesa: Gomes, Luiz Antônio Augusto, Duarte, Priscilla de Sousa Geraldino
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Lavras
Escola de Ciências Agrárias de Lavras (ESAL)
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitopatologia
Departamento: Departamento de Fitopatologia
País: BRASIL
Palavras-chave em Português:
Alface
Lettuce mosaic virus (LMV)
Sintoma
Lettuce
Genomic sequencing
Symptoms
Área do conhecimento CNPq:
Ciências Agrárias
Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/3632
Resumo: Dissertação apresentada a Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós Graduação em Agronomia/Fitopatologia para a obtenção do título de Mestre.
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spelling 2014-09-09T21:16:46Z2014-09-09T21:16:46Z2014-09-092014-02-27LUCAS, M. A. Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV). 2014. 72 p. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitopatologia) - Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2014.https://repositorio.ufla.br/handle/1/3632Dissertação apresentada a Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós Graduação em Agronomia/Fitopatologia para a obtenção do título de Mestre.Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)FitopatologiaAs doenças de etiologia viral são consideradas como um dos maiores problemas fitossanitários da cultura da alface, onde o Lettuce mosaic virus (LMV) tem sido o mais importante entre os vírus que ocorrem no Brasil. Nesse trabalho, um isolado de LMV, denominado de LMV-Cf, que causa sintomas atípicos, caracterizados por um fechamento da cabeça da alface cv. Regina 579, o que não ocorre quando essa está infectada com outros isolados desse vírus, foi parcialmente sequenciado e analisado, com a finalidade de investigar possíveis segmentos genômicos ligados a esse sintoma. Foram desenhados primers com base nas sequencias disponíveis no GenBank e as sequencias obtidas por RT-PCR foram analisadas e comparadas com outros isolados de LMV. Uma alteração significativa foi encontrada na proteína P3 do LMV-Cf, que apresentou a deleção de três nucleotídeos na região 3’, resultando na exclusão de um aminoácido, o ácido glutâmico, na região C-terminal da proteína. Sendo assim, mesmo tendo mostrado identidades de nucleotídeos entre 93 e 97%, que representa a mesma variabilidade observada entre os demais isolados do GenBank, a identidade de aminoácidos foi menor, entre 92 e 95%, o que o separou desses isolados na árvore filogenética. Outra proteína que apresentou uma diferença marcante foi a 6K2. A identidade de aminoácidos dessa proteína, entre os isolados já sequenciados do GenBank, foi de 100%, sendo, portanto, a mais conservada, enquanto que a identidade de aminoácidos entre o LMV-Cf e esses isolados foi de 92%. Como existem evidências de que tanto a P3 como a 6K2 estão ligadas à expressão de sintomas nas plantas hospedeiras, elas foram consideradas candidatas a serem investigadas com a finalidade de se determinar se essas diferenças, em sua composição de aminoácidos, estariam relacionadas aos sintomas atípicos induzidos pelo LMV-Cf. Para isso, seria necessário realizar mutações sítio-dirigidas nos genes que codificam essas proteínas, e fazer a sua expressão na planta hospedeira.Virus diseases are considered one of the major problems of lettuce crops, in which the Lettuce mosaic virus (LMV) has been the most important among the viruses detected in Brazil. In this study, an isolate of LMV, named LMV-Cf, which causes closure in the head of lettuce cv. Regina 579, contrary to what occurs with other LMV isolates, was partially sequenced and analyzed. The main objective of the study was to investigate the correlations among its genomic diversity and the odd symptoms observed. The primers were designed based on the sequences available in GenBank, and the sequences generated by RT-PCR were analyzed and compared with the available sequences of other LMV isolates. A significant change was found in the P3 protein of LMV-Cf, which had a deletion of three nucleotides in the 3’ region, resulting in the deletion of an amino acid, the glutamic acid, in the C-terminal region of the protein. Thus, even though the identity of nucleotides was shown between 93 and 97%, which had been the same variability observed among the other LMV isolates from GenBank, the amino acid identity was smaller, between 92 and 95%. Therefore, the LMV-Cf was separated of GenBank isolates in the phylogenetic tree. Another protein that showed a remarkable difference was the 6K2. The amino acid identities among the 6K2 proteins, of LMV isolates available in GenBank, were all 100 %, and therefore the more conserved among LMV proteins. However, the amino acid identity between LMV-Cf and these LMV isolates was 92%. Based on the evidence that both P3 and 6K2 are correlated to the symptoms expression in host plants, they were considered candidates to be investigated in order to determine whether these differences in their amino acid composition would be related to the atypical symptoms induced by LMV-Cf in lettuce plants. To get this information it is necessary to perform site-directed mutations in the genes encoding P3 and 6K2 proteins, and inducing their expression in the host plant.Universidade Federal de LavrasEscola de Ciências Agrárias de Lavras (ESAL)Programa de Pós-Graduação em Agronomia/FitopatologiaBRASILDepartamento de FitopatologiaCiências AgráriasAlfaceLettuce mosaic virus (LMV)SintomaLettuceGenomic sequencingSymptomsSequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV)Partial sequencing of an atypical isolate of the Lettuce mosaic virus (LMV)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisFigueira, Antonia dos ReisGomes, Luiz Antônio AugustoDuarte, Priscilla de Sousa GeraldinoLucas, Maurício Antônioinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLAORIGINALDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdfDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdfapplication/pdf375464https://repositorio.ufla.br/bitstreams/e5636dca-26fd-479a-be22-f06e25a0c1fd/download3e8eb6e8b9fc19cc15c176ab574fc183MD51trueAnonymousREADLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8953https://repositorio.ufla.br/bitstreams/fac92d2f-6dc6-40ed-a013-28b2d9fc1073/download760884c1e72224de569e74f79eb87ce3MD52falseAnonymousREADTEXTDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdf.txtDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdf.txtExtracted texttext/plain102196https://repositorio.ufla.br/bitstreams/5cc2fb08-734c-43ef-9f27-ab748a10096c/download6947331ddbf213990a7a87ae7597accfMD53falseAnonymousREADTHUMBNAILDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdf.jpgDISSERTAÇÃO_Sequenciamento genômico parcial de um isolado atípico do Lettuce mosaic virus (LMV).pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2789https://repositorio.ufla.br/bitstreams/58aa8dd0-9e96-478e-b4af-6a6ffbccd2c7/download926d0cbe558b7d1fd90cbcb603a9883dMD54falseAnonymousREAD1/36322025-08-05 15:35:00.467open.accessoai:repositorio.ufla.br:1/3632https://repositorio.ufla.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufla.br/server/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2025-08-05T18:35Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)falseREVDTEFSQcOHw4NPIERFIERJU1RSSUJVScOHw4NPIE7Dg08tRVhDTFVTSVZBCk8gcmVmZXJpZG8gYXV0b3I6CmEpIERlY2xhcmEgcXVlIG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIMOpIHNldSB0cmFiYWxobyBvcmlnaW5hbCwgZSBxdWUKZGV0w6ltIG8gZGlyZWl0byBkZSBjb25jZWRlciBvcyBkaXJlaXRvcyBjb250aWRvcyBuZXN0YSBsaWNlbsOnYS4KRGVjbGFyYSB0YW1iw6ltIHF1ZSBhIGVudHJlZ2EgZG8gZG9jdW1lbnRvIG7Do28gaW5mcmluZ2UsIHRhbnRvIHF1YW50bwpsaGUgw6kgcG9zc8OtdmVsIHNhYmVyLCBvcyBkaXJlaXRvcyBkZSBxdWFscXVlciBvdXRyYSBwZXNzb2Egb3UKZW50aWRhZGUuCmIpIFNlIG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlIGNvbnTDqW0gbWF0ZXJpYWwgZG8gcXVhbCBuw6NvIGRldMOpbSBvcwpkaXJlaXRvcyBkZSBhdXRvciwgZGVjbGFyYSBxdWUgb2J0ZXZlIGF1dG9yaXphw6fDo28gZG8gZGV0ZW50b3IgZG9zCmRpcmVpdG9zIGRlIGF1dG9yIHBhcmEgY29uY2VkZXIgw6AgVW5pdmVyc2lkYWRlIEZlZGVyYWwgZGUgTGF2cmFzIG9zCmRpcmVpdG9zIHJlcXVlcmlkb3MgcG9yIGVzdGEgbGljZW7Dp2EsIGUgcXVlIGVzc2UgbWF0ZXJpYWwgY3Vqb3MKZGlyZWl0b3Mgc8OjbyBkZSB0ZXJjZWlyb3MgZXN0w6EgY2xhcmFtZW50ZSBpZGVudGlmaWNhZG8gZSByZWNvbmhlY2lkbwpubyB0ZXh0byBvdSBjb250ZcO6ZG8gZG8gZG9jdW1lbnRvIGVudHJlZ3VlLiBTZSBvIGRvY3VtZW50byBlbnRyZWd1ZSDDqQpiYXNlYWRvIGVtIHRyYWJhbGhvIGZpbmFuY2lhZG8gb3UgYXBvaWFkbyBwb3Igb3V0cmEgaW5zdGl0dWnDp8OjbyBxdWUKbsOjbyBhIFVuaXZlcnNpZGFkZSBGZWRlcmFsIGRlIExhdnJhcywgZGVjbGFyYSBxdWUgY3VtcHJpdSBxdWFpc3F1ZXIKb2JyaWdhw6fDtWVzIGV4aWdpZGFzIHBlbG8gcmVzcGVjdGl2byBjb250cmF0byBvdSBhY29yZG8uCgo=
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