Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2023
Autor(a) principal: Silva, Eduardo Alves da lattes
Orientador(a): Baisakh, Niranjan
Banca de defesa: Silva, Edgard Henrique Costa, Silva, Ernani Clarete da, Azevedo, Sebastião Marcio de, Pereira, Welison Andrade
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Lavras
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Agronomia/Fitotecnia
Departamento: Departamento de Agricultura
País: brasil
Palavras-chave em Português:
Área do conhecimento CNPq:
Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/58404
Resumo: Programas de melhoramento de batata-doce necessitam ampliar constantemente a variabilidade na população e entender processos genéticos para se obter êxito. O uso de dialelos em batata-doce possibilita ampliar a variabilidade genética e selecionar genótipos superiores para diferentes aptidões, enquanto os estudos epigenéticos, como os padrões de metilação do DNA, permitem obter informações sobre regulação gênica e herança epigenética. Estas ações colaboram para o sucesso de um programa de melhoramento genético. Assim, objetivou-se com esta pesquisa: i) Estimar a capacidade de combinação de cruzamentos entre clones de batata-doce e identificar as melhores hibridações para características agronômicas de interesse e; ii) Comparar os padrões de metilação do DNA de duas cultivares de batata-doce mantidas em casa de vegetação e cultura de tecidos por meio da análise de polimorfismo de amplificação sensível à metilação (MSAP). O estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro experimento foram avaliados 378 genótipos irmão-completos de batata-doce, provenientes de um dialelo parcial composto por 12 parentais, incluindo sete cultivares comerciais e cinco genótipos elites pré-avaliados, que também foram incluídos como testemunhas. O delineamento experimental utilizado foi em blocos incompletos, com duas repetições dos genótipos IC e doze repetições de cada testemunha. Aos 145 dias após o plantio, foram coletados os dados de produtividade de ramas, produtividade de raízes totais e comerciais, peso unitário de raízes totais e comerciais, porcentagem de raízes comerciais, bem como as massas secas de raízes e ramas. A análise estatística foi realizada por meio de modelos lineares mistos, obtendo-se os valores genotípicos preditos, e também por meio da análise dialélica, utilizando-se o modelo aleatório do método II, proposto por Grifing em 1956. Vários genótipos foram classificados como promissores. Os genótipos que mais se destacaram para a capacidade geral de combinação foram Brazlândia Roxa, Ligeirinha, UFLA-464, Uruguaiana, com valores positivos para todas as características. O cruzamento específico entre Amélia X UFLA-1257 promoveu maior produtividade de raízes totais, maior porcentagem de raízes comerciais, maior teor de matéria seca de raízes, e maior produtividade de ramas. O segundo estudo foi conduzido nos Estados Unidos na Louisiana StateUniversity, onde foram comparados os padrões de metilação do DNA de doisgenótipos de batata-doce Covington e Murasaki. Estes genótipos foram conduzidos sob condições de cultivo em casa de vegetação e em cultura de tecidos. A análise MSAP foi realizada para investigar o nível de variação epigenética. Foram identificados os perfis de metilação de 36 acessos das cultivares, totalizando 1096 locos analisados. Os resultados indicaram que os perfis de metilação foram afetados tanto pela cultura de tecidos quanto por casa de vegetação. Contudo, ficou evidente que a cultura de tecidos desencadeou um padrão específico e consistente de alterações na metilação, sendo mais estáveis. Já sob condições de casa de vegetação, houve maior variabilidade nos padrões de metilação entre plantas. Em conjunto, os resultados verificados denotam a importância do uso de cruzamentos dialélicos e da qualidade do material propagativo no processo de melhoramento da batata-doce. Portanto, os resultados obtidos nos presentes estudos, colaboram no sucesso do programa de melhoramento de batata-doce.
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Assim, objetivou-se com esta pesquisa: i) Estimar a capacidade de combinação de cruzamentos entre clones de batata-doce e identificar as melhores hibridações para características agronômicas de interesse e; ii) Comparar os padrões de metilação do DNA de duas cultivares de batata-doce mantidas em casa de vegetação e cultura de tecidos por meio da análise de polimorfismo de amplificação sensível à metilação (MSAP). O estudo foi dividido em dois capítulos. No primeiro experimento foram avaliados 378 genótipos irmão-completos de batata-doce, provenientes de um dialelo parcial composto por 12 parentais, incluindo sete cultivares comerciais e cinco genótipos elites pré-avaliados, que também foram incluídos como testemunhas. O delineamento experimental utilizado foi em blocos incompletos, com duas repetições dos genótipos IC e doze repetições de cada testemunha. Aos 145 dias após o plantio, foram coletados os dados de produtividade de ramas, produtividade de raízes totais e comerciais, peso unitário de raízes totais e comerciais, porcentagem de raízes comerciais, bem como as massas secas de raízes e ramas. A análise estatística foi realizada por meio de modelos lineares mistos, obtendo-se os valores genotípicos preditos, e também por meio da análise dialélica, utilizando-se o modelo aleatório do método II, proposto por Grifing em 1956. Vários genótipos foram classificados como promissores. Os genótipos que mais se destacaram para a capacidade geral de combinação foram Brazlândia Roxa, Ligeirinha, UFLA-464, Uruguaiana, com valores positivos para todas as características. O cruzamento específico entre Amélia X UFLA-1257 promoveu maior produtividade de raízes totais, maior porcentagem de raízes comerciais, maior teor de matéria seca de raízes, e maior produtividade de ramas. O segundo estudo foi conduzido nos Estados Unidos na Louisiana StateUniversity, onde foram comparados os padrões de metilação do DNA de doisgenótipos de batata-doce Covington e Murasaki. Estes genótipos foram conduzidos sob condições de cultivo em casa de vegetação e em cultura de tecidos. A análise MSAP foi realizada para investigar o nível de variação epigenética. Foram identificados os perfis de metilação de 36 acessos das cultivares, totalizando 1096 locos analisados. Os resultados indicaram que os perfis de metilação foram afetados tanto pela cultura de tecidos quanto por casa de vegetação. Contudo, ficou evidente que a cultura de tecidos desencadeou um padrão específico e consistente de alterações na metilação, sendo mais estáveis. Já sob condições de casa de vegetação, houve maior variabilidade nos padrões de metilação entre plantas. Em conjunto, os resultados verificados denotam a importância do uso de cruzamentos dialélicos e da qualidade do material propagativo no processo de melhoramento da batata-doce. Portanto, os resultados obtidos nos presentes estudos, colaboram no sucesso do programa de melhoramento de batata-doce.Sweet potato breeding programs need to constantly increase variability in the population and understand genetic processes to be successful. The use of diallels in sweet potatoes makes it possible to expand genetic variability and select superior genotypes for different abilities, while epigenetic studies, such as DNA methylation patterns, allow information on gene regulation and epigenetic inheritance to be obtained. These actions contribute to the success of a genetic improvement program. Thus, the objective of this research was to i) Estimate the ability to combine crosses between sweet potato clones and identify the best hybridizations for agronomic characteristics of interest; ii) Compare the DNA methylation patterns of two sweet potato cultivars maintained in greenhouse and tissue culture using methylation-sensitive amplification polymorphism analysis (MSAP). The study was divided into two chapters. In the first experiment, 378 full-sib genotypes of sweet potato were evaluated, coming from a partial diallel composed of 12 parents, including seven commercial cultivars and five pre-evaluated elite genotypes, which were also included as controls. The experimental design used was incomplete blocks, with two replications of the IC genotypes and twelve replications of each control. At 145 days after planting, data on branch productivity, productivity of total and commercial roots, unit weight of total and commercial roots, percentage of commercial roots, as well as the dry masses of roots and branches were collected. Statistical analysis was performed using linear mixed models, obtaining the predicted genotypic values, and also through diallel analysis, using the random method II model proposed by Grifing in 1956. Several genotypes were classified as promising. The genotypes that stood out most for general combining capacity were Brazlândia Roxa, Ligeirinha, UFLA-464, Uruguaiana with positive values for all characteristics. The specific cross between Amélia The second study was conducted in the United States at the Louisiana State University, where the DNA methylation patterns of two sweetpotato genotypes, Covington and Murasaki, were compared. These genotypes were grown under greenhouse and tissue culture conditions. MSAP analysis was performed to investigate the level of epigenetic variation. The methylation profiles of 36 cultivar accessions were identified, totaling 1096 loci analyzed. The results indicated that the methylation profileswere affected by both tissue culture and greenhouse. However, it was evident that tissue culture triggered a specific and consistent pattern of changes in methylation, which were more stable. Under greenhouse conditions, there was greater variability in methylation patterns between plants. Taken together, the verified results denote the importance of using diallel crosses and the quality of the propagative material in the sweetpotato improvement process. Therefore, the results obtained in the present studies contribute to the success of the sweetpotato breeding program.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Universidade Federal de LavrasPrograma de Pós-Graduação em Agronomia/FitotecniaUFLAbrasilDepartamento de AgriculturaAttribution 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessMelhoramento VegetalBatata-doceDialelosMelhoramento genéticoEpigenéticaIpomoea batatas L.DiallelsGenetic improvementEpigeneticsCombinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypesCapacidade combinatória e perfil de metilação em genótipos de batata-doceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisBaisakh, NiranjanLabonte, Don R.Silva, Edgard Henrique CostaSilva, Ernani Clarete daAzevedo, Sebastião Marcio dePereira, Welison Andradehttp://lattes.cnpq.br/8044586834458304Silva, Eduardo Alves daporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLACC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8907https://repositorio.ufla.br/bitstreams/aa06e9b8-bc37-40f7-9ded-00667950ffa0/downloadc07b6daef3dbee864bf87e6aa836cde2MD51falseAnonymousREADLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8956https://repositorio.ufla.br/bitstreams/cac7898b-f212-4f38-bdbe-01beb5ca1b27/download5ea4a165b7202cbf475be400d2e16893MD52falseAnonymousREADORIGINALTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdfTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdfapplication/pdf1238562https://repositorio.ufla.br/bitstreams/e61efbfc-6ace-4ceb-9046-bc74b8eca741/download88fa78ad227ce7f0cfa079b7ad85a51eMD53trueAnonymousREADTEXTTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdf.txtTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdf.txtExtracted texttext/plain102244https://repositorio.ufla.br/bitstreams/9ae07eff-6143-4913-aa6c-09d12569d121/download8148a800785dfce460a1410c98debe9aMD54falseAnonymousREADTHUMBNAILTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdf.jpgTESE_Combinatory capacity and methylation profile in sweetpotato genotypes.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2950https://repositorio.ufla.br/bitstreams/026df3ab-0215-47b1-b669-09315ef0eb34/download48359633d0ee3b0731c63309545ae331MD55falseAnonymousREAD1/584042025-08-05 15:42:09.842http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/Attribution 4.0 Internationalopen.accessoai:repositorio.ufla.br:1/58404https://repositorio.ufla.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufla.br/server/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2025-08-05T18:42:09Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)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