Comparação bayesiana de modelos para o desequilíbrio de hardy-weinberg

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2008
Autor(a) principal: Reis, Ricardo Luis dos
Orientador(a): Muniz, Joel Augusto
Banca de defesa: Sáfadi, Thelma, Lima, Renato Ribeiro de, Silva, Fabyano Fonseca e
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRAS
Programa de Pós-Graduação: DEX - Programa de Pós-graduação
Departamento: Não Informado pela instituição
País: BRASIL
Palavras-chave em Português:
Inferência bayesiana
Fator de bayes
Genética de populações
Coeficiente de endogamia e desequilíbrio
Bayesian inference
Bayes factor
Population genetic
Disequilibrium and inbreeding coefficient
Área do conhecimento CNPq:
CNPQ_NÃO_INFORMADO
Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/3669
Resumo: Estatística e Experimentação Agropecuária
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spelling 2014-09-12T01:27:29Z2014-09-12T01:27:29Z2014-09-112008-02-01REIS, Ricardo L. Comparação bayesiana de modelos para o desequilíbrio de hardy-weinberg. 2008. v, 86 p. Dissertação (Mestrado em Estatística e Experimentação Agropecuária)-Universidade Federal de Lavras, Lavras, 2008.https://repositorio.ufla.br/handle/1/3669UNIVERSIDADE FEDERAL DE LAVRASDEX - Programa de Pós-graduaçãoUFLABRASILCNPQ_NÃO_INFORMADOInferência bayesianaFator de bayesGenética de populaçõesCoeficiente de endogamia e desequilíbrioBayesian inferenceBayes factorPopulation geneticDisequilibrium and inbreeding coefficientComparação bayesiana de modelos para o desequilíbrio de hardy-weinbergBayesian comparison of models for the hardy-weinberg disequilibriuminfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisEstatística e Experimentação AgropecuáriaDentre os diversos aspectos geralmente observados na caracterização genética de populações naturais, a avaliação do grau de estruturação da variabilidade genética assume grande importância. Neste trabalho, considerou-se uma análise Bayesiana de modelos para o desequilíbrio de Hardy-Weinberg, usando a comparação de prioris e os parâmetros coeficiente de endogamia e coeficiente de desequilíbrio. A metodologia utilizada foi testada mediante um estudo de simulação usando as prioris Dirichlet (modelo 1), Beta - função degrau Uniforme (modelo 2), Uniforme - função degrau Uniforme (modelo 3) e as prioris independentes Uniformes (modelo 4). Exemplos de aplicação a dados reais de grupos raciais são discutidos. Implementou-se um algoritmo no software livre R, para realizar a amostragem pelo Metropolis-Hastings das distribuições condicionais a posteriori dos parâmetros dos modelos. A convergência das cadeias foram monitoradas por meio de análise gráfica e pelos critérios de Geweke e Gelman & Rubin, que estão implementados no pacote BOA do software livre R. As comparações entre os modelos, realizadas por meio do fator de Bayes, indicaram superioridade do modelo 1 em relação aos demais para o parâmetro e inferioridade do modelo 1 para o parâmetro . Em virtude dos resultados apresentados, pode-se atestar que a abordagem Bayesiana apresentou bons resultados na comparação dos modelos, demonstrando a aplicabilidade das metodologias propostas e o elevado potencial de aplicação da estatística Bayesiana em estudos de genética de populações.Among the various aspects generally considered in the genetic characterization of natural populations, the evaluation of the degree of genetic structure are of great importance. In these work, considered a Bayesian analysis of models for the Hardy-Weinberg disequilibrium using the comparison of prioris and the disequilibrium and inbreeding coefficient parameters. The methodology was tested by a simulation study using the prioris Dirichlet (model 1), Beta - step function Uniform (model 2), Uniform - step function Uniform (model 3) and the independents prioris Uniforms (model 4). Examples of application using real data of breed groups are presented. A Metropolis-Hastings algorithm was implemented in the free software R to get sampling of the posterior condicionals distributions of the models parameters. The convergence of the chains was monitored through graphic analysis and for the criteria of Geweke and Gelman & Rubin, implemented in the BOA package of the free sofware R. These comparisons were realized by Bayes factor showing the model 1 superiority for the parameter and a model 1 inferiority for the parameter. Because of the presented results, it can be attested that the Bayesian approach presented good results in the comparison of the models, illustrating the applicability of the proposed methods and reveal the great potential of use of Bayesian statistics in population genetic studies.Muniz, Joel AugustoSáfadi, ThelmaLima, Renato Ribeiro deSilva, Fabyano Fonseca eReis, Ricardo Luis dosinfo:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Repositório Institucional da UFLAinstname:Universidade Federal de Lavras (UFLA)instacron:UFLAORIGINALDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdfDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdfapplication/pdf1049215https://repositorio.ufla.br/bitstreams/6cb447b8-76c1-4a9f-bc58-50372c78be61/download73cf0e8c5a6ea9ccea383073694c0324MD51trueAnonymousREADLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8953https://repositorio.ufla.br/bitstreams/eba73ff1-2d8a-424e-9ab0-bf11c5a6469f/download760884c1e72224de569e74f79eb87ce3MD52falseAnonymousREADTEXTDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdf.txtDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdf.txtExtracted texttext/plain103367https://repositorio.ufla.br/bitstreams/93bf5d75-7983-4d6e-8d00-4aef29acd84e/downloadefcfbbbc3bf13716427cb634ebc472e4MD53falseAnonymousREADTHUMBNAILDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdf.jpgDISSERTAÇÃO_Comparação Bayesiana de Modelos para o Desequilíbrio de Hardy-Weinberg.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg2457https://repositorio.ufla.br/bitstreams/715c2f31-34d2-41c9-b81b-8c2176d58ff5/download0b8280c362c057d8509c587c27e21785MD54falseAnonymousREAD1/36692025-08-06 11:06:44.062open.accessoai:repositorio.ufla.br:1/3669https://repositorio.ufla.brRepositório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufla.br/server/oai/requestnivaldo@ufla.br || repositorio.biblioteca@ufla.bropendoar:2025-08-06T14:06:44Repositório Institucional da UFLA - Universidade Federal de Lavras (UFLA)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