Análise comparativa de elementos repetitivos em genomas de espécies da subtribo Cassiinae (Fabaceae)

• Ano de defesa: 2021
• Autor(a) principal: Trindade, Marcelo Antônio da
• Orientador(a): Torres, Giovana Augusta
• Banca de defesa: Scvortzoff, Magdalena Vaio, Souza, Luiz Gustavo Rodrigues
• Tipo de documento: Dissertação
• Tipo de acesso: Acesso aberto
• Idioma: por
• Instituição de defesa: Universidade Federal de Lavras
• Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas
• Departamento: Departamento de Biologia
• País: brasil
• Palavras-chave em Português: Fabaceae; Cassiinae; Elementos Transponíveis; Transposable elements
• Área do conhecimento CNPq: Melhoramento Vegetal
• Link de acesso: https://repositorio.ufla.br/handle/1/48734

Fabaceae (Leguminosae) é considerada uma das três maiores famílias de Angiospermae, contendo 765 gêneros e 19.500 espécies de distribuição cosmopolita. No Brasil, são encontradas cerca de 2.756 espécies, sendo 1507 endêmicas. Diversos grupos de leguminosas têm tido sua classificação alterada ao longo do tempo, como é o caso da subtribo Cassiinae, que apresenta três gêneros resultantes da divisão de Cassia lato sensu: Cassia stricto sensu, Chamaecrista Moench e Senna Mill. Com base em análises filogenéticas, a tribo Cassiinae tem sido considerada complexa devido a hipóteses conflitantes em relação aos três gêneros que a constituem. Estudos moleculares e citogenéticos foram importantes para a contribuição da sistemática de Cassiinae, mas não suficientes para elucidar as controvérsias que envolvem a relação entre os três gêneros. A inclusão de outras informações genômicas são importantes para contribuir com o melhor entendimento das relações dentro do grupo. A partir do advento do sequenciamento de próxima geração (NGS) foi possível estudos que permitem a identificação e caracterização da fração repetitiva no genoma de uma espécie, mostrando ser uma interessante ferramenta para a compreensão da evolução genômica. Desta forma, nosso trabalho visou obter a fração repetitiva no genoma de espécies representantes dos três gêneros de Cassiinae. Sequenciamento de baixa cobertura (cerca de 0,4x) foi obtido na Plataforma Illumina HiSeq™ 4000 para uma espécie de cada gênero (Cassia fistula, Chamaecrista ensiformes e Senna occidentalis). As sequências obtidas foram analisadas na plataforma RepeatExplorer para caracterização e comparação da fração repetitiva das três espécies. O genoma de C. fístula (0,70 pg/1C) possui 41,74% de DNA repetitivo, Ch. ensiformes (0,85 pg/1C) apresenta 32,86% e S. occidentalis (0,70 pg/1C) 40,49%. Os elementos repetitivos mais abundantes no genoma das três espécies foram classificados como LTRs, onde a super -família Ty3/Gypsy foi a mais abundante, correspondente a 19,90% em C. fistula, 20,05% em Ch. ensiformes e 13,29% em S. occidentalis. Foram encontradas seis sequências satélites, três em Cassia fistula, duas em Chamaecrista ensiformes e uma em Senna occidentalis, todas são praticamente exclusivas de cada espécie. A variação na abundância e tipos de sequências repetitivas observada nas espécies avaliadas indica o potencial dessas informações para a melhor compreensão das relações entre os gêneros de Cassiinae, a partir da análise de um número maior de espécies.