Análise de retrocópias não-fixadas em dados de Sequenciamento de Exomas Completos do TCGA

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2024
Autor(a) principal: Buzzo, José Leonel Lemos
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Cancer
Câncer
Elementos Transponíveis
Retrocópias
Retrocopy
Transposable Elements
Link de acesso: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-11042025-111654/
Resumo: Elementos Transponíveis (ETs) são sequências de DNA passíveis de mudança na posição ou número de cópias em um dado genoma. Portanto, o processo de transposição implica em remodelações genômicas vistas como fonte molecular evolutiva numa escala populacional, mas como geratriz de apomorfias potencialmente deletérias em escala individual. ETs possuem muitas classificações no que tangem seus mecanismos moleculares de transposição e este trabalho irá se focar nos ETs não-LTR que são autônomos e cuja atividade ainda se mostra presente em humanos, como a subfamília L1-HS. Estes, quando agindo em trans, podem cooptar outros mRNAs causando Variações de Número de Cópias naqueles genes via retrotransposição, gerando assim um evento de retroCNV. Embora muitos trabalhos tenham descrito o impacto mutagênico de retroCNVs no contexto de diversas doenças, um modo de detecção acurado para retroCNVs não-fixadas ainda carece. Este trabalho visa estabelecer o uso de uma nova ferramenta computacional para esta demanda, capaz analisar tanto dados de WGS, quanto WES: sideRETRO. Tal ferramenta nos permitiu encontrar 20.420 novos sítios de inserção de retroCNVs distintos, perfazendo um total de 177.332 eventos, em 4.684 pares de exomas de 11 tipos tumorais do Consórcio TCGA. Ademais, 4.474 transcriptomas associados à maioria dos pares de exomas foram testados a fim de se destacar o papel destas novas inserções na perturbação de redes de expressão gênica e na tumorigênese.
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