PyCrystalSCD: um software para obtenção da demarcação do cluster supramolecular em cristais orgânicos

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2020
Autor(a) principal: Xavier, Rodrigo Nóbrega Rocha
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal da Paraíba
Brasil
Informática
Programa de Pós-Graduação em Modelagem Matemática e computacional
UFPB
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Cristalografia
Clusters supramoleculares
Diagrama de Voronoi
Python
Crystallography
Supramolecular clusters
Voronoi diagram
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Link de acesso: https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/21300
Resumo: The supramolecular cluster, according to an approach proposed by the NUQUIMHE research group, is composed by a central molecule (M1) and the MN molecules around it, being the smallest portion of a crystal structure capable of providing all the topological and energetic information that characterize the intermolecular interactions involved throughout the entire crystal lattice. Correct identification of the supramolecular cluster is the starting point to understand the formation of a certain crystalline phase, which has extensive applicability. However, this is a very slow and fault-prone procedure when performed manually with the support of existing programs. In this work, the creation of the PyCrystalSCD software is reported, which is responsible for automating the most laborious part of that approach, which is the demarcation of the supramolecular cluster by obtaining the contact area between the involved molecules, using 3D Voronoi diagrams, in addition to generating files used in later stages of crystal analysis. The final code was 88 times faster than the manual procedure to perform a comparison dataset.
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