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Modelos SIR e algoritmos tipo ensemble com aplicações a COVID-19

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2022
Autor(a) principal: OLIVEIRA, Jaciele de Jesus
Orientador(a): OSPINA MARTÍNEZ, Raydonal
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal de Pernambuco
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pos Graduacao em Estatistica
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Link de acesso: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/44855
Resumo: Em janeiro de 2020 o mundo foi surpreendido com uma pandemia devido ao COVID-19, cau- sada pelo vírus SARS-CoV-2. Os primeiros casos foram notificados na China e se espalhou rapidamente pelo mundo, de tal forma que no dia 11 de março de 2020 a Organização Mundial de Saúde (OMS) classificou a disseminação do vírus como uma pandemia. Por se tratar de um novo patógeno, até então, não havia conhecimento sobre sua taxa de infecção e sintomas que poderia causar, isso torna crucial o uso de modelos que permitissem descrever o curso da epidemia. Neste trabalho abordaremos alguns desses modelos, que podem ser utilizadas para descrever a propagação de doenças infecciosas. Utilizamos o modelo compartimentado SIR nos dados de COVID-19 do estado da Paraíba. Nosso objetivo é estimar as taxas de infecção e recuperação da doença e comparamos com resultados de prevalência estimados por uma pesquisa amostral sorológica probabilística realizada no estado. Os resultados obtidos pelo modelo SIR indicam subestimação, o que ocorre pelo fato do modelo ser ajustado com base em dados com subnotificação. Numa tentativa de aprimorar a análise dos dados, passamos trabalhar com as curvas acumuladas de óbitos, uma vez que essas curvas são mais estáveis e os números de óbitos não dependem do registro de casos confirmados. Para isso, utilizamos uma abordagem via modelo combinados (ensemble). Este tipo de abordagem usa modelos dinâmicos de crescimento integrando a predição de vários modelos através de uma combinação ponderada, o que permite diminuir o erro de previsão. Para a construção do modelo ensemble utilizamos os modelos de crescimento logístico, de Gompertz e de Richards. O modelo ensemble descreveu de forma satisfatória aos dados se mostrando uma metodologia promissora para predição dos dados da COVID-19.
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Por se tratar de um novo patógeno, até então, não havia conhecimento sobre sua taxa de infecção e sintomas que poderia causar, isso torna crucial o uso de modelos que permitissem descrever o curso da epidemia. Neste trabalho abordaremos alguns desses modelos, que podem ser utilizadas para descrever a propagação de doenças infecciosas. Utilizamos o modelo compartimentado SIR nos dados de COVID-19 do estado da Paraíba. Nosso objetivo é estimar as taxas de infecção e recuperação da doença e comparamos com resultados de prevalência estimados por uma pesquisa amostral sorológica probabilística realizada no estado. Os resultados obtidos pelo modelo SIR indicam subestimação, o que ocorre pelo fato do modelo ser ajustado com base em dados com subnotificação. Numa tentativa de aprimorar a análise dos dados, passamos trabalhar com as curvas acumuladas de óbitos, uma vez que essas curvas são mais estáveis e os números de óbitos não dependem do registro de casos confirmados. Para isso, utilizamos uma abordagem via modelo combinados (ensemble). Este tipo de abordagem usa modelos dinâmicos de crescimento integrando a predição de vários modelos através de uma combinação ponderada, o que permite diminuir o erro de previsão. Para a construção do modelo ensemble utilizamos os modelos de crescimento logístico, de Gompertz e de Richards. O modelo ensemble descreveu de forma satisfatória aos dados se mostrando uma metodologia promissora para predição dos dados da COVID-19.CAPESIn January 2020, the world was surprised by a pandemic due to COVID-19, caused by the SARS- CoV-2 virus. The first cases were reported in China and spread rapidly around the world, so such that on March 11, 2020 the World Health Organization (WHO) classified the dissemination of the virus as a pandemic. As this is a new pathogen, until then, there was no knowledge about its rate of infection and symptoms it could cause, this makes the use of models that allow describing the course of the epidemic to be crucial. In this work we will approach some of the models, which can be used to describe the spread of infectious diseases. we use the SIR compartmented model in the COVID-19 data from the state of Paraíba. Our goal is estimate rates of infection and disease recovery and compared with prevalence results estimated by a probabilistic serological sample survey conducted in the state. The results obtained by the SIR model indicate underestimation, which occurs because the model is adjusted based on data with underreporting. In an attempt to improve data analysis, we started to work with the accumulated death curves, since these curves are more stable and the numbers of deaths do not depend on the registration of confirmed cases. For this we use an approach via combined model (ensemble). This type of approach uses dynamic growth models, integrating the prediction of several models through a weighted combi- nation, which allows to reduce the forecast error. For the construction of the ensemble model we used the logistic growth models, by Gompertz and Richards. The ensemble model descri- bed the data satisfactorily, proving to be a promising methodology for predicting COVID-19 data.porUniversidade Federal de PernambucoPrograma de Pos Graduacao em EstatisticaUFPEBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessEstatística AplicadaDoenças infecciosasSubnotificaçãoModelos compartimentadosModelos SIR e algoritmos tipo ensemble com aplicações a COVID-19info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesismestradoreponame:Repositório Institucional da UFPEinstname:Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)instacron:UFPETEXTDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdf.txtDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdf.txtExtracted texttext/plain121796https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/44855/4/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Jaciele%20de%20Jesus%20Oliveira.pdf.txtfcc9ef40bff85de642824329639785ddMD54THUMBNAILDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdf.jpgDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1199https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/44855/5/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Jaciele%20de%20Jesus%20Oliveira.pdf.jpg97bf91b21e069eee843535556c1c18dbMD55ORIGINALDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdfDISSERTAÇÃO Jaciele de Jesus Oliveira.pdfapplication/pdf818486https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/44855/1/DISSERTA%c3%87%c3%83O%20Jaciele%20de%20Jesus%20Oliveira.pdf502278bd3bab03076e55aee3289a04c7MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82142https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/44855/3/license.txt6928b9260b07fb2755249a5ca9903395MD53CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8811https://repositorio.ufpe.br/bitstream/123456789/44855/2/license_rdfe39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34MD52123456789/448552022-06-28 02:22:02.545oai:repositorio.ufpe.br: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ório InstitucionalPUBhttps://repositorio.ufpe.br/oai/requestattena@ufpe.bropendoar:22212022-06-28T05:22:02Repositório Institucional da UFPE - Universidade Federal de Pernambuco (UFPE)false
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