Análise da ilha genômica hrp/hrc de Herbaspirillum seropedicae e caracterização parcial dos genes hrcC, hrcV e hrpG.

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2006
Autor(a) principal: Dedecek, André Schenkel
Orientador(a): Chubatsu, Leda Satie, 1966-
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Bioquímica
Teses
Herbaspirillum seropedicae
Link de acesso: https://hdl.handle.net/1884/6912
Resumo: Orientadora : Leda Satie Chubatsu
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spelling Monteiro, Rose Adele, 1973-Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ciências (Bioquímica)Chubatsu, Leda Satie, 1966-Dedecek, André Schenkel2024-11-14T21:44:26Z2024-11-14T21:44:26Z2006https://hdl.handle.net/1884/6912Orientadora : Leda Satie ChubatsuCo-orientadora : Rose Adele MonteiroDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica. Defesa: Curitiba, 2006Inclui bibliografiaResumo: O sistema de secreção do tipo III é encontrado em várias bactérias, fitopatógenos, patógenos humanos e microrganismos simbiontes. Os genes codificadores deste sistema são encontrados agrupados nas chamadas "ilhas de patogenicidade". Dados obtidos pelo Programa de Sequenciamento Genômico de Herbaspirillum seropedicae (GENOPAR) indicaram a presença de genes homólogos àqueles que codificam para o sistema de secreção do tipo III, compreendendo uma região de aproximadamente 28 kb. Esta região foi analisada, sendo encontrados 14 genes denominados de hrp/hrc, devido a maior homologia com os genes do sistema de fitopatógenos, 2 genes denominados de pil e 15 orfs hipotéticas conservadas. O gene hrpG, que codifica para um provável sistema de dois componentes, foi identificado fora da ilha genômica. Devido a presença do gene hrpL, que codifica para um provável fator sigma, e do gene hrpG, acredita-se que a regulação desta ilha genômica em H. seropedicae seja um híbrido entre os grupos I e II. Neste trabalho foram parcialmente analisados os genes hrcC, hrcV e hrpG. O mutante ASD1 de H. seropedicae (hrcV-) foi obtido pela inserção de um cassete contendo o gene de resistência a tetraciclina no gene hrcV. Este mutante está sendo utilizado para o estudo da interação milho-H.seropedicae a fim de verificar possível fenótipo. Fusões hrcC::lacZ e hrpG::lacZ foram obtidas e, análises preliminares variando-se a fonte de carbono e nitrogênio, concentração de fosfatos e o meio de cultivo indicaram que as condições de expressão dos genes hrp/hrc de H. seropedicae parecem ser diferentes das encontradas para outras bactérias.Abstract: The type III secretion system is found in many bacteria, plant pathogens, humas pathogens and symbiotic microorganisms. This system encoding genes is found clustered in genomic regions known as "pathogenic islands". Data from the Genomic Sequence Program of Herbaspirillum seropedicae (GENOPAR program) shown genes homologous to those coding for the type III secretion system. Those genes are present in a 28 kb region comprising 31 probable genes or orfs: 14 orfs are homologous to hrc/hrp genes, with higher similarity to genes present in plant pathogenic bacteria, 2 genes homologous to pil and 15 conserved hypothetic orfs. A hrpG like gene, which codes for a probable two-component transcriptional activation system, was found in another region in the H. seropedicae genome. Due to the presence of the hrpL-like gene, which codes for a probable sigma factor, and hrpG, is likely that the regulation of this genomic island is a hybrid between group I and II of the plant pathogens hrp/hrc secretion systems. In this work, the hrcC, hrcV and hrpG genes were partially analyzed. A H. seropedicae hrcV mutant, named ASD1, was obtained by insertion of tetracyclin resistance cassette into the hrcV gene. This mutant is being analyzed for interaction between maize and H. seropedicae. We also obtained hrcC::lacZ and hrpG::lacZ fusions and preliminary analysis changing carbon and nitrogen source, phosphate concentration and culture medium indicated that the hrp/hrc expression in H. seropedicae is different to those observed in other bacteria.viii, 90f. : il. algumas color., tabs.application/pdfDisponível em formato digitalBioquímicaTesesBioquímicaHerbaspirillum seropedicaeAnálise da ilha genômica hrp/hrc de Herbaspirillum seropedicae e caracterização parcial dos genes hrcC, hrcV e hrpG.info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisporreponame:Repositório Institucional da UFPRinstname:Universidade Federal do Paraná (UFPR)instacron:UFPRinfo:eu-repo/semantics/openAccessORIGINALDISSERTACAO COMPLETA.pdfapplication/pdf732002https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/1/DISSERTACAO%20COMPLETA.pdfa738779ef2ecc03f247c05dc52e502c6MD51open accessRESUMO.pdfapplication/pdf11285https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/2/RESUMO.pdf70e28533797a41b5930338eb606bbf9aMD52open accessTEXTDISSERTACAO COMPLETA.pdf.txtExtracted Texttext/plain171384https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/3/DISSERTACAO%20COMPLETA.pdf.txtc45109179e1e49cc63b368e3017899ceMD53open accessRESUMO.pdf.txtExtracted Texttext/plain1684https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/4/RESUMO.pdf.txt8bd9d885ec576fc465950a197a301fa4MD54open accessTHUMBNAILDISSERTACAO COMPLETA.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1237https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/5/DISSERTACAO%20COMPLETA.pdf.jpg34a81b2353774507781670e1ff7c80f3MD55open accessRESUMO.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1444https://acervodigital.ufpr.br/bitstream/1884/6912/6/RESUMO.pdf.jpg546b14aed0074718116e19b69096b7c7MD56open access1884/69122024-11-14 18:44:26.912open accessoai:acervodigital.ufpr.br:1884/6912Repositório InstitucionalPUBhttp://acervodigital.ufpr.br/oai/requestinformacaodigital@ufpr.bropendoar:3082024-11-14T21:44:26Repositório Institucional da UFPR - Universidade Federal do Paraná (UFPR)false
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