SILA

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2013
Autor(a) principal: Vialle, Ricardo Assunção
Orientador(a): Não Informado pela instituição
Banca de defesa: Não Informado pela instituição
Tipo de documento: Dissertação
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Não Informado pela instituição
Programa de Pós-Graduação: Não Informado pela instituição
Departamento: Não Informado pela instituição
País: Não Informado pela instituição
Palavras-chave em Português:
Genoma humano
Bioinformática
Link de acesso: http://hdl.handle.net/1884/34801
Resumo: Resumo: Na Bioinformática, a comparação de sequências é uma tarefa essencial para diversas atividades e é onde geralmente se tem o maior custo computacional. A anotação de genomas é uma atividade que envolve tarefas distintas, dentre elas a comparação de sequências contra grandes bancos de dados. Este trabalho apresenta um sistema para anotação automática de genomas de procariotos chamado SILA e uma nova abordagem independente de alinhamento para busca e comparação de sequências de proteínas chamado Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search (RAFTS3). O SILA combina duas ferramentas para realizar a predições de genes. Os genes preditos são comparados com três bancos de sequências de proteínas (NR, Pfam e COG) utilizando o RAFTS3 para buscar informações que possam inferir, através da semelhança de sequências, as funções dos genes. Os testes realizados mostraram que o RAFTS3 obteve resultados comparáveis ao BLASTp com desempenho até 500 vezes superior em buscas por sequências com alta similaridade contra grandes bancos. O SILA apresenta resultados de anotação comparáveis ao estado da arte com altas taxas de acerto na predição e identificação dos genes. O serviço de anotação está disponível em ambiente Web.
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