Paralelização da reconstrução de geometrias moleculares

Detalhes bibliográficos
Ano de defesa: 2019
Autor(a) principal: Vilela, Sandro Pereira
Orientador(a): França, Felipe Maia Galvão
Banca de defesa: Maculan Filho, Nelson, Simonetti, Luidi Gelabert, Protti, Fabio, Nery, Alexandre Solon, Lima, Josefino Cabral Melo
Tipo de documento: Tese
Tipo de acesso: Acesso aberto
Idioma: por
Instituição de defesa: Universidade Federal do Rio de Janeiro
Programa de Pós-Graduação: Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Sistemas e Computação
Departamento: Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia
País: Brasil
Palavras-chave em Português:
Dataflow
Programação paralela
Geometria de distâncias
Área do conhecimento CNPq:
CNPQ::ENGENHARIAS
Link de acesso: http://hdl.handle.net/11422/14065
Resumo: Nesta tese apresentamos uma abordagem para paralelizar o Problema Discreto de Geometria de Distâncias Moleculares, DMDGP, por Dataflow, através do particionamento da molécula segundo uma característica intrínseca dela, os vértices de simetria. A ideia consiste em dividir a molécula em partes segundo a distribuição de alguns vértices bem específicos, resolver cada uma das partes em paralelo e depois unir as soluções parciais encontradas através do emprego de matrizes de rotação. Trataremos, também, da paralelização do Problema Discreto de Geometria de Distâncias em Moléculas com Distâncias Intervalares, o iDMDGP, por Dataflow. Porém, ao invés de dividirmos a molécula, particionaremos o espaço de busca. Apresentamos alguns experimentos computacionais realizados e analisamos o comportamento das abordagens propostas em função do número de cores empregados. Os resultados obtidos mostraram-se animadores, foram obtidos ganhos (speedup) na grande maioria dos testes realizados, em alguns destes foram alcançados speedups acima de 12, o que demonstra a efetividade das abordagens empregadas.
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Trataremos, também, da paralelização do Problema Discreto de Geometria de Distâncias em Moléculas com Distâncias Intervalares, o iDMDGP, por Dataflow. Porém, ao invés de dividirmos a molécula, particionaremos o espaço de busca. Apresentamos alguns experimentos computacionais realizados e analisamos o comportamento das abordagens propostas em função do número de cores empregados. Os resultados obtidos mostraram-se animadores, foram obtidos ganhos (speedup) na grande maioria dos testes realizados, em alguns destes foram alcançados speedups acima de 12, o que demonstra a efetividade das abordagens empregadas.In this thesis we present an methodology to parallelize the Discrete Molecular Distance Geometry Problem (DMDGP) using Dataflow. The method consists in partitioning the molecule according to its intrinsic characteristic, the symmetry vertices. The idea is to break the molecule into parts according to the distribution of some very specific vertices, to solve each part in parallel and then to join the partial solutions found by using rotation matrices. We will also deal with the parallelization of Interval Discretizable Molecular Distance Geometry Problem (iDMDGP) using Dataflow. However, instead of breaking the molecule, we will partition the search space. We present some computational experiments performed and analyze the behavior of the proposed approaches as a function of the number of cores employed. The results were encouraging, gains were obtained (speedups) in the vast majority of the tests performed, in some of these reached speedups above 12, which demonstrates the effectiveness of the approaches employed.Submitted by Paloma Arruda (palomaoliiveira75@gmail.com) on 2021-02-23T00:48:47Z No. of bitstreams: 1 SandroPereiraVilela.pdf: 2650068 bytes, checksum: 9153060e22a225d1a0030e3e5d7e0a2d (MD5)Approved for entry into archive by Moreno Barros (moreno@ct.ufrj.br) on 2021-04-05T02:40:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 SandroPereiraVilela.pdf: 2650068 bytes, checksum: 9153060e22a225d1a0030e3e5d7e0a2d (MD5)Made available in DSpace on 2021-04-05T02:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SandroPereiraVilela.pdf: 2650068 bytes, checksum: 9153060e22a225d1a0030e3e5d7e0a2d (MD5) Previous issue date: 2019-09porUniversidade Federal do Rio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Engenharia de Sistemas e ComputaçãoUFRJBrasilInstituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de EngenhariaCNPQ::ENGENHARIASDataflowProgramação paralelaGeometria de distânciasParalelização da reconstrução de geometrias molecularesParallelization of molecular geometry reconstructioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisabertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UFRJinstname:Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)instacron:UFRJLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81853http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/14065/2/license.txtdd32849f2bfb22da963c3aac6e26e255MD52ORIGINALSandroPereiraVilela.pdfSandroPereiraVilela.pdfapplication/pdf2650068http://pantheon.ufrj.br:80/bitstream/11422/14065/1/SandroPereiraVilela.pdf9153060e22a225d1a0030e3e5d7e0a2dMD5111422/140652021-04-06 00:00:08.83oai:pantheon.ufrj.br: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Repositório de PublicaçõesPUBhttp://www.pantheon.ufrj.br/oai/requestopendoar:2021-04-06T03:00:08Repositório Institucional da UFRJ - Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)false
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